More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2388 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2388  flavoprotein-containing dehydrogenase  100 
 
 		 414 aa  851    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0523144  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1343  geranylgeranyl reductase  33.5 
 
 		 411 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.263408 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0390  monooxygenase FAD-binding  33 
 
 		 425 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0398453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0164  putative electron transfer oxidoreductase  33.76 
 
 		 420 aa  162  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.762503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2279  geranylgeranyl reductase  35.96 
 
 		 413 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1273  geranylgeranyl reductase  30.57 
 
 		 457 aa  125  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4464  geranylgeranyl reductase  34.52 
 
 		 423 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.152921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4291  geranylgeranyl reductase  26.07 
 
 		 393 aa  120  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.464527 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4066  geranylgeranyl reductase  33.05 
 
 		 423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.449431  normal  0.299227 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2696  geranylgeranyl reductase, plantal and  31.04 
 
 		 435 aa  117  3e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1087  electron transfer flavoprotein  27.7 
 
 		 384 aa  117  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.384904  normal  0.110599 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2055  geranylgeranyl reductase  26.32 
 
 		 393 aa  117  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0583  geranylgeranyl reductase  29.95 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0266  geranylgeranyl reductase  31.53 
 
 		 445 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.224418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0537  geranylgeranyl reductase  31.86 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.118976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8053  geranylgeranyl reductase  30.52 
 
 		 423 aa  111  3e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.661392 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0648  geranylgeranyl reductase  31.55 
 
 		 430 aa  109  7.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0626765  normal  0.0232794 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5052  geranylgeranyl reductase  29.33 
 
 		 434 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1407  geranylgeranyl reductase  32.62 
 
 		 398 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.426262  normal  0.248213 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0279  geranylgeranyl reductase  31.12 
 
 		 424 aa  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.615542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4420  geranylgeranyl reductase  31.71 
 
 		 418 aa  107  5e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3230  geranylgeranyl reductase  30.4 
 
 		 431 aa  106  8e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00716202 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3043  geranylgeranyl reductase  28.9 
 
 		 376 aa  106  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.483009 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2269  geranylgeranyl reductase  30.25 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0311  hypothetical protein  30.77 
 
 		 409 aa  100  3e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.172492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4559  geranylgeranyl reductase  33.52 
 
 		 419 aa  97.4  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0468  geranylgeranyl reductase  28.08 
 
 		 431 aa  97.4  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03150  geranylgeranyl reductase family protein  30.45 
 
 		 424 aa  95.5  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.992088  normal  0.897834 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6095  geranylgeranyl reductase  30.61 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0614228 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6683  geranylgeranyl reductase  30.03 
 
 		 426 aa  93.6  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00871957  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2717  geranylgeranyl reductase  29.63 
 
 		 443 aa  93.2  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0973  geranylgeranyl reductase  28.82 
 
 		 430 aa  91.7  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3131  geranylgeranyl reductase  30.75 
 
 		 444 aa  90.9  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2826  geranylgeranyl reductase  29.78 
 
 		 443 aa  90.5  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0858816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1602  hypothetical protein  27.16 
 
 		 387 aa  89.4  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1826  geranylgeranyl reductase  26.92 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.253785  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0362  geranylgeranyl reductase  30 
 
 		 436 aa  88.2  2e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.495463  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1873  geranylgeranyl reductase  26.92 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5969  geranylgeranyl reductase  27.86 
 
 		 409 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.365894  normal  0.508891 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1825  FAD dependent oxidoreductase  21.26 
 
 		 455 aa  87.4  4e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.133963  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1807  geranylgeranyl reductase  26.92 
 
 		 393 aa  87.4  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.622254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0342  tryptophan halogenase  25.45 
 
 		 422 aa  83.6  0.000000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1193  geranylgeranyl reductase  28.03 
 
 		 362 aa  82.8  0.00000000000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0917874  hitchhiker  0.0000705466 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1099  geranylgeranyl reductase  28.87 
 
 		 435 aa  82  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.997696  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1268  geranylgeranyl reductase  29.71 
 
 		 375 aa  81.6  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0879  geranylgeranyl reductase  24.85 
 
 		 370 aa  79.7  0.00000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.917387  normal  0.163245 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0660  geranylgeranyl reductase  28.66 
 
 		 406 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.0877902 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1294  geranylgeranyl reductase  29.19 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.730528  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0808  geranylgeranyl reductase  27.78 
 
 		 378 aa  76.3  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000424296 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0023  geranylgeranyl reductase  37.82 
 
 		 398 aa  75.9  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2507  FAD dependent oxidoreductase  27.89 
 
 		 414 aa  75.9  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.206191  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4606  tryptophan halogenase  24.19 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.577017 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0340  monooxygenase, FAD-binding  25.13 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0714  geranylgeranyl reductase  29.57 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0991  geranylgeranyl reductase  29.53 
 
 		 418 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10571  oxidoreductase  27.84 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.649109  normal  0.274108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0830  geranylgeranyl reductase  22.47 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3686  monooxygenase, FAD-binding protein  24.87 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4378  FAD-binding protein  25.2 
 
 		 436 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0765  geranylgeranyl reductase  30.91 
 
 		 406 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.616022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0436  FAD dependent oxidoreductase  25.46 
 
 		 429 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0770  geranylgeranyl reductase  28.81 
 
 		 400 aa  73.2  0.000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07370  geranylgeranyl reductase family protein  28.74 
 
 		 431 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0284516 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0501  geranylgeranyl reductase  25.32 
 
 		 376 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0332  monooxygenase FAD-binding  24.93 
 
 		 429 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0387  geranylgeranyl reductase  28.78 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0340  monooxygenase FAD-binding  24.67 
 
 		 429 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.131128 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0671  geranylgeranyl reductase  28.97 
 
 		 381 aa  72  0.00000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.421353  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0331  monooxygenase, FAD-binding  24.67 
 
 		 435 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1066  geranylgeranyl reductase  24.25 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000111291  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1462  geranylgeranyl reductase  27.58 
 
 		 384 aa  71.6  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.36043  normal  0.122675 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05461  NAD binding site  21.97 
 
 		 377 aa  71.2  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1161  geranylgeranyl reductase  29.77 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0337  monooxygenase FAD-binding  24.93 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0784  geranylgeranyl reductase  30.72 
 
 		 406 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0330  monooxygenase FAD-binding  24.93 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2702  geranylgeranyl reductase  29.5 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05841  NAD binding site  23.91 
 
 		 377 aa  70.5  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.188024  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1134  geranylgeranyl reductase  23.69 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.719323  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0114  FAD dependent oxidoreductase  26.68 
 
 		 399 aa  70.1  0.00000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00154267  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2824  geranylgeranyl reductase  29 
 
 		 379 aa  70.1  0.00000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3898  tryptophan halogenase  24.65 
 
 		 429 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3521  tryptophan halogenase  24.85 
 
 		 424 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.956189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0630  geranylgeranyl reductase  26.09 
 
 		 373 aa  68.9  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.685888 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1073  geranylgeranyl reductase  25.3 
 
 		 452 aa  69.7  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3712  geranylgeranyl reductase  28.34 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.407055  hitchhiker  0.000489008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3389  FAD-binding protein  26.55 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0508  geranylgeranyl reductase  27.74 
 
 		 376 aa  68.9  0.0000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6208  monooxygenase FAD-binding protein  31.73 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00171157  normal  0.384261 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1347  geranylgeranyl reductase  24.08 
 
 		 453 aa  68.2  0.0000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.0129504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17730  geranylgeranyl reductase family protein  31.16 
 
 		 466 aa  67.8  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3481  geranylgeranyl reductase  28.62 
 
 		 374 aa  67.8  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2674  FAD dependent oxidoreductase  27.97 
 
 		 443 aa  67  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.680206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5254  geranylgeranyl reductase  29.06 
 
 		 416 aa  67  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0315  tryptophan halogenase  24.09 
 
 		 420 aa  67  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735026 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4161  putative tryptophan halogenase  23.03 
 
 		 470 aa  66.6  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.326464 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0172  bacteriochlorophyll synthase  25.87 
 
 		 396 aa  66.6  0.0000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.935683 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3081  FAD dependent oxidoreductase  26.95 
 
 		 413 aa  66.2  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1494  oxidoreductase, FAD-binding, putative  24.92 
 
 		 455 aa  66.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0467837  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0035  geranylgeranyl reductase  26.39 
 
 		 380 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.916237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>