More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2131 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2131  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  658    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0617506  normal  0.31287 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27250  LysR family transcriptional regulator  72.11 
 
 		 339 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2307  putative transcriptional regulator  75.63 
 
 		 318 aa  487  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1436  LysR family transcriptional regulator  75.87 
 
 		 317 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.634744  normal  0.320614 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3853  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 317 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0876219  normal  0.133098 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1471  LysR family transcriptional regulator  75.24 
 
 		 318 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1861  LysR family transcriptional regulator  75.56 
 
 		 317 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.836857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3995  LysR family transcriptional regulator  72.47 
 
 		 318 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000135296  normal  0.424029 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15310  transcriptional regulatory protein, LysR family  73.97 
 
 		 318 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.313751  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3581  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0465  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 306 aa  235  8e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 		 299 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.16 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2813  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2831  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2956  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0591217 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1545  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.813324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0824  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 309 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2579  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 295 aa  178  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1994  LysR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.728993  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 307 aa  176  6e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 303 aa  175  8e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1094  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 317 aa  175  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 313 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.63 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  36.11 
 
 		 289 aa  171  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  35.76 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 294 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 299 aa  169  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  35.64 
 
 		 306 aa  169  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0549  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 322 aa  169  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.308435  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 298 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  169  8e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 324 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  168  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.38 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3906  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.101389 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 292 aa  166  4e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4262  LysR family transcriptional regulator  39.23 
 
 		 350 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294051  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 301 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0120  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 322 aa  165  9e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1436  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 305 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>