More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2429 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  82.44 
 
 
468 aa  774    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60820  outer membrane protein OprJ  74.07 
 
 
479 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5238  outer membrane protein OprM  74.73 
 
 
475 aa  642    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2756  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  75.27 
 
 
469 aa  694    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0415066  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
467 aa  924    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.41681  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5856  RND efflux system outer membrane lipoprotein  58.58 
 
 
493 aa  489  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1462  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.92 
 
 
480 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0250838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.78 
 
 
474 aa  386  1e-106  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.24 
 
 
517 aa  376  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.14 
 
 
475 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.56 
 
 
470 aa  372  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  46.7 
 
 
485 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.47 
 
 
486 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.02 
 
 
495 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.07 
 
 
480 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.57 
 
 
486 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  46.48 
 
 
485 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  46.51 
 
 
499 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6288  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.57 
 
 
479 aa  368  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.87 
 
 
477 aa  367  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.91 
 
 
474 aa  366  1e-100  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.09 
 
 
485 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  44.18 
 
 
512 aa  363  5.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.2 
 
 
478 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.89 
 
 
483 aa  363  5.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.09 
 
 
516 aa  360  3e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.66 
 
 
484 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.42 
 
 
489 aa  359  6e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  44.04 
 
 
486 aa  358  8e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.74 
 
 
482 aa  358  9e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  44.44 
 
 
474 aa  358  9.999999999999999e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.99 
 
 
484 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.99 
 
 
484 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.99 
 
 
484 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  46.04 
 
 
489 aa  355  7.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.15 
 
 
499 aa  354  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.92 
 
 
469 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  46.07 
 
 
491 aa  353  5e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.24 
 
 
507 aa  353  5e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.35 
 
 
496 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  46.17 
 
 
487 aa  352  5.9999999999999994e-96  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.55 
 
 
472 aa  352  8.999999999999999e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  45.33 
 
 
472 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.09 
 
 
474 aa  350  2e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.92 
 
 
505 aa  351  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  45.39 
 
 
477 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.18 
 
 
467 aa  349  5e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.63 
 
 
503 aa  347  3e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.07 
 
 
476 aa  346  6e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  42.27 
 
 
497 aa  345  8.999999999999999e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.69 
 
 
480 aa  345  1e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.66 
 
 
492 aa  345  1e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.71 
 
 
481 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.49 
 
 
507 aa  343  5e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.43 
 
 
499 aa  342  8e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.1 
 
 
507 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.1 
 
 
507 aa  341  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0101  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.11 
 
 
472 aa  339  7e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.13 
 
 
470 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  46.21 
 
 
467 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0169  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  43.56 
 
 
493 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204876 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  44.27 
 
 
500 aa  336  5e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40 
 
 
525 aa  336  5.999999999999999e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  44.18 
 
 
469 aa  336  5.999999999999999e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  44.96 
 
 
501 aa  336  5.999999999999999e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.1 
 
 
510 aa  335  9e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.89 
 
 
507 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  44.63 
 
 
513 aa  334  2e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.44 
 
 
485 aa  334  2e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.89 
 
 
507 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  42.89 
 
 
507 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.27 
 
 
495 aa  333  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4833  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.26 
 
 
474 aa  334  3e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.820871  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2510  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.06 
 
 
465 aa  333  4e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2059  Outer membrane efflux protein  44.44 
 
 
513 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.26387  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1905  outer membrane efflux protein OprA  44.44 
 
 
516 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.83 
 
 
514 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  41.61 
 
 
514 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1660  hypothetical protein  44.23 
 
 
516 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.077421  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  42.36 
 
 
514 aa  328  9e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46 
 
 
483 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2443  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.98 
 
 
544 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167735  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.16 
 
 
471 aa  327  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3590  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  44.11 
 
 
491 aa  328  2.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.99 
 
 
619 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.824568  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2309  outer membrane efflux protein  44.99 
 
 
619 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.650756  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0995  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.99 
 
 
619 aa  327  3e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.13 
 
 
467 aa  326  5e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  41.94 
 
 
469 aa  326  5e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2178  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.64 
 
 
479 aa  326  6e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1392  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.99 
 
 
619 aa  326  6e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1081  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.78 
 
 
619 aa  326  7e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.566614  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.09 
 
 
519 aa  325  7e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  44.03 
 
 
492 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.09 
 
 
543 aa  325  9e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2327  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.44 
 
 
528 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.356993  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.3 
 
 
514 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  44.3 
 
 
514 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  44.3 
 
 
553 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  44.3 
 
 
512 aa  323  3e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>