More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0279 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0279  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 461 aa  910    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3701  GntR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 478 aa  559  1e-158  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  58.3 
 
 		 461 aa  551  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.214132 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5513  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  58.08 
 
 		 461 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412768  decreased coverage  0.00050533 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3169  hypothetical protein  61.61 
 
 		 461 aa  547  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2733  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 467 aa  257  3e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2317  GntR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 462 aa  256  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5773  transcriptional regulator  37.65 
 
 		 470 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3865  transcriptional regulator  35.83 
 
 		 465 aa  253  6e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6017  GntR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 470 aa  253  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000631  transcriptional regulator GntR family threonine metabolism  32.73 
 
 		 477 aa  249  7e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6146  transcriptional regulator  36.57 
 
 		 470 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0055  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 465 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484354  hitchhiker  0.00409512 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2152  GntR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 465 aa  243  6e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.162886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6651  transcriptional regulator  36.17 
 
 		 470 aa  243  7e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.441186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5806  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 470 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6170  GntR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 470 aa  242  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.590476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4375  GntR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 464 aa  238  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0539  transcriptional regulator  34.05 
 
 		 462 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0353345 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1433  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139667  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6395  GntR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 470 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0486  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 474 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0519  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 460 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481515 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6454  transcriptional regulator  32.06 
 
 		 470 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.645482 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3461  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 460 aa  228  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4429  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 466 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000708029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.28 
 
 		 479 aa  223  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.38477  normal  0.137274 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1054  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.69 
 
 		 467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.180567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3041  GntR family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 467 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5339  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.29 
 
 		 469 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.485061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0907  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.34 
 
 		 467 aa  217  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.358943  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5391  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.42 
 
 		 481 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6621  transcriptional regulator  32.12 
 
 		 480 aa  215  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.920064 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2133  GntR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 476 aa  214  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7573  transcriptional regulator GntR family  32.2 
 
 		 467 aa  214  3.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.688585  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0243  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 479 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3856  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 453 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2019  GntR family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 486 aa  213  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.437741 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5571  transcriptional regulator  33.18 
 
 		 444 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1990  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.29 
 
 		 461 aa  209  7e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2041  GntR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 444 aa  209  8e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1974  GntR family transcriptional regulator  33.41 
 
 		 514 aa  209  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3748  GntR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 463 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5795  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6160  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 447 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1101  GntR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 464 aa  201  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5181  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.13 
 
 		 447 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6640  transcriptional regulator  32.21 
 
 		 447 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3553  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 472 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.32329 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1108  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.26 
 
 		 471 aa  197  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3400  transcriptional regulator  35.1 
 
 		 442 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.167973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3290  transcriptional regulator  33.7 
 
 		 463 aa  196  7e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.70657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0608  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 478 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617873  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2106  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 462 aa  195  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0493633  normal  0.356375 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3026  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 456 aa  194  3e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7710  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 447 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2001  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 473 aa  194  4e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.577314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0414  GntR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 460 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.227199  normal  0.900094 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0682  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  33.56 
 
 		 474 aa  191  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000368055 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1090  GntR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 443 aa  190  5e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2388  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 468 aa  186  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3796  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.87 
 
 		 471 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.975014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2107  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  34.16 
 
 		 444 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0975  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 460 aa  184  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.669245  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0563  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.97 
 
 		 465 aa  183  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4502  transcriptional regulator  31.51 
 
 		 460 aa  181  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0157503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1514  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 444 aa  180  4e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.550844  normal  0.508918 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1406  GntR family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 463 aa  178  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.84949 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2717  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.75 
 
 		 463 aa  177  4e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6780  GntR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 469 aa  177  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.549939  normal  0.132463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3968  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  31.02 
 
 		 464 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2483  transcriptional regulator  31.91 
 
 		 470 aa  175  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0358309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4755  GntR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 457 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.151442  normal  0.0255466 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0701  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 478 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2617  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.37 
 
 		 467 aa  174  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.29152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1503  GntR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 472 aa  173  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0921845 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1932  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.49 
 
 		 472 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.557611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3753  GntR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 456 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3954  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  29.18 
 
 		 463 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.890066  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3480  GntR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 481 aa  171  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2141  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  31.28 
 
 		 472 aa  169  1e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.196836  normal  0.113478 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4954  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 466 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1306  putative HTH-type trancriptional regulator, GntR family  25.95 
 
 		 446 aa  168  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.734577  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3848  transcriptional regulator  29.2 
 
 		 463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1931  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 466 aa  165  1.0000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3275  transcriptional regulator  30.34 
 
 		 468 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3799  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  30.65 
 
 		 504 aa  164  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6946  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  34.06 
 
 		 463 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4559  transcriptional regulator  29.5 
 
 		 463 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516829 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4044  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  30.51 
 
 		 461 aa  162  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24687  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0678  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 465 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.776198  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1967  aminotransferase family protein  33.33 
 
 		 444 aa  161  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1857  putative transcription regulator protein  30.37 
 
 		 463 aa  160  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.532766  normal  0.0261786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1833  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 452 aa  159  8e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.218388  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1753  GntR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 452 aa  159  9e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.719821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2266  GntR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.99423 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2383  GntR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 452 aa  158  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1897  transcriptional regulator GntR family  26.08 
 
 		 474 aa  157  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2843  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 446 aa  156  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.328884 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1400  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  32.15 
 
 		 464 aa  156  7e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>