More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2480 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 336 aa  686    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  72.32 
 
 		 336 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  61.31 
 
 		 336 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  48.34 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  44.75 
 
 		 355 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 364 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 364 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 330 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  40.66 
 
 		 332 aa  252  5.000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 341 aa  167  2.9999999999999998e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 344 aa  155  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  30.91 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 343 aa  124  2e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 353 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 353 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 353 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.88 
 
 		 353 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 341 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 345 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  33.5 
 
 		 198 aa  99.8  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 341 aa  99.8  6e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 337 aa  99  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5805  AraC family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.597808  normal  0.277234 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 345 aa  99  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 336 aa  97.4  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.73 
 
 		 343 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  28.23 
 
 		 340 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 366 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 344 aa  95.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  33.17 
 
 		 362 aa  94.7  2e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 335 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 366 aa  94.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 339 aa  94.4  3e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 334 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 339 aa  92.8  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  35.97 
 
 		 348 aa  92.8  8e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 348 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  28.74 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  28.74 
 
 		 335 aa  90.9  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 339 aa  89.4  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 341 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4254  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 343 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 336 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 346 aa  87.8  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  25.93 
 
 		 337 aa  88.2  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 359 aa  87.4  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0725  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 342 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 358 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  27.08 
 
 		 348 aa  87  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1673  helix-turn-helix, AraC type  44.35 
 
 		 346 aa  87  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5360  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 366 aa  86.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.345948  normal  0.401219 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2956  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 343 aa  86.3  8e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3805  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 346 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256933  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.15 
 
 		 344 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 333 aa  85.9  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2076  helix-turn-helix domain-containing protein  35.33 
 
 		 343 aa  85.5  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000022651  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  32.74 
 
 		 360 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2038  helix-turn-helix domain-containing protein  24.38 
 
 		 338 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.980028  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4447  AraC family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1565  AraC family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  0.143942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 341 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6811  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1559  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.565202  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6270  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 369 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6759  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 369 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.902706  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 344 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16370  Transcriptional regulator, AraC family  42.16 
 
 		 338 aa  84  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  30.35 
 
 		 354 aa  83.6  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0593  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 348 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0273832 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 358 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  47.73 
 
 		 350 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3652  AraC family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 340 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1836  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  26.54 
 
 		 345 aa  82  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2004  AraC family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 346 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.46761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  28.13 
 
 		 347 aa  81.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  29.73 
 
 		 339 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 375 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 359 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 337 aa  80.5  0.00000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  28.08 
 
 		 333 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  27.86 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  29.07 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4600  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 355 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3763  AraC family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 356 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.570935  normal  0.387809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  27.7 
 
 		 365 aa  80.1  0.00000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>