110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3772 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  100 
 
 
281 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0716  dioxygenase family protein  44.57 
 
 
277 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0187  hypothetical protein  44.57 
 
 
277 aa  253  3e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00856526  hitchhiker  0.0000433457 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0789  intradiol ring-cleavage dioxygenase  44.57 
 
 
277 aa  253  3e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4360  intradiol ring-cleavage dioxygenase  47.35 
 
 
238 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4772  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.07 
 
 
309 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2843  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.03 
 
 
233 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07161  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03070)  37.77 
 
 
377 aa  132  6e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0585073  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05398  extracellular dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G14630)  34.39 
 
 
376 aa  132  7.999999999999999e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01301  conserved hypothetical protein  37.3 
 
 
383 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1202  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
252 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7382  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.1 
 
 
266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.203989  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3523  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.61 
 
 
288 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04203  conserved hypothetical protein  33 
 
 
343 aa  126  4.0000000000000003e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.587359 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3226  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.75 
 
 
248 aa  126  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.281874 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3769  intradiol ring-cleavage dioxygenase  35.62 
 
 
237 aa  119  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2095  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.61 
 
 
245 aa  117  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.781627  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1587  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.95 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0945  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.13 
 
 
288 aa  117  3e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5275  putative intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.39 
 
 
277 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.317456  normal  0.187016 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4839  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.95 
 
 
282 aa  114  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2416  intradiol ring-cleavage dioxygenase  34.33 
 
 
256 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1128  protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit like protein  32.7 
 
 
252 aa  112  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608028  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG03340  conserved hypothetical protein  30.08 
 
 
318 aa  112  6e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0104433  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0037  intradiol ring-cleavage dioxygenase  33.81 
 
 
237 aa  112  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5241  twin-arginine translocation pathway signal  35.18 
 
 
238 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1942  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.36 
 
 
234 aa  108  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.842989  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2567  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.61 
 
 
258 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1176  intradiol ring-cleavage dioxygenase  36.11 
 
 
244 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05328  GPI anchored dioxygenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G01800)  33.71 
 
 
396 aa  102  1e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.628853  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3212  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.67 
 
 
250 aa  101  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.302097  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2254  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.1 
 
 
258 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.802404 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09268  conserved hypothetical protein  35.1 
 
 
280 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1680  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.57 
 
 
236 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4129  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.16 
 
 
303 aa  95.9  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4377  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.13 
 
 
319 aa  95.9  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3783  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.88 
 
 
328 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.83161  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0924  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.76 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2243  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.54 
 
 
250 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1809  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.05 
 
 
311 aa  89.4  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.510661  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1781  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.44 
 
 
323 aa  88.6  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.453856  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0108  twin-arginine translocation pathway signal  25.99 
 
 
327 aa  87.8  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.582013 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16460  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  26.91 
 
 
294 aa  87.4  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.574366  normal  0.703195 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  31.36 
 
 
304 aa  85.9  7e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3143  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.71 
 
 
310 aa  85.5  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.529872  hitchhiker  0.00328294 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3911  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.5 
 
 
308 aa  85.5  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1876  intradiol ring-cleavage dioxygenase  26.96 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.103516  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3940  intradiol ring-cleavage dioxygenase  25.74 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00187002 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07946  conserved hypothetical protein  38.24 
 
 
280 aa  79.3  0.00000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7854  Protocatechuate 3 4-dioxygenase beta subunit- like protein  34.69 
 
 
277 aa  79  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2526  intradiol ring-cleavage dioxygenase  24.64 
 
 
331 aa  75.9  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3841  intradiol ring-cleavage dioxygenase  25.96 
 
 
343 aa  72.8  0.000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.353412  normal  0.439298 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4070  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.88 
 
 
192 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04370  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit  26.97 
 
 
349 aa  63.9  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2592  intradiol ring-cleavage dioxygenase  24.06 
 
 
193 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3903  intradiol ring-cleavage dioxygenase  29.75 
 
 
327 aa  61.2  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0806083 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2713  intradiol ring-cleavage dioxygenase  32.64 
 
 
271 aa  59.3  0.00000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.655559  normal  0.447309 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1581  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.23 
 
 
244 aa  52.8  0.000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0759386  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05532  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain protein  31.25 
 
 
190 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02906  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.94 
 
 
242 aa  51.2  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2988  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.83 
 
 
228 aa  50.8  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6466  chlorocatechol 1,2-dioxygenase  24.29 
 
 
255 aa  50.1  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0311  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  28.96 
 
 
246 aa  48.9  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.311556  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1698  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.12 
 
 
395 aa  48.9  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1726  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.12 
 
 
287 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1742  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.12 
 
 
287 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0560  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  31.58 
 
 
265 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1676  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.12 
 
 
265 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0530  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  33.12 
 
 
316 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.535922  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0120  intradiol ring-cleavage dioxygenase  25.44 
 
 
191 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0339331 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1486  intradiol ring-cleavage dioxygenase  30.46 
 
 
220 aa  48.5  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001576  protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain  27.48 
 
 
190 aa  48.5  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1119  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  28.14 
 
 
234 aa  48.1  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00412306  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1933  catechol 1,2-dioxygenase  26.14 
 
 
297 aa  47.8  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2786  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.69 
 
 
190 aa  48.1  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1270  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.43 
 
 
234 aa  47  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2775  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit(PcaH)  30.82 
 
 
234 aa  46.6  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000406236  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38260  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  26.11 
 
 
239 aa  46.6  0.0004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1538  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  28.4 
 
 
235 aa  47  0.0004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0431142  normal  0.14512 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13010  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  27.81 
 
 
248 aa  46.6  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3458  intradiol ring-cleavage dioxygenase  27.69 
 
 
216 aa  46.2  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.898737  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1073  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.3 
 
 
237 aa  46.2  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804087  normal  0.121939 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6760  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.82 
 
 
234 aa  46.2  0.0006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.321116  normal  0.293575 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4890  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  24.88 
 
 
258 aa  46.2  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.833858  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2835  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  30.25 
 
 
258 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.204009  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5025  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  28.9 
 
 
233 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.32623  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4014  protocatechuate (dihydroxy benzoate) 3,4-dioxygenase subunit alpha  30.52 
 
 
189 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4464  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  28.5 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5085  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  26.04 
 
 
238 aa  44.7  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3713  catechol 1,2-dioxygenase  24.64 
 
 
311 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0936844 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6473  catechol dioxygenase, N-terminal  25.73 
 
 
253 aa  44.3  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2386  protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit  37.14 
 
 
205 aa  44.3  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.798645  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0474  intradiol ring-cleavage dioxygenase  28.89 
 
 
247 aa  43.9  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2055  catechol 1,2-dioxygenase  25.12 
 
 
311 aa  44.3  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3850  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  29.29 
 
 
237 aa  43.9  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0622062  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2693  protocatechuate 3,4-dioxygenase subunit beta  26.63 
 
 
239 aa  43.5  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00265735  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3040  catechol 1,2-dioxygenase  24.48 
 
 
305 aa  43.5  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3345  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  32.48 
 
 
255 aa  43.5  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000710276  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2086  protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit  36.26 
 
 
210 aa  43.1  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.507237  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4078  protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit  30.63 
 
 
300 aa  42.7  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>