36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPA7_3520 on replicon NC_009656
Organism: Pseudomonas aeruginosa PA7



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  100 
 
 		 231 aa  477  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  96.97 
 
 		 231 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  53.25 
 
 		 229 aa  264  8e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  43.48 
 
 		 222 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  42.61 
 
 		 223 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  46.52 
 
 		 223 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  46.09 
 
 		 223 aa  191  8e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  43.91 
 
 		 222 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  43.91 
 
 		 222 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  41.74 
 
 		 223 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  39.39 
 
 		 227 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  40.43 
 
 		 238 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  38.53 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  32.78 
 
 		 1556 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  33.33 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  33.76 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  30.24 
 
 		 370 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  32.48 
 
 		 417 aa  96.7  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  29.49 
 
 		 274 aa  87.8  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  29.14 
 
 		 524 aa  85.1  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  27.74 
 
 		 611 aa  82.4  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.04 
 
 		 343 aa  73.2  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  28.99 
 
 		 264 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  32.02 
 
 		 417 aa  70.5  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  30.81 
 
 		 224 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  30.3 
 
 		 224 aa  65.5  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  29.29 
 
 		 224 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  27 
 
 		 224 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  27.08 
 
 		 1554 aa  61.6  0.000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  27.53 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27.1 
 
 		 301 aa  55.5  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3645  alginate lyase  26.13 
 
 		 357 aa  50.1  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.459698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.62 
 
 		 367 aa  45.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  21.67 
 
 		 228 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11528  putative alginate lyase  26.42 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.187327  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  23.75 
 
 		 530 aa  41.6  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>