More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3719 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_3719  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
260 aa  522  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  hitchhiker  0.00169195 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3961  alpha/beta hydrolase fold  89.58 
 
 
260 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.611478 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1756  alpha/beta hydrolase fold  89.62 
 
 
260 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1330  alpha/beta hydrolase fold  76.83 
 
 
260 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.515623  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3175  hypothetical protein  68.85 
 
 
260 aa  355  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567712  normal  0.0913717 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1561  hydrolase protein  50.57 
 
 
274 aa  248  8e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1573  alpha/beta hydrolase fold protein  49.81 
 
 
281 aa  246  4e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1992  alpha/beta hydrolase fold  50.19 
 
 
274 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45941  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1662  alpha/beta hydrolase fold protein  50.19 
 
 
274 aa  241  6e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.665083  normal  0.0127757 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1252  alpha/beta fold hydrolase  52.27 
 
 
274 aa  241  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0828608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1133  alpha/beta hydrolase fold  51.52 
 
 
271 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.03617  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2771  alpha/beta hydrolase fold  49.06 
 
 
277 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1677  alpha/beta hydrolase fold protein  47.37 
 
 
270 aa  219  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3159  alpha/beta hydrolase  44.32 
 
 
268 aa  210  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1835  alpha/beta hydrolase fold  44.19 
 
 
268 aa  207  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2759  alpha/beta hydrolase fold  43.66 
 
 
272 aa  204  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0191279  normal  0.157036 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1356  Alpha/beta hydrolase fold protein  49.62 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.965846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2049  alpha/beta hydrolase fold protein  42.16 
 
 
273 aa  190  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181769  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1655  alpha/beta hydrolase fold  41.79 
 
 
273 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.831884  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4961  alpha/beta hydrolase fold  41.04 
 
 
269 aa  184  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3781  alpha/beta hydrolase fold  43.07 
 
 
279 aa  182  6e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.812813 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2998  alpha/beta hydrolase fold  41.95 
 
 
269 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.186878 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1273  Alpha/beta hydrolase fold  39.38 
 
 
258 aa  168  8e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.879726  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1521  alpha/beta hydrolase fold  40.29 
 
 
287 aa  143  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0353  alpha/beta hydrolase fold  32.3 
 
 
256 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1365  alpha/beta hydrolase fold protein  38.31 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  26.42 
 
 
258 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  32.48 
 
 
255 aa  92  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1234  alpha/beta hydrolase fold  27.16 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.86 
 
 
370 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.77 
 
 
371 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.62 
 
 
371 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6938  alpha/beta hydrolase fold protein  25.1 
 
 
279 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.178748 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3387  alpha/beta hydrolase fold  29.07 
 
 
306 aa  79.3  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2379  alpha/beta hydrolase fold protein  29.46 
 
 
261 aa  79.3  0.00000000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.173076  normal  0.904893 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.91 
 
 
371 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.91 
 
 
371 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2731  hydrolase, alpha/beta fold family  28.69 
 
 
258 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1712  alpha/beta hydrolase fold protein  27.33 
 
 
373 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  29.92 
 
 
272 aa  77  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.95 
 
 
370 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  28.97 
 
 
263 aa  76.6  0.0000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0625  alpha/beta hydrolase fold  30.48 
 
 
423 aa  75.9  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.537293  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  31.78 
 
 
274 aa  75.9  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  30.98 
 
 
277 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0751  alpha/beta hydrolase fold  26.52 
 
 
270 aa  75.5  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.158146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  30.98 
 
 
292 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3756  alpha/beta hydrolase fold  29.74 
 
 
504 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.740741  normal  0.0321393 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0728  alpha/beta hydrolase fold  27.65 
 
 
336 aa  74.7  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000117195  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0225  alpha/beta hydrolase fold  30.68 
 
 
272 aa  75.1  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.701432  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1764  alpha/beta hydrolase fold protein  29.17 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0171248  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2793  alpha/beta hydrolase fold protein  29.84 
 
 
281 aa  73.6  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.370056 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3629  alpha/beta hydrolase fold  27.6 
 
 
306 aa  73.9  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.030304  hitchhiker  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  30.5 
 
 
277 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4516  alpha/beta hydrolase fold  29.54 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.320967  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  28.26 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  28.25 
 
 
303 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  31.54 
 
 
271 aa  73.2  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  27.34 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0595  putative lactone hydrolase  28.57 
 
 
265 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.208776 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3532  alpha/beta hydrolase fold  31.58 
 
 
298 aa  72.4  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.961307  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0712  alpha/beta hydrolase fold protein  28.03 
 
 
260 aa  72.4  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0254  alpha/beta hydrolase fold protein  31.25 
 
 
348 aa  72  0.000000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.328235  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.74 
 
 
370 aa  72  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2809  alpha/beta hydrolase fold  36.8 
 
 
271 aa  71.6  0.00000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.46 
 
 
370 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3527  alpha/beta hydrolase fold  24.14 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425595  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  27.78 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1823  alpha/beta hydrolase fold protein  30.52 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.754545  normal  0.278795 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1970  alpha/beta hydrolase fold  27.08 
 
 
311 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000319634  normal  0.0578642 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  26.47 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5996  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)  26.64 
 
 
260 aa  70.1  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  29.75 
 
 
367 aa  70.1  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4266  alpha/beta hydrolase fold protein  28.57 
 
 
364 aa  70.1  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3601  alpha/beta fold family hydrolase  24.89 
 
 
257 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1142  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)-like protein  27.86 
 
 
390 aa  69.7  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.152589  normal  0.697753 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2047  Alpha/beta hydrolase fold  26.09 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  27.56 
 
 
265 aa  69.3  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3887  alpha/beta fold family hydrolase  24.89 
 
 
257 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2039  alpha/beta hydrolase fold protein  27.54 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3768  hydrolase, alpha/beta fold family  24.89 
 
 
257 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000504294 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  26.82 
 
 
311 aa  69.7  0.00000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  26.34 
 
 
277 aa  69.7  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  26.42 
 
 
295 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2652  alpha/beta hydrolase fold protein  28.77 
 
 
268 aa  68.9  0.00000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.191504  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2266  alpha/beta hydrolase fold protein  28.95 
 
 
274 aa  68.9  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.620512 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1295  3-oxoadipate enol-lactonase  27.23 
 
 
265 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.523958  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  26.83 
 
 
315 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  68.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2410  alpha/beta hydrolase fold protein  29.34 
 
 
265 aa  68.9  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.991498  normal  0.124354 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  26.83 
 
 
315 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  29.77 
 
 
262 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0878  alpha/beta hydrolase fold  30.25 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0136792  hitchhiker  0.00000592996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0892  alpha/beta hydrolase fold  29.41 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0423954 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0285  3-oxoadipate enol-lactonase, putative  25 
 
 
259 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0385204 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2544  alpha/beta hydrolase fold  26.07 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0151545  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0152  alpha/beta hydrolase fold  28.51 
 
 
279 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2918  alpha/beta hydrolase fold  27.97 
 
 
312 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.906544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>