More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2434 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2434  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 		 357 aa  719    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2051  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.66 
 
 		 356 aa  408  1e-113  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2092  O-succinylbenzoate-CoA synthase  55.46 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0327  O-succinylbenzoate-CoA synthase  53.5 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.012502 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1718  O-succinylbenzoate-CoA synthase  56.57 
 
 		 363 aa  361  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2078  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.32 
 
 		 365 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.310676 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1881  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.54 
 
 		 365 aa  308  8e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0587  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.68 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.270423  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0190  O-succinylbenzoate-CoA synthase  32.92 
 
 		 337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0563  O-succinylbenzoate synthase  30.29 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00751682  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2892  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.98 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.32058  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02188  O-succinylbenzoate synthase  31.78 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1396  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.78 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02147  hypothetical protein  31.78 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1387  O-succinylbenzoate synthase  31.78 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2416  O-succinylbenzoate synthase  31.78 
 
 		 320 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0291252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1485  O-succinylbenzoate synthase  30.67 
 
 		 323 aa  110  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3403  O-succinylbenzoate synthase  31.46 
 
 		 320 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.079647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2640  O-succinylbenzoate synthase  31.46 
 
 		 320 aa  109  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00569926  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3200  O-succinylbenzoate synthase  29.28 
 
 		 323 aa  109  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1592  O-succinylbenzoate synthase  30.37 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1114  O-succinylbenzoate synthase  29.63 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.236827  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2557  O-succinylbenzoate synthase  31.46 
 
 		 320 aa  108  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.54989  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3280  O-succinylbenzoate synthase  30.49 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1782  O-succinylbenzoate synthase  29.32 
 
 		 323 aa  107  3e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.495059 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3769  O-succinylbenzoate synthase  30.68 
 
 		 349 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.677399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2546  O-succinylbenzoate synthase  30.79 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.157759  normal  0.70681 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2407  O-succinylbenzoate synthase  31.15 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.261329  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2534  O-succinylbenzoate synthase  30.79 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3842  O-succinylbenzoate synthase  30.4 
 
 		 349 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.814694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3967  O-succinylbenzoate synthase  29.55 
 
 		 349 aa  103  4e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2442  O-succinylbenzoate synthase  30.79 
 
 		 320 aa  103  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0308948  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2491  O-succinylbenzoate synthase  30.48 
 
 		 320 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.31031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3011  O-succinylbenzoate synthase  31.9 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3973  O-succinylbenzoate synthase  27.46 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1102  O-succinylbenzoate synthase  30.31 
 
 		 324 aa  99  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1048  O-succinylbenzoate synthase  31.06 
 
 		 322 aa  97.8  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0416842  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3462  O-succinylbenzoate synthase  29.34 
 
 		 367 aa  94  4e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2370  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.45 
 
 		 366 aa  92.8  8e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2650  O-succinylbenzoate synthase  29.21 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.128431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0393  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.06 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.182534  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0280  O-succinylbenzoate synthase  27.89 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2811  O-succinylbenzoate synthase  29.56 
 
 		 321 aa  88.2  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.955541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3601  O-succinylbenzoate synthase  29.33 
 
 		 352 aa  88.2  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1558  O-succinylbenzoate synthase  30.85 
 
 		 332 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004029  O-succinylbenzoate-CoA synthase  29.01 
 
 		 329 aa  87.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0224  O-succinylbenzoate synthase  29.14 
 
 		 351 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1130  O-succinylbenzoate-CoA synthase  29.64 
 
 		 333 aa  84.7  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.258184  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2249  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.95 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.158661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2788  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.64 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1207  O-succinylbenzoate synthase  26.65 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2645  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.22 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01432  O-succinylbenzoate synthase  26.85 
 
 		 329 aa  82.8  0.000000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4575  O-succinylbenzoate synthase  27.61 
 
 		 374 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3556  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.71 
 
 		 363 aa  82  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.21436  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1236  O-succinylbenzoate synthase  26.35 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0203979  normal  0.74541 
 
 
-
 
NC_002950  PG1522  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  25.63 
 
 		 356 aa  79.3  0.00000000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000142999 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11263  chloromuconate cycloisomerase  27.3 
 
 		 346 aa  79.3  0.00000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2635  O-succinylbenzoate synthase  28.66 
 
 		 320 aa  79.3  0.0000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2232  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.98 
 
 		 309 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.469414  normal  0.296899 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4159  O-succinylbenzoate synthase  28.24 
 
 		 366 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0207  O-succinylbenzoate synthase  26.87 
 
 		 351 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.500641  hitchhiker  0.0000148357 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0176  O-succinylbenzoate synthase  28.19 
 
 		 366 aa  77  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.897606  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4992  N-acylamino acid racemase  25.17 
 
 		 368 aa  75.9  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4290  O-succinylbenzoate synthase  28.86 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0013  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  22.84 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000640501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0177  O-succinylbenzoate synthase  28.86 
 
 		 366 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5719  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.84 
 
 		 388 aa  75.5  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1410  O-succinylbenzoate synthase  29.38 
 
 		 317 aa  74.7  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0308  O-succinylbenzoate synthase  27.51 
 
 		 364 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2020  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.84 
 
 		 366 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2415  chloromuconate cycloisomerase  26.32 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.495958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2971  AMP-dependent synthetase and ligase  25.72 
 
 		 955 aa  74.3  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1393  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  26.71 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4746  N-acylamino acid racemase  25.08 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5107  N-acylamino acid racemase  25.08 
 
 		 368 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4964  N-acylamino acid racemase  25.17 
 
 		 368 aa  73.2  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2566  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.95 
 
 		 327 aa  72.8  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.903324  normal  0.0772573 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04247  chloromuconate cycloisomerase  25.68 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5011  N-acylamino acid racemase  25.08 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4606  N-acylamino acid racemase; O-succinylbenzoate synthase  25.08 
 
 		 368 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.820644  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07320  enolase superfamily enzyme related to L-alanine-DL-glutamate epimerase  30.66 
 
 		 335 aa  72  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.840845  normal  0.0428996 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3489  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.08 
 
 		 368 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1775  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.7 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4563  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.43 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.856374  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0533  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.77 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.102302  normal  0.0295996 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.23 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4584  enolase superfamily protein; N-acylamino acid racemase, mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, or o-succinylbenzoate synthase  24.76 
 
 		 368 aa  70.5  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1603  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25.76 
 
 		 341 aa  70.1  0.00000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.929167  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6284  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.29 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1741  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.74 
 
 		 370 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1827  o-succinylbenzoic acid (OSB) synthetase  26.49 
 
 		 372 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.243461  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2610  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.562988  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4981  N-acylamino acid racemase  24.14 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2898  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  23.97 
 
 		 350 aa  68.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4068  O-succinylbenzoate synthase  26.89 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000591111 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2879  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.27 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00129652  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2438  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  24.06 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.502974  normal  0.215432 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2578  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.15 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.15317  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0256  N-acylamino acid racemase  23.82 
 
 		 368 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0874695  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>