More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1756 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1756  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
260 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3961  alpha/beta hydrolase fold  93.05 
 
 
260 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.611478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3719  alpha/beta hydrolase fold  89.62 
 
 
260 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.815141  hitchhiker  0.00169195 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1330  alpha/beta hydrolase fold  76.83 
 
 
260 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.515623  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3175  hypothetical protein  70.16 
 
 
260 aa  355  5e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567712  normal  0.0913717 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1573  alpha/beta hydrolase fold protein  52.26 
 
 
281 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1561  hydrolase protein  51.33 
 
 
274 aa  249  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1662  alpha/beta hydrolase fold protein  51.71 
 
 
274 aa  248  8e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.665083  normal  0.0127757 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1992  alpha/beta hydrolase fold  51.33 
 
 
274 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.45941  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1252  alpha/beta fold hydrolase  52.27 
 
 
274 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0828608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1133  alpha/beta hydrolase fold  51.14 
 
 
271 aa  240  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.03617  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2771  alpha/beta hydrolase fold  51.5 
 
 
277 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1677  alpha/beta hydrolase fold protein  47.55 
 
 
270 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216999  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1835  alpha/beta hydrolase fold  46.59 
 
 
268 aa  215  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0596048 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2759  alpha/beta hydrolase fold  46.62 
 
 
272 aa  215  7e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0191279  normal  0.157036 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3159  alpha/beta hydrolase  44.7 
 
 
268 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1356  Alpha/beta hydrolase fold protein  50.75 
 
 
277 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.965846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2049  alpha/beta hydrolase fold protein  43.45 
 
 
273 aa  196  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.181769  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1655  alpha/beta hydrolase fold  43.07 
 
 
273 aa  195  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.831884  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2998  alpha/beta hydrolase fold  44.57 
 
 
269 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.186878 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3781  alpha/beta hydrolase fold  45.62 
 
 
279 aa  190  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.812813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4961  alpha/beta hydrolase fold  42.32 
 
 
269 aa  189  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1273  Alpha/beta hydrolase fold  38.95 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.879726  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1521  alpha/beta hydrolase fold  40.14 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0919196 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1365  alpha/beta hydrolase fold protein  40.73 
 
 
263 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.168978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0353  alpha/beta hydrolase fold  34.39 
 
 
256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3798  alpha/beta hydrolase fold protein  29.07 
 
 
258 aa  107  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0396  alpha/beta hydrolase fold protein  33.73 
 
 
255 aa  99.4  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.075233 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2379  alpha/beta hydrolase fold protein  30.28 
 
 
261 aa  85.5  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.173076  normal  0.904893 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3387  alpha/beta hydrolase fold  29.21 
 
 
306 aa  84  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  32.37 
 
 
271 aa  83.6  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1436  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.9 
 
 
371 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517321 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1234  alpha/beta hydrolase fold  26.58 
 
 
262 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0728  alpha/beta hydrolase fold  27.99 
 
 
336 aa  83.2  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000117195  normal  0.409644 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0751  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
270 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.158146 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6938  alpha/beta hydrolase fold protein  26.59 
 
 
279 aa  82.8  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.178748 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0321  alpha/beta hydrolase fold protein  29.27 
 
 
264 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1861  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0337473  normal  0.0227354 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2375  alpha/beta hydrolase fold protein  33.02 
 
 
274 aa  81.3  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.153241  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6242  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1837  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  33.33 
 
 
371 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282403  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2565  alpha/beta hydrolase fold protein  29.76 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0288912  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0341  alpha/beta hydrolase fold  28.86 
 
 
265 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5918  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  32.41 
 
 
370 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  26.1 
 
 
277 aa  79.7  0.00000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3758  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.23 
 
 
370 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.239484  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  28.97 
 
 
263 aa  79  0.00000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4266  alpha/beta hydrolase fold protein  30.17 
 
 
364 aa  78.6  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3645  alpha/beta fold family hydrolase  31.35 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0431011  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0391  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.115733 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0403  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2357  alpha/beta hydrolase fold protein  31.62 
 
 
305 aa  78.2  0.0000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0142155  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2085  alpha/beta hydrolase fold  31.35 
 
 
277 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.622652  normal  0.427031 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0412  alpha/beta hydrolase fold  29.13 
 
 
291 aa  78.2  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0866892  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3629  alpha/beta hydrolase fold  27.18 
 
 
306 aa  77  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.030304  hitchhiker  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2731  hydrolase, alpha/beta fold family  27.17 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0511  alpha/beta hydrolase fold protein  28.63 
 
 
265 aa  76.6  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327319  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2263  alpha/beta hydrolase fold  30.07 
 
 
277 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0254  alpha/beta hydrolase fold protein  30 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.328235  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2793  alpha/beta hydrolase fold protein  29.15 
 
 
281 aa  75.9  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.370056 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1712  alpha/beta hydrolase fold protein  27.18 
 
 
373 aa  75.9  0.0000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.641488  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0625  alpha/beta hydrolase fold  28.97 
 
 
423 aa  75.9  0.0000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.537293  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5996  hydrolase or acyltransferase (alpha/beta hydrolase superfamily)  28.57 
 
 
260 aa  75.5  0.0000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2443  alpha/beta hydrolase fold  27.62 
 
 
275 aa  75.9  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.752916  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0843  Alpha/beta hydrolase fold  28.85 
 
 
272 aa  75.5  0.0000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2047  Alpha/beta hydrolase fold  26.69 
 
 
312 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0636  alpha/beta hydrolase fold protein  28.63 
 
 
237 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.809032  normal  0.841425 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4516  alpha/beta hydrolase fold  28.28 
 
 
310 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.320967  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2792  alpha/beta hydrolase fold protein  29.13 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.377437 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5285  3-oxoadipate enol-lactonase  30.89 
 
 
261 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.221975  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3126  alpha/beta hydrolase fold  28.87 
 
 
303 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.221809  normal  0.0127742 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 
264 aa  74.3  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2912  alpha/beta hydrolase fold  28.24 
 
 
295 aa  73.9  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00287314  normal  0.0690104 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0572  alpha/beta hydrolase fold  29.39 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0285  3-oxoadipate enol-lactonase, putative  25.73 
 
 
259 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0385204 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0315  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  30.31 
 
 
370 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2410  alpha/beta hydrolase fold protein  28.93 
 
 
265 aa  73.9  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.991498  normal  0.124354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2809  alpha/beta hydrolase fold  38.4 
 
 
271 aa  73.2  0.000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0712  alpha/beta hydrolase fold protein  28.03 
 
 
260 aa  73.2  0.000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  27.1 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  31.54 
 
 
367 aa  73.2  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4590  alpha/beta hydrolase fold protein  26.79 
 
 
327 aa  72.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.775489  normal  0.0737458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0479  alpha/beta hydrolase fold  29.62 
 
 
262 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.108292 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  28.93 
 
 
315 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  28.93 
 
 
315 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3161  3-oxoadipate enol-lactonase  30.49 
 
 
261 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0225  alpha/beta hydrolase fold  28.15 
 
 
272 aa  71.6  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.701432  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  26.98 
 
 
276 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3756  alpha/beta hydrolase fold  28.76 
 
 
504 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.740741  normal  0.0321393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3822  alpha/beta hydrolase fold  29.23 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  27.27 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4887  3-oxoadipate enol-lactonase  29.91 
 
 
397 aa  70.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.307912  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2420  alpha/beta hydrolase fold  23.89 
 
 
278 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0232728  decreased coverage  0.0000010023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0263  Alpha/beta hydrolase fold  28.79 
 
 
266 aa  70.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.191481  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10240  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  28.51 
 
 
370 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3527  alpha/beta hydrolase fold  23.73 
 
 
257 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.425595  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3668  alpha/beta hydrolase fold protein  29.81 
 
 
299 aa  70.5  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.217537 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0159  alpha/beta hydrolase fold protein  26.12 
 
 
279 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2572  alpha/beta hydrolase fold protein  28.69 
 
 
263 aa  71.2  0.00000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1595  alpha/beta hydrolase fold  26.78 
 
 
275 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.649162  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>