More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0250 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0250  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  100 
 
 		 287 aa  578  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7367  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  63.83 
 
 		 291 aa  372  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.276033  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3902  transcriptional regulator, RpiR family  43.17 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3937  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  43.17 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4555  DNA-binding transcriptional repressor RpiR  43.17 
 
 		 296 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03961  DNA-binding transcriptional repressor  43.17 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03921  hypothetical protein  43.17 
 
 		 296 aa  232  5e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1776  transcriptional regulator, RpiR family  37.16 
 
 		 281 aa  187  2e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1662  RpiR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 284 aa  169  6e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.574027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2088  RpiR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 284 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0949278  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2246  transcriptional regulator, RpiR family  31.77 
 
 		 284 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2295  RpiR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 284 aa  165  8e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.651664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3077  transcriptional regulator, RpiR family  31.77 
 
 		 284 aa  165  8e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143664 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2323  putative transcriptional regulator  36.57 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2756  transcriptional regulator, RpiR family  34.86 
 
 		 298 aa  161  9e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.688512  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4022  transcriptional regulator, RpiR family  32.5 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0204031  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4516  transcriptional regulator, RpiR family  34.27 
 
 		 322 aa  155  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.937314 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35980  transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.309329  normal  0.261129 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0475  transcriptional regulator, RpiR family  34.04 
 
 		 327 aa  155  7e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.227753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5684  putative transcriptional regulator, RpiR family  35.89 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0287132  normal  0.474804 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0554  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.335525  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0580  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.658912  normal  0.89076 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2822  RpiR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3745  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.767556 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0176  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0659  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.78991  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0626  RpiR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 282 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0588  RpiR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 273 aa  149  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.189062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0168  RpiR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 280 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.057217  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3371  transcriptional regulator, RpiR family  36.84 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0964604  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0269  transcriptional regulator, RpiR family  33.68 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.409833  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1524  transcriptional regulator  29.64 
 
 		 282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 318 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1468  transcriptional regulator, RpiR family  34.51 
 
 		 286 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000610661  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2724  RpiR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 282 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1993  transcriptional regulator, RpiR family  28.73 
 
 		 280 aa  142  8e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0912  RpiR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0717  RpiR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2498  transcriptional regulator  28.06 
 
 		 282 aa  140  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2581  RpiR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0624506  hitchhiker  0.000000255705 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0668  RpiR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 287 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0875  putative transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0986  putative transcriptional regulator, RpiR family  35.74 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0782  RpiR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0731  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0917  putative transcriptional regulator, RpiR family  36.6 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.47337e-41 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0821  RpiR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1044  RpiR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408154  normal  0.734102 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0731  RpiR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0283  transcriptional regulator, RpiR family  33.83 
 
 		 279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1547  RpiR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0182  RpiR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 279 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0898  HTH-type transcriptional regulator, rpiR family  28.94 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.679683  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0521  RpiR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.207231  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1216  RpiR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 334 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.3152  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4460  putative transcriptional regulator, RpiR family  35.36 
 
 		 287 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.857974 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1223  RpiR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.809611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3444  RpiR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 339 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2447  RpiR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2634  RpiR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0365  RpiR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 332 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3409  RpiR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.977628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3444  RpiR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3209  RpiR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0179  RpiR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 279 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.912597  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0696  RpiR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 289 aa  133  3e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000925251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1222  RpiR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.514843 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1202  RpiR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.658823 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1237  RpiR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.676137 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3564  RpiR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 284 aa  132  5e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.536409  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3960  RpiR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 304 aa  132  5e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.162661  normal  0.59815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2853  transcriptional regulator, RpiR family  32.72 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.543302 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1192  transcriptional regulator, RpiR family  32.52 
 
 		 293 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.760306 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0607  RpiR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173614  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0593  RpiR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 280 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000590128  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1394  transcriptional regulator, RpiR family  31.45 
 
 		 285 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0784467  normal  0.640102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1162  RpiR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 270 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2433  transcriptional regulator, RpiR family  26.98 
 
 		 282 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000784459  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1122  RpiR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  31.56 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02327  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.87 
 
 		 285 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02288  hypothetical protein  31.87 
 
 		 285 aa  126  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0550  transcriptional regulator  30.07 
 
 		 284 aa  127  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00967802  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4018  RpiR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 284 aa  126  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.772645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 281 aa  126  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1406  RpiR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1297  RpiR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2584  hypothetical protein  35.16 
 
 		 282 aa  124  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2713  RpiR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 285 aa  124  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2582  RpiR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2799  transcriptional regulator, RpiR family  33.04 
 
 		 285 aa  123  3e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.576789  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2771  RpiR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114132 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1234  transcriptional regulator, RpiR family  33.04 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1252  RpiR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.102619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4164  RpiR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 282 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.045816  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 281 aa  122  5e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 281 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2563  RpiR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 285 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2047  RpiR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 176 aa  122  8e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.573042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>