More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4120 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4120  DNA-binding response regulator CreB  100 
 
 		 226 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0568  DNA-binding response regulator CreB  78.41 
 
 		 229 aa  345  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0391692  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06060  DNA-binding response regulator CreB  77.09 
 
 		 229 aa  339  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00519358 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4871  DNA-binding response regulator CreB  73.78 
 
 		 226 aa  325  3e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608103  normal  0.305164 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0360  DNA-binding response regulator CreB  73.33 
 
 		 226 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.48199  normal  0.18469 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5196  DNA-binding response regulator CreB  73.33 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.247569 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0357  DNA-binding response regulator CreB  72 
 
 		 226 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.501858  normal  0.680539 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0185  DNA-binding response regulator CreB  56.95 
 
 		 226 aa  263  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1652  DNA-binding response regulator CreB  56.39 
 
 		 232 aa  251  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0912  DNA-binding response regulator CreB  58.37 
 
 		 236 aa  249  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5485  DNA-binding response regulator CreB  55.56 
 
 		 237 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.631221 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3569  DNA-binding response regulator CreB  55.56 
 
 		 237 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0155325  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4798  DNA-binding response regulator CreB  55.56 
 
 		 237 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3896  DNA-binding response regulator CreB  57.59 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.49169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2656  two component transcriptional regulator  51.82 
 
 		 226 aa  239  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.311089  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3176  DNA-binding response regulator CreB  54.5 
 
 		 226 aa  238  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0818547  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0875  DNA-binding response regulator CreB  53.91 
 
 		 232 aa  235  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0878  DNA-binding response regulator CreB  53.91 
 
 		 232 aa  235  4e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3843  DNA-binding response regulator CreB  53.48 
 
 		 232 aa  233  3e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.980313 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04274  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CreC  53.18 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04239  hypothetical protein  53.18 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3658  DNA-binding response regulator CreB  53.18 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4839  DNA-binding response regulator CreB  54.05 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.877159  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3599  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.18 
 
 		 229 aa  225  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4949  DNA-binding response regulator CreB  53.18 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5913  DNA-binding response regulator CreB  53.18 
 
 		 229 aa  225  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4946  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 		 229 aa  225  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4912  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 		 229 aa  224  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5000  DNA-binding response regulator CreB  53.6 
 
 		 229 aa  224  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1992  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.09 
 
 		 233 aa  224  9e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4634  DNA-binding response regulator CreB  52.73 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4997  DNA-binding response regulator CreB  52.27 
 
 		 229 aa  222  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4998  DNA-binding response regulator CreB  53.15 
 
 		 229 aa  222  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.866584 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0559  DNA-binding response regulator CreB  52.7 
 
 		 229 aa  221  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1317  two component transcriptional regulator  51.91 
 
 		 240 aa  221  8e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.886781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0030  two component transcriptional regulator  47.52 
 
 		 282 aa  217  1e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.380288 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4946  DNA-binding response regulator CreB  52.07 
 
 		 221 aa  216  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1204  DNA-binding response regulator CreB  50.22 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.155073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0027  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.82 
 
 		 260 aa  211  7.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0135  two component transcriptional regulator  51.49 
 
 		 251 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.134918  normal  0.276067 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06627  hypothetical protein  49.12 
 
 		 264 aa  206  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3557  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.53 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1201  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  47.53 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.106709  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2477  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2368  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.531777  normal  0.413146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2361  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3019  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0767733 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2261  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.806239  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2689  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  45.13 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01984  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with BaeS  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1577  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01976  hypothetical protein  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2221  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1307  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  45.74 
 
 		 242 aa  190  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0981  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.443633  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2317  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.69 
 
 		 240 aa  189  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3302  two component transcriptional regulator  45.54 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.288231  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1562  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.25 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.279171  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2371  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.25 
 
 		 240 aa  187  9e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1154  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.25 
 
 		 240 aa  187  9e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.233901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0237  two component transcriptional regulator  47.53 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2707  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  46.61 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33731  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2972  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  45.29 
 
 		 242 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1327  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  44.84 
 
 		 239 aa  186  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4585  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.23 
 
 		 234 aa  186  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.209184  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3118  DNA-binding response regulator  46.64 
 
 		 227 aa  185  5e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2476  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 		 241 aa  185  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000027247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5423  two component transcriptional regulator  44.44 
 
 		 239 aa  184  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2868  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.59 
 
 		 227 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0808147  normal  0.133304 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6330  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 234 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000626879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  43.56 
 
 		 226 aa  182  3e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1104  response regulator receiver protein  42.08 
 
 		 222 aa  182  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2910  response regulator receiver  43.61 
 
 		 230 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.36 
 
 		 226 aa  181  9.000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0969  two component transcriptional regulator  41.82 
 
 		 226 aa  180  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.165699  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4211  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.24 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 229 aa  179  2.9999999999999997e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4321  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.24 
 
 		 219 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0131168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2724  response regulator receiver domain-containing protein  39.19 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.480114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0968  two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000899876  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3335  two component transcriptional regulator  45 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.428008 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3292  two component transcriptional regulator  42.73 
 
 		 225 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.580789  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0268  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.25 
 
 		 227 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.509377 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0951  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 223 aa  178  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.207417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0318  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 227 aa  178  7e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3305  DNA-binding response regulator BaeR  43.67 
 
 		 232 aa  178  8e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.304306  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  40.89 
 
 		 226 aa  178  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  43.81 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05646  two-component response regulator transcription regulator protein  42.4 
 
 		 219 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3840  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.3 
 
 		 229 aa  177  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4322  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.81 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.05 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  43.11 
 
 		 229 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2590  two component transcriptional regulator  41.26 
 
 		 230 aa  175  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0834  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  47.14 
 
 		 265 aa  175  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0108417 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1493  two component transcriptional regulator  45.13 
 
 		 232 aa  175  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.12584  normal  0.340507 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  44.04 
 
 		 227 aa  174  8e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.5 
 
 		 237 aa  174  9e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>