More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2751 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1293  amidase  80.82 
 
 		 485 aa  793    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0666673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4912  amidase  73.79 
 
 		 496 aa  716    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2551  amidase  85.3 
 
 		 485 aa  829    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2609  amidase  94.19 
 
 		 485 aa  897    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.369685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2751  amidase  100 
 
 		 485 aa  984    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56450  amidase  75.26 
 
 		 494 aa  728    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.677311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0285  amidase  64.93 
 
 		 485 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4083  amidase  59.87 
 
 		 494 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5611  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.967064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3678  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4689  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.292379  normal  0.198691 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4547  amidase  59.24 
 
 		 494 aa  565  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1131  amidase  59.23 
 
 		 494 aa  558  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.28334 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0983  amidase  60.17 
 
 		 485 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4003  amidase  57.59 
 
 		 494 aa  555  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582745  normal  0.212631 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1320  amidase  59.24 
 
 		 497 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.257142  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0990  amidase  59.24 
 
 		 484 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1252  amidase  59.45 
 
 		 484 aa  546  1e-154  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0577  amidase  59.24 
 
 		 484 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0302  amidase  59.24 
 
 		 484 aa  545  1e-154  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.551995  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2509  amidase  59.24 
 
 		 546 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124724  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1324  amidase  59.03 
 
 		 484 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.668427  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4073  amidase  58.18 
 
 		 556 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1486  amidase  59.02 
 
 		 497 aa  536  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.44531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1411  Amidase  56.13 
 
 		 491 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.440545 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4787  amidase  54.85 
 
 		 505 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.383486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1453  Amidase  56.4 
 
 		 494 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.830679  normal  0.199782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2464  amidase  57.63 
 
 		 494 aa  501  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0825  Amidase  57.2 
 
 		 480 aa  494  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3120  amidase  57.58 
 
 		 521 aa  486  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4143  amidase  56.53 
 
 		 486 aa  487  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2827  amidase  56.93 
 
 		 495 aa  481  1e-134  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.865048  normal  0.150322 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5322  amidase  51.37 
 
 		 481 aa  450  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.348723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0497  Amidase  52.23 
 
 		 481 aa  433  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.112236  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1103  amidase  44.42 
 
 		 472 aa  398  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1681  amidase  49.57 
 
 		 480 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.536449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2532  amidase  46.74 
 
 		 463 aa  370  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.123616 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2860  amidase  44.28 
 
 		 477 aa  358  9.999999999999999e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0870  amidase  46.41 
 
 		 459 aa  358  9.999999999999999e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.555977 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1254  amidase  44.49 
 
 		 472 aa  357  2.9999999999999997e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0156398 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3400  Amidase  44.21 
 
 		 472 aa  357  2.9999999999999997e-97  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.602142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0238  amidase  45.4 
 
 		 475 aa  353  5e-96  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.190068  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2905  Amidase  46.28 
 
 		 463 aa  336  7e-91  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52422  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1430  amidase  42.25 
 
 		 466 aa  307  3e-82  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.904351 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20980  amidase, Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit  41.98 
 
 		 479 aa  304  3.0000000000000004e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.705121  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2583  amidase  43.38 
 
 		 490 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2709  amidase  42.64 
 
 		 490 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4989  Amidase  43.49 
 
 		 472 aa  296  7e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4870  Amidase  41.11 
 
 		 473 aa  289  1e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2170  Amidase  39.92 
 
 		 487 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2877  putative amidotransferase  37.95 
 
 		 473 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.0420813 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1493  amidase  40.72 
 
 		 468 aa  258  1e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.710832  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1838  amidase  36.81 
 
 		 477 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.942234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3826  amidase  39.07 
 
 		 509 aa  245  9.999999999999999e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.124732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1671  amidase  36.42 
 
 		 482 aa  236  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.677063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3866  Amidase  34.85 
 
 		 480 aa  233  6e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2915  Amidase  35.51 
 
 		 495 aa  232  1e-59  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2205  Amidase  38.45 
 
 		 473 aa  232  1e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.904932  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6043  Amidase  36.7 
 
 		 471 aa  231  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420135  normal  0.212505 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0230  amidase  37.19 
 
 		 498 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.817663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1626  Amidase  35.88 
 
 		 516 aa  230  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.816774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2260  amidase  36.89 
 
 		 507 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172416  normal  0.824676 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2248  amidase  35.46 
 
 		 516 aa  228  2e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5467  amidase  37.63 
 
 		 508 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0261101 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3629  amidase  38.22 
 
 		 477 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2402  amidase  36.06 
 
 		 492 aa  223  8e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.574141  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1934  Amidase  36.5 
 
 		 477 aa  223  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000185189  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2569  amidase family protein  36.67 
 
 		 507 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3827  amidase  34.07 
 
 		 495 aa  219  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.550794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4797  putative amidase  35.21 
 
 		 498 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.199104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1658  amidase  35.59 
 
 		 507 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2430  amidase  35.84 
 
 		 522 aa  209  9e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.656573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4617  amidase  37.45 
 
 		 506 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.130864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1770  amidase  32.07 
 
 		 475 aa  208  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_002936  DET1335  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.94 
 
 		 486 aa  207  5e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0709  Amidase  35.71 
 
 		 507 aa  206  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1117  Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and amidase  31.52 
 
 		 486 aa  205  2e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0559  Amidase  37.13 
 
 		 461 aa  196  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1146  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.69 
 
 		 486 aa  196  9e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1628  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase, A subunit  30.83 
 
 		 484 aa  195  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.013729  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0041  Amidase  31.99 
 
 		 483 aa  195  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0098  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.2 
 
 		 485 aa  194  4e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30110  putative amidase  33.48 
 
 		 469 aa  194  4e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00374017  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0613  putative amidase  35.78 
 
 		 469 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0143  Amidase  33.4 
 
 		 474 aa  193  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.391657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2535  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  33.26 
 
 		 482 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1166  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.72 
 
 		 483 aa  192  2e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0487  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  28.02 
 
 		 485 aa  191  2e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3083  amidase  33.99 
 
 		 463 aa  189  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0269706 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2243  amidase  34.42 
 
 		 463 aa  189  1e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00714372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3058  amidase  33.19 
 
 		 467 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.732853 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2636  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  30.8 
 
 		 483 aa  189  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1465  amidase  35.36 
 
 		 535 aa  189  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.741427 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5623  Amidase  34.39 
 
 		 492 aa  187  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0653  putative amidase  35.34 
 
 		 469 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0111  Amidase  33.47 
 
 		 459 aa  186  7e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00542197  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0464  aspartyl/glutamyl-tRNA(Asn/Gln) amidotransferase subunit A  32.38 
 
 		 491 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0540  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  29.74 
 
 		 488 aa  184  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.732053  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1157  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  32.91 
 
 		 491 aa  184  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0758245  normal  0.786366 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0516  aspartyl/glutamyl-tRNA amidotransferase subunit A  31.5 
 
 		 484 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>