More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0739 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  97.47 
 
 		 475 aa  958    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 		 480 aa  989    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  65.61 
 
 		 482 aa  672    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  65.61 
 
 		 482 aa  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  68.34 
 
 		 488 aa  695    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  83.23 
 
 		 480 aa  841    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  89.68 
 
 		 475 aa  883    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  68.59 
 
 		 477 aa  673    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.36 
 
 		 481 aa  631  1e-180  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.12 
 
 		 477 aa  615  1e-175  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  59.75 
 
 		 468 aa  570  1e-161  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.7 
 
 		 473 aa  484  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.36 
 
 		 492 aa  421  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.11 
 
 		 463 aa  419  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.45 
 
 		 497 aa  417  9.999999999999999e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.47 
 
 		 487 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.15 
 
 		 476 aa  403  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 487 aa  404  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 487 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.68 
 
 		 477 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.19 
 
 		 476 aa  394  1e-108  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.58 
 
 		 499 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.83 
 
 		 499 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.74 
 
 		 500 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.62 
 
 		 453 aa  390  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.55 
 
 		 472 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  42.13 
 
 		 473 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.83 
 
 		 472 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.83 
 
 		 472 aa  383  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.13 
 
 		 472 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.83 
 
 		 472 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.13 
 
 		 472 aa  384  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.06 
 
 		 497 aa  384  1e-105  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.51 
 
 		 505 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.13 
 
 		 472 aa  382  1e-105  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.35 
 
 		 473 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.35 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.35 
 
 		 473 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.14 
 
 		 473 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.14 
 
 		 473 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.8 
 
 		 470 aa  375  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  42.45 
 
 		 456 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.35 
 
 		 512 aa  371  1e-101  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.93 
 
 		 475 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.1 
 
 		 493 aa  365  1e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  41.6 
 
 		 469 aa  363  3e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.19 
 
 		 493 aa  363  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.83 
 
 		 477 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.19 
 
 		 493 aa  361  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.43 
 
 		 493 aa  360  2e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.92 
 
 		 470 aa  358  9.999999999999999e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.35 
 
 		 478 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.05 
 
 		 471 aa  356  5.999999999999999e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.23 
 
 		 469 aa  352  1e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.59 
 
 		 471 aa  349  7e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.53 
 
 		 541 aa  345  1e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 		 470 aa  342  5.999999999999999e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.57 
 
 		 541 aa  341  2e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  39.23 
 
 		 479 aa  335  9e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  37.88 
 
 		 567 aa  333  3e-90  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.75 
 
 		 479 aa  332  1e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.55 
 
 		 481 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.18 
 
 		 487 aa  321  1.9999999999999998e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 		 484 aa  311  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.63 
 
 		 471 aa  306  8.000000000000001e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.63 
 
 		 471 aa  305  1.0000000000000001e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 		 469 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.63 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.96 
 
 		 491 aa  296  6e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.27 
 
 		 475 aa  296  7e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.12 
 
 		 511 aa  295  1e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.7 
 
 		 481 aa  295  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.63 
 
 		 481 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.72 
 
 		 475 aa  294  3e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.39 
 
 		 483 aa  291  1e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.09 
 
 		 478 aa  289  6e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.36 
 
 		 475 aa  287  2.9999999999999996e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.79 
 
 		 492 aa  286  5.999999999999999e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.59 
 
 		 525 aa  285  9e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.94 
 
 		 519 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.19 
 
 		 482 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.76 
 
 		 474 aa  284  2.0000000000000002e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.38 
 
 		 500 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.22 
 
 		 518 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.07 
 
 		 505 aa  282  9e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.72 
 
 		 519 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.72 
 
 		 519 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.85 
 
 		 488 aa  282  1e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.65 
 
 		 488 aa  281  3e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.7 
 
 		 490 aa  280  4e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.47 
 
 		 470 aa  280  4e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.09 
 
 		 497 aa  280  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.51 
 
 		 471 aa  280  5e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.33 
 
 		 493 aa  280  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.3 
 
 		 478 aa  280  6e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  34.7 
 
 		 474 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.87 
 
 		 484 aa  278  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.08 
 
 		 484 aa  276  5e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.16 
 
 		 479 aa  275  9e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36 
 
 		 468 aa  275  1.0000000000000001e-72  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>