More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1058 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1058  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  572  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2921  LysR family transcriptional regulator  61.51 
 
 		 283 aa  301  6.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.739146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  45.99 
 
 		 292 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2742  putative transcriptional regulator  46.35 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 283 aa  212  7e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 284 aa  212  7e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4056  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.772372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3943  transcriptional regulator, LysR family  42.49 
 
 		 295 aa  208  9e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.691658  normal  0.897444 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 293 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 288 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 288 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  45.34 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  45.34 
 
 		 309 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 287 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  46.52 
 
 		 307 aa  201  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  45.53 
 
 		 287 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.65 
 
 		 300 aa  199  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  45.34 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  45.22 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3591  LysR family transcriptional regulator  43.7 
 
 		 292 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.449761 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  45.41 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 287 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  39.75 
 
 		 283 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 287 aa  172  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 285 aa  169  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0242  LysR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 287 aa  160  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.546914  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  36.29 
 
 		 280 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  37.28 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 290 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2962  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.710612 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 284 aa  134  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 283 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 304 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  34.76 
 
 		 287 aa  132  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  34.48 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 298 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.91 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0282  hypothetical protein  33.04 
 
 		 283 aa  129  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0277  hypothetical protein  33.48 
 
 		 283 aa  128  9.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 		 290 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 313 aa  126  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 322 aa  125  5e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 322 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  34.76 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  33.19 
 
 		 309 aa  124  1e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 282 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 286 aa  123  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 321 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 367 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26470  LysR family transcriptional regulator protein  33.19 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.170925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 283 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 291 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3715  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0587379 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0109  transcriptional regulator, LysR family  30.09 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>