More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1831 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1831  transcriptional regulator  100 
 
 		 482 aa  979    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2669  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 		 476 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2910  regulatory protein, GntR  43.7 
 
 		 468 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.779971  normal  0.0177788 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3037  transcriptional regulator, putative  42.95 
 
 		 468 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00850156  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2953  GntR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 450 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0756027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2860  GntR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 451 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2829  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.354148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2975  GntR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 448 aa  230  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.23319  normal  0.0575809 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4479  GntR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 477 aa  163  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2129  GntR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 469 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.98832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2122  GntR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 473 aa  160  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1337  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.86 
 
 		 487 aa  160  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3572  transcriptional regulator  27.31 
 
 		 470 aa  156  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.529399 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3448  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 470 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3375  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.31 
 
 		 470 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3726  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.85 
 
 		 479 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0965  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 470 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0915  GntR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 470 aa  154  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1184  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.58 
 
 		 479 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26590  GntR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 479 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.079349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2257  putative transcriptional regulator  25.27 
 
 		 479 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1562  aminotransferase, classes I and II superfamily  27.08 
 
 		 474 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1778  aminotransferase, classes I and II superfamily  27.08 
 
 		 474 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1743  aminotransferase  27.08 
 
 		 474 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.455944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1716  aminotransferase, classes I and II superfamily  27.08 
 
 		 474 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1713  aminotransferase, classes I and II superfamily  27.08 
 
 		 474 aa  150  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2231  GntR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 433 aa  150  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2521  aminotransferase  27.42 
 
 		 433 aa  149  8e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1656  GntR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 509 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.928604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3059  GntR family transcriptional regulator  23.71 
 
 		 473 aa  149  1.0000000000000001e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0865812  hitchhiker  0.000973023 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0931  GntR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 479 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2858  transcriptional regulator  27.93 
 
 		 472 aa  148  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.640766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.39 
 
 		 473 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0126986  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4612  aminotransferase  24.52 
 
 		 480 aa  147  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4197  GntR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 530 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3521  transcriptional regulator  25.49 
 
 		 480 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2529  GntR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 487 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4112  GntR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 479 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.282871 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0929  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 470 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.892808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2701  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 502 aa  143  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.193287  normal  0.0380236 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3723  transcriptional regulator  26.96 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1618  GntR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 468 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3769  transcriptional regulator  25.27 
 
 		 480 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.492539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4568  GntR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 470 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01396  fused predicted DNA-binding transcriptional regulator/predicted amino transferase  28.3 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2207  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  28.3 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0018  GntR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 478 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.422778  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2000  regulatory protein, GntR  26.13 
 
 		 479 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0975801 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01894  hypothetical protein  26.86 
 
 		 463 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01407  hypothetical protein  28.3 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2220  transcriptional regulator  28.3 
 
 		 468 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.94237 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3656  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.08 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4886  GntR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.344602  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5854  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  27.08 
 
 		 470 aa  141  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.491083 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1972  GntR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 470 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0195  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 476 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.344664  hitchhiker  0.000191089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5185  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 496 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0411857 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6695  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.71 
 
 		 461 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.780061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2611  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.79 
 
 		 479 aa  140  4.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.892437  normal  0.704953 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2044  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, classes I and II  28.24 
 
 		 468 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00402201  hitchhiker  0.0000000000000583102 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5275  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 496 aa  140  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.187277  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0096  transcriptional regulator, GntR family/aminotransferase, class I  26.39 
 
 		 473 aa  140  7e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2190  transcriptional regulator, GntR family  25.92 
 
 		 479 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1735  GntR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 468 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.453488  hitchhiker  0.0000000000634797 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0803  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.91 
 
 		 480 aa  139  1e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.284256  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4467  transcriptional regulator  27.77 
 
 		 473 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.652401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2230  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 469 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.630416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0145  GntR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 472 aa  138  2e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.434271  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4810  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  24.04 
 
 		 474 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0244404  hitchhiker  0.0000000000137556 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1523  GntR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 468 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1725  GntR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 483 aa  139  2e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.809338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1524  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  26.21 
 
 		 483 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.790712  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2744  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  26.36 
 
 		 483 aa  138  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2175  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.99 
 
 		 498 aa  138  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000386  transcriptional regulator GntR family  26.64 
 
 		 471 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.882947  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0157  GntR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 477 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00565529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3544  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 469 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.384624  normal  0.66471 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3581  transcriptional regulator  27.68 
 
 		 473 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634992  normal  0.954313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5327  transcriptional regulator  27.59 
 
 		 496 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.898471  normal  0.06298 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4761  aminotransferase, classes I and II superfamily  26.42 
 
 		 471 aa  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4005  GntR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 473 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.723654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4066  transcriptional regulator  27.03 
 
 		 478 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.974396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0230  transcriptional regulator GntR  25.54 
 
 		 473 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1939  transcriptional regulator  24.2 
 
 		 476 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0234327  normal  0.0215976 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1450  GntR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 504 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00080879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2226  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  29.05 
 
 		 470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1487  GntR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 477 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.539495  normal  0.767107 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1126  GntR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5727  transcriptional regulator  27.42 
 
 		 473 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.769586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0850  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  25.27 
 
 		 492 aa  134  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4578  GntR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 473 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0494  GntR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 471 aa  134  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.416299 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3790  GntR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 478 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3442  GntR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 481 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0677812  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003147  GntR-family regulatory protein  25.57 
 
 		 468 aa  134  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00323958  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1940  transcriptional regulator  26.77 
 
 		 469 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2379  transcriptional regulator  26.52 
 
 		 469 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.228366  normal  0.534962 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6904  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 483 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2450  GntR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 469 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00121397  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4517  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  27.33 
 
 		 471 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>