More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2956 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
295 aa  607  1e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.5257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00920  short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  78.98 
 
 
295 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
294 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.199953  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3363  hypothetical protein  38.95 
 
 
301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.276324  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
285 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2488  hypothetical protein  39.33 
 
 
304 aa  160  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2914  hypothetical protein  35.41 
 
 
301 aa  159  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.445134  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2561  hypothetical protein  38.49 
 
 
301 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.226357  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1038  hypothetical protein  37.74 
 
 
289 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.357237  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1934  hypothetical protein  36.68 
 
 
300 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0777827  normal  0.376049 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2868  hypothetical protein  34.31 
 
 
301 aa  154  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.596125  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1784  hypothetical protein  36.67 
 
 
305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59437 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2833  hypothetical protein  37.55 
 
 
309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.643398 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1875  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 
280 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.370364  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1769  hypothetical protein  36.12 
 
 
300 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.657278  normal  0.187147 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1700  hypothetical protein  37.08 
 
 
301 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.971 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2003  hypothetical protein  37.08 
 
 
301 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.122286  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0703  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.36 
 
 
305 aa  148  9e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2268  hypothetical protein  35.37 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.484059  normal  0.281645 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1478  hypothetical protein  36.23 
 
 
300 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.520899  normal  0.0228599 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1437  hypothetical protein  36.6 
 
 
300 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0211064 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.5 
 
 
310 aa  142  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.113929  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1415  hypothetical protein  34.7 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
273 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1846  hypothetical protein  33.08 
 
 
300 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
252 aa  135  8e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3851  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:glucose/ribitol dehydrogenase  33.8 
 
 
277 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.277606  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2115  hypothetical protein  32.3 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.190304  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.27 
 
 
278 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
267 aa  131  2.0000000000000002e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  37.61 
 
 
295 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
276 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4446  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
254 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.287432  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
250 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 
263 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.46 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2840  short chain dehydrogenase  38.22 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28747  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.82 
 
 
265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
250 aa  126  5e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
248 aa  125  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.767749  normal  0.280666 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10868  short chain dehydrogenase  30.51 
 
 
275 aa  124  2e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362326 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.79 
 
 
239 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
275 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
276 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
247 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1731  sorbitol dehydrogenase  35.45 
 
 
256 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.311786  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  36.36 
 
 
302 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
266 aa  123  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.416605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.27 
 
 
239 aa  123  5e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  36.24 
 
 
295 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.8 
 
 
276 aa  122  9e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.75 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2379  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.17 
 
 
257 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.303229  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.75 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.75 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.75 
 
 
239 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
260 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
250 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
251 aa  122  9.999999999999999e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
258 aa  121  9.999999999999999e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 
288 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0728851  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 
271 aa  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0095  sorbitol dehydrogenase  35 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3850  sorbitol dehydrogenase  36.96 
 
 
256 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0427  sorbitol dehydrogenase  37.3 
 
 
256 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.619878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
284 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
260 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
260 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.138148 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  120  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  38.58 
 
 
568 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.98 
 
 
242 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.06 
 
 
251 aa  120  3e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
250 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
252 aa  120  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
275 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
275 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
253 aa  120  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  35.19 
 
 
590 aa  119  4.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
251 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>