138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1716 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1716  hypothetical protein  100 
 
 		 462 aa  945    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0458772  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4566  hypothetical protein  44.54 
 
 		 470 aa  398  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.348758  normal  0.0184707 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3829  protein of unknown function DUF1254  44.5 
 
 		 445 aa  385  1e-105  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4247  hypothetical protein  43.28 
 
 		 472 aa  376  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.53241  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0382  hypothetical protein  43.91 
 
 		 476 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2480  protein of unknown function DUF1254  40.83 
 
 		 445 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0779635  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8195  protein of unknown function DUF1254  39.64 
 
 		 482 aa  329  6e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0466  protein of unknown function DUF1254  43.59 
 
 		 478 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1253  hypothetical protein  39.22 
 
 		 476 aa  323  3e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.881685  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0423  hypothetical protein  39.6 
 
 		 477 aa  322  9.000000000000001e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531053  normal  0.545062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6753  hypothetical protein  39.36 
 
 		 482 aa  318  2e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00687417 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0232  protein of unknown function DUF1254  40.18 
 
 		 436 aa  316  5e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2634  hypothetical protein  39.54 
 
 		 459 aa  310  4e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.805074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7485  protein of unknown function DUF1254  39.82 
 
 		 490 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1832  hypothetical protein  37.47 
 
 		 488 aa  302  9e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0322254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4623  protein of unknown function DUF1254  36.25 
 
 		 482 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.690064 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3454  hypothetical protein  41.41 
 
 		 473 aa  280  5e-74  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3989  hypothetical protein  34.23 
 
 		 473 aa  260  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0102  protein of unknown function DUF1254  34.7 
 
 		 487 aa  228  2e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.972928 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3300  hypothetical protein  36.3 
 
 		 475 aa  227  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.064553 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0095  protein of unknown function DUF1254  33.87 
 
 		 491 aa  226  9e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.870201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5372  hypothetical protein  33.83 
 
 		 479 aa  223  7e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.920481 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4317  hypothetical protein  33.95 
 
 		 470 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.872596 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3898  hypothetical protein  37.25 
 
 		 442 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.143262  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2936  putative lipoprotein  34.83 
 
 		 465 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1063  hypothetical protein  32.13 
 
 		 493 aa  217  4e-55  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.294245  normal  0.0969669 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4826  hypothetical protein  34.61 
 
 		 479 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.853525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6891  protein of unknown function DUF1214  33.9 
 
 		 472 aa  216  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0179873  normal  0.195601 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0319  putative lipoprotein  35.17 
 
 		 473 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1757  hypothetical protein  35.17 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0409  putative lipoprotein  35.17 
 
 		 473 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.390709  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1467  protein of unknown function DUF1254  31.79 
 
 		 471 aa  215  1.9999999999999998e-54  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00137026  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0254  hypothetical protein  33.11 
 
 		 542 aa  214  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1847  putative lipoprotein  34.94 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.418718  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0851  putative lipoprotein  34.94 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.437824  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1141  putative lipoprotein  34.94 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2115  putative lipoprotein  34.94 
 
 		 473 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2166  putative lipoprotein  33.85 
 
 		 484 aa  210  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.459318  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0165  hypothetical protein  33.19 
 
 		 478 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.477037  normal  0.139033 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5367  hypothetical protein  33.33 
 
 		 478 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5493  hypothetical protein  33.33 
 
 		 478 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0168482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4778  hypothetical protein  33.56 
 
 		 478 aa  207  4e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535493 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3919  hypothetical protein  36.07 
 
 		 438 aa  203  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.820039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3684  hypothetical protein  32.96 
 
 		 488 aa  203  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0446196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2472  hypothetical protein  33.12 
 
 		 469 aa  199  7e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5642  hypothetical protein  32.04 
 
 		 435 aa  197  3e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1374  hypothetical protein  36.34 
 
 		 445 aa  195  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3476  hypothetical protein  32.13 
 
 		 479 aa  194  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.558971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4882  hypothetical protein  32.78 
 
 		 481 aa  193  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.196066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3704  hypothetical protein  31.94 
 
 		 436 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3051  hypothetical protein  32.52 
 
 		 480 aa  190  5e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.738736  normal  0.746733 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1631  hypothetical protein  33.83 
 
 		 798 aa  189  1e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.619053  normal  0.145466 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3390  protein of unknown function DUF1254  32.17 
 
 		 447 aa  188  2e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1375  hypothetical protein  31.63 
 
 		 465 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5150  protein of unknown function DUF1214  32.45 
 
 		 464 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.10916  normal  0.802645 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3151  hypothetical protein  31.5 
 
 		 479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00208087  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3213  hypothetical protein  31.5 
 
 		 479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.211255  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3163  hypothetical protein  31.5 
 
 		 479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5162  hypothetical protein  33.03 
 
 		 432 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3747  hypothetical protein  31.73 
 
 		 479 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5226  hypothetical protein  32.03 
 
 		 480 aa  184  3e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.254071 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0744  hypothetical protein  30.86 
 
 		 485 aa  184  3e-45  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.278709 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5158  hypothetical protein  32.91 
 
 		 480 aa  183  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4218  hypothetical protein  27.44 
 
 		 467 aa  183  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.314234  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6909  protein of unknown function DUF1254  33.33 
 
 		 470 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.566125 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6960  protein of unknown function DUF1254  28.79 
 
 		 480 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6666  protein of unknown function DUF1214  31 
 
 		 492 aa  178  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.371166  normal  0.505876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1456  hypothetical protein  33.71 
 
 		 482 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2979  hypothetical protein  29.49 
 
 		 462 aa  177  5e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.293037  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3077  hypothetical protein  30.57 
 
 		 474 aa  176  6e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.923842  normal  0.428423 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4637  hypothetical protein  34.98 
 
 		 421 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3986  phosphatidylserine decarboxylase  30.15 
 
 		 461 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3029  hypothetical protein  30 
 
 		 488 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633531 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3918  hypothetical protein  30.25 
 
 		 437 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.991862 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0350  hypothetical protein  31.1 
 
 		 465 aa  166  8e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0215119  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3520  hypothetical protein  33.11 
 
 		 427 aa  166  8e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0741  protein of unknown function DUF1214  27 
 
 		 490 aa  166  1.0000000000000001e-39  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5000  hypothetical protein  30.31 
 
 		 512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.163634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1208  hypothetical protein  29.62 
 
 		 484 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.614813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2471  hypothetical protein  29.91 
 
 		 488 aa  158  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1147  hypothetical protein  34.52 
 
 		 479 aa  155  1e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.294682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6080  hypothetical protein  30.54 
 
 		 423 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.985101  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3038  hypothetical protein  26.34 
 
 		 431 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2989  hypothetical protein  24.03 
 
 		 431 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1113  protein of unknown function DUF1214  39.13 
 
 		 200 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.540526  normal  0.810485 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000893  hypothetical protein  25.38 
 
 		 435 aa  121  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1115  protein of unknown function DUF1214  40.24 
 
 		 222 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.829732 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1209  hypothetical protein  27.23 
 
 		 445 aa  120  6e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.376745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5465  hypothetical protein  29.27 
 
 		 451 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640967  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5319  hypothetical protein  27.46 
 
 		 467 aa  117  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138792 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3490  protein of unknown function DUF1254  24.04 
 
 		 452 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1293  hypothetical protein  26.65 
 
 		 482 aa  114  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0149064 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2624  protein of unknown function DUF1214  27.61 
 
 		 459 aa  106  9e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000350326  hitchhiker  0.00368666 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7169  protein of unknown function DUF1214  26.3 
 
 		 456 aa  100  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3496  hypothetical protein  25.39 
 
 		 449 aa  91.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4286  hypothetical protein  26.89 
 
 		 480 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4372  hypothetical protein  26.89 
 
 		 480 aa  89.4  1e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0578425  normal  0.546982 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2980  hypothetical protein  24.51 
 
 		 466 aa  86.7  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.125715  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6394  hypothetical protein  23.5 
 
 		 491 aa  79.7  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4999  hypothetical protein  23.4 
 
 		 506 aa  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0433305  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>