101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3063 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3063  Helix-turn-helix type 11 domain protein  100 
 
 		 235 aa  483  1e-135  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0842494  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  29.28 
 
 		 324 aa  79.3  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.62 
 
 		 321 aa  78.6  0.00000000000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.65 
 
 		 336 aa  68.6  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.01 
 
 		 319 aa  61.6  0.00000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.75 
 
 		 327 aa  59.3  0.00000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0247  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  28.31 
 
 		 227 aa  58.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.02 
 
 		 320 aa  57  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.22 
 
 		 230 aa  54.3  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  27.68 
 
 		 336 aa  54.3  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1363  YobV  25.45 
 
 		 311 aa  54.3  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.396054  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.17 
 
 		 237 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  23.39 
 
 		 229 aa  53.5  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2166  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.88 
 
 		 320 aa  53.5  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.304825  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.69 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  25 
 
 		 330 aa  52.4  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3075  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.94 
 
 		 326 aa  52.4  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00643592  unclonable  0.0000000271212 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  25.23 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0788  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  21.97 
 
 		 319 aa  51.2  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.62 
 
 		 317 aa  50.8  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  21.1 
 
 		 318 aa  50.8  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 231 aa  50.1  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  24 
 
 		 230 aa  49.7  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0064  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.66 
 
 		 328 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.05 
 
 		 302 aa  50.1  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.2 
 
 		 323 aa  49.3  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2944  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.91 
 
 		 324 aa  48.5  0.00008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2304  helix-turn-helix, type 11  27.38 
 
 		 208 aa  48.5  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2042  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  21.53 
 
 		 307 aa  48.5  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.395632  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  32.95 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  46.27 
 
 		 234 aa  48.1  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.69 
 
 		 221 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.65 
 
 		 230 aa  48.1  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3029  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.51 
 
 		 327 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.189154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1013  hypothetical protein  37.25 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.18033  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3902  hypothetical protein  27.69 
 
 		 221 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2425  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  35.9 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0915708 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1647  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  27.98 
 
 		 299 aa  47.4  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0452  helix-turn-helix type 11 domain protein  24.38 
 
 		 324 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0335  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.92 
 
 		 321 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.377994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3671  helix-turn-helix, type 11  25.6 
 
 		 237 aa  46.6  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.255542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  25.49 
 
 		 337 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4003  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.69 
 
 		 221 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7257  helix-turn-helix type 11 domain protein  26.43 
 
 		 326 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.143006 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  24.88 
 
 		 229 aa  46.2  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.24 
 
 		 315 aa  46.6  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3980  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  36.92 
 
 		 317 aa  46.2  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.26771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2996  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25 
 
 		 226 aa  45.8  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  16.43 
 
 		 312 aa  46.2  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3513  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.63 
 
 		 322 aa  46.2  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0190  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.69 
 
 		 242 aa  45.8  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7104  hypothetical protein  26.05 
 
 		 232 aa  45.4  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0588  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.55 
 
 		 237 aa  45.4  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  36.07 
 
 		 298 aa  45.4  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1376  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.45 
 
 		 328 aa  45.4  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3646  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.78 
 
 		 309 aa  45.4  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000392325  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1734  transcriptional regulator, putative  40.3 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.781604  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1799  helix-turn-helix, type 11  22.57 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000591723  normal  0.0198726 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2704  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  23.11 
 
 		 232 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.981557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0172  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.69 
 
 		 242 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.657073  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2541  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.23 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4135  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  34.88 
 
 		 332 aa  44.7  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.124521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1676  putative transcriptional regulator  40.3 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1180  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  40.3 
 
 		 233 aa  44.7  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.69 
 
 		 302 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  32.35 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35620  predicted transcriptional regulator  26.6 
 
 		 241 aa  45.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4645  helix-turn-helix, type 11  23.15 
 
 		 333 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2626  helix-turn-helix, type 11  26.29 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.182787  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1585  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.62 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0474711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2670  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  26.29 
 
 		 230 aa  44.3  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.750457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2026  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  35.9 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.826373  normal  0.365081 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.42 
 
 		 321 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3904  Helix-turn-helix type 11 domain protein  46.81 
 
 		 260 aa  44.3  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0044  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.95 
 
 		 318 aa  43.9  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.164988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3428  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.41 
 
 		 303 aa  43.5  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1962  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  26.92 
 
 		 330 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.000800393  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  23.31 
 
 		 339 aa  43.5  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0743  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.83 
 
 		 328 aa  43.5  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36430  predicted transcriptional regulator  26.43 
 
 		 323 aa  43.1  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.649805 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.43 
 
 		 322 aa  43.1  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2296  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.74 
 
 		 322 aa  42.7  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000342768  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0660  transcriptional regulator, putative  34.92 
 
 		 301 aa  42.7  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0559  transcriptional regulator  19.72 
 
 		 317 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  32.1 
 
 		 313 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2538  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.64 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2605  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  22.64 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3763  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  31.96 
 
 		 323 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  32.1 
 
 		 313 aa  42.7  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  34.09 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0875  Helix-turn-helix type 11 domain protein  37.7 
 
 		 328 aa  42.7  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.14 
 
 		 322 aa  42.4  0.006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3062  Helix-turn-helix type 11 domain protein  41.38 
 
 		 313 aa  42.4  0.006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.408718  normal  0.752018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0872  Helix-turn-helix type 11 domain protein  32.58 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.919156 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3402  Helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.62 
 
 		 323 aa  42.4  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0120343  normal  0.0687104 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  32.1 
 
 		 313 aa  42  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2475  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.28 
 
 		 252 aa  42  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0100218  normal  0.326712 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0147  helix-turn-helix, type 11  33.33 
 
 		 316 aa  42  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.552255 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1342  helix-turn-helix type 11 domain protein  35.82 
 
 		 219 aa  42  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.160191 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>