More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3126 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
303 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4130  alpha/beta hydrolase fold protein  46.67 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3822  alpha/beta hydrolase fold  46.67 
 
 
308 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2437  alpha/beta hydrolase fold  43.44 
 
 
251 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1448  Alpha/beta hydrolase fold  38.91 
 
 
286 aa  159  5e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4562  alpha/beta hydrolase fold protein  39.91 
 
 
260 aa  132  6e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0122  alpha/beta hydrolase fold  30.22 
 
 
268 aa  106  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05670  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  33.77 
 
 
267 aa  105  9e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.493353  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0200  alpha/beta hydrolase fold protein  32 
 
 
251 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.127283  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3801  alpha/beta hydrolase fold protein  30.17 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1296  alpha/beta hydrolase fold protein  33.33 
 
 
292 aa  88.6  1e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0671878  hitchhiker  0.00361499 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  28.3 
 
 
314 aa  86.7  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1109  alpha/beta hydrolase fold  32.6 
 
 
248 aa  85.9  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00126644  hitchhiker  0.00394602 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3250  Alpha/beta hydrolase fold  32.44 
 
 
273 aa  85.5  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000000000180136  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0108  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  28.42 
 
 
639 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  30.4 
 
 
263 aa  84.3  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0316  alpha/beta hydrolase fold  28.81 
 
 
316 aa  84.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  hitchhiker  0.00660595 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  31.15 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0085  alpha/beta hydrolase fold protein  30.53 
 
 
280 aa  82.4  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  30.89 
 
 
265 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2664  alpha/beta hydrolase fold protein  30.86 
 
 
321 aa  82  0.00000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4681  alpha/beta hydrolase fold protein  28.9 
 
 
333 aa  81.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1343  alpha/beta hydrolase fold protein  26.71 
 
 
293 aa  80.9  0.00000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0161559  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1552  alpha/beta hydrolase fold protein  34.04 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.116512  hitchhiker  0.00140159 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0955  alpha/beta hydrolase fold  39.82 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0263  Alpha/beta hydrolase fold  28.23 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191481  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5145  alpha/beta hydrolase fold protein  35.82 
 
 
297 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  28.12 
 
 
285 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.36178  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1578  3-oxoadipate enol-lactonase  28.62 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000336054  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1801  alpha/beta hydrolase fold  23.68 
 
 
254 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0986  alpha/beta hydrolase fold protein  28.77 
 
 
279 aa  78.2  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.900551 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3763  alpha/beta hydrolase fold protein  32.07 
 
 
260 aa  77  0.0000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.303552  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0225  alpha/beta hydrolase fold  28.86 
 
 
272 aa  76.6  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.701432  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1310  alpha/beta hydrolase fold protein  30.51 
 
 
301 aa  76.6  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3159  alpha/beta hydrolase  30.16 
 
 
268 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1330  alpha/beta hydrolase fold  30.34 
 
 
260 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.515623  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4961  alpha/beta hydrolase fold  31.28 
 
 
269 aa  75.9  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1824  alpha/beta hydrolase fold protein  27.59 
 
 
309 aa  75.5  0.0000000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3961  alpha/beta hydrolase fold  29.71 
 
 
260 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.611478 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6373  alpha/beta hydrolase fold protein  23.71 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1565  alpha/beta hydrolase fold  28.25 
 
 
363 aa  75.5  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.461626  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1756  alpha/beta hydrolase fold  28.87 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3528  alpha/beta fold family hydrolase/acetyltransferase-like protein  31.65 
 
 
518 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1108  alpha/beta hydrolase fold  32.63 
 
 
246 aa  74.7  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00367251  hitchhiker  0.00365287 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3531  hydrolase or acyltransferase-like protein  28.93 
 
 
425 aa  74.7  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.17214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3187  Alpha/beta hydrolase fold  26.8 
 
 
293 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.162983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3930  alpha/beta hydrolase fold protein  26.37 
 
 
303 aa  73.9  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2846  alpha/beta hydrolase  27.59 
 
 
263 aa  73.6  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455911  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4521  alpha/beta hydrolase fold  28.41 
 
 
270 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.78404  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1764  alpha/beta hydrolase fold  30.12 
 
 
256 aa  73.9  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.112264  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  28.57 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3157  alpha/beta fold family hydrolase  27.02 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0795  alpha/beta hydrolase fold protein  29.88 
 
 
267 aa  73.6  0.000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.814605  normal  0.361628 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3084  3-oxoadipate enol-lactonase  23.61 
 
 
300 aa  73.2  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0473381  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3545  alpha/beta hydrolase fold protein  29.71 
 
 
283 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158387  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3546  3-oxoadipate enol-lactonase  29.57 
 
 
251 aa  73.2  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0975813  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53540  hydrolase  34.62 
 
 
313 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.187191  decreased coverage  0.0000594216 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0648  alpha/beta hydrolase fold protein  29.13 
 
 
226 aa  73.2  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0281045 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4621  alpha/beta hydrolase fold  29.71 
 
 
283 aa  73.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0199  alpha/beta hydrolase fold protein  29.44 
 
 
254 aa  72.8  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.355967  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3655  alpha/beta hydrolase fold  30.51 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1520  alpha/beta hydrolase fold  34.85 
 
 
323 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3719  alpha/beta hydrolase fold  28.25 
 
 
260 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  hitchhiker  0.00169195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5558  alpha/beta hydrolase fold protein  29.58 
 
 
227 aa  72.4  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  28.94 
 
 
287 aa  72.4  0.000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3320  hydrolase, alpha/beta fold family  23.61 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3743  Alpha/beta hydrolase  31.33 
 
 
300 aa  72  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0220967  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8523  alpha/beta hydrolase fold protein  25 
 
 
323 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5150  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0685525  normal  0.697415 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5203  alpha/beta hydrolase fold protein  26.36 
 
 
260 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.112668  normal  0.598208 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1487  alpha/beta hydrolase fold protein  30.59 
 
 
267 aa  72  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.672056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4681  alpha/beta hydrolase fold  34.33 
 
 
321 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.490512  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1695  alpha/beta hydrolase fold protein  33.49 
 
 
284 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.194275  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2251  Alpha/beta hydrolase fold-1  33.49 
 
 
284 aa  71.2  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.154511  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6705  alpha/beta hydrolase fold protein  27.5 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1754  alpha/beta hydrolase fold  48.75 
 
 
277 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3762  alpha/beta hydrolase fold  40 
 
 
260 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.543729  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0439  alpha/beta hydrolase fold protein  27.68 
 
 
293 aa  71.2  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.580414  normal  0.906073 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1077  alpha/beta hydrolase fold protein  32.54 
 
 
290 aa  71.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0749091  normal  0.76361 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3633  alpha/beta hydrolase fold  29.27 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0170844  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3098  alpha/beta fold family hydrolase  23.26 
 
 
300 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.833481  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3343  alpha/beta fold family hydrolase  23.26 
 
 
300 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3776  alpha/beta hydrolase fold  27.94 
 
 
361 aa  70.9  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.904669  decreased coverage  0.00241214 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1835  alpha/beta hydrolase fold  30.24 
 
 
268 aa  70.5  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2886  alpha/beta hydrolase fold  27.04 
 
 
290 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1622  alpha/beta hydrolase fold  33.49 
 
 
284 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3658  alpha/beta hydrolase fold  34.07 
 
 
311 aa  70.1  0.00000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0572  alpha/beta hydrolase fold  27.35 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1253  alpha/beta hydrolase fold  25.34 
 
 
298 aa  70.5  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.188153  normal  0.590935 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2793  alpha/beta hydrolase fold protein  27.27 
 
 
281 aa  69.7  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.370056 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3881  alpha/beta hydrolase fold protein  30.23 
 
 
300 aa  69.7  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.909678  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2995  3-oxoadipate enol-lactonase  23.26 
 
 
300 aa  70.1  0.00000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000386793  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3962  3-oxoadipate enol-lactonase  28.25 
 
 
266 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535477  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0350  alpha/beta hydrolase fold protein  27.96 
 
 
308 aa  69.7  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.931364 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15080  2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedioic acid hydrolase  28.95 
 
 
288 aa  69.7  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.625795  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1731  alpha/beta hydrolase fold  29.68 
 
 
251 aa  69.7  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0892  alpha/beta hydrolase fold  27.06 
 
 
272 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0423954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>