44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1569 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2893  phage tail tape measure protein, TP901 family  73.94 
 
 		 817 aa  1178    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.772057  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1569  phage tail tape measure protein, TP901 family  100 
 
 		 825 aa  1662    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258062  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4465  putative phage tail protein  28.26 
 
 		 784 aa  274  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4549  putative phage tail protein  27.93 
 
 		 784 aa  271  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.374859 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4550  putative phage tail protein  27.8 
 
 		 784 aa  266  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.423372  normal  0.711096 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2914  prophage MuMc02, TP901 family tail tape measure protein  27.38 
 
 		 993 aa  173  1e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0884  phage tail tape measure protein, TP901 family  24.13 
 
 		 823 aa  111  4.0000000000000004e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0603938  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1914  phage-related tail transmembrane protein  32.81 
 
 		 887 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.575173  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1375  Phage tail tape measure protein TP901, core region  33.33 
 
 		 877 aa  99.8  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  24.83 
 
 		 781 aa  97.4  9e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0750  Phage tail tape measure protein TP901, core region  24.23 
 
 		 950 aa  95.5  3e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.173353 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1155  TP901 family phage tail tape measure protein  24.92 
 
 		 739 aa  89  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4911  TP901 family phage tail tape measure protein  22.62 
 
 		 814 aa  87.8  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.716595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3393  tail tape measure protein  22.72 
 
 		 916 aa  84.7  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  21.86 
 
 		 743 aa  82  0.00000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3062  pyocin R2_PP, tail length determination protein, putative  22.05 
 
 		 1089 aa  79.7  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0911019 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1133  hypothetical protein  22.98 
 
 		 739 aa  77.8  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0394  hypothetical protein  22.98 
 
 		 739 aa  77.8  0.0000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2891  TP901 family phage tail tape measure protein  30.5 
 
 		 1216 aa  75.1  0.000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1857  pyocin R2_PP, tail length determination protein, putative  22.86 
 
 		 814 aa  73.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4790  phage tail tape measure protein, family  25.44 
 
 		 877 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1215  TP901 family phage tail tape measure protein  20.74 
 
 		 1314 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365241 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1327  phage-related tail transmembrane protein  34.58 
 
 		 986 aa  70.5  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1357  phage tail-like protein  24.11 
 
 		 550 aa  67.8  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2660  phage tail tape measure protein, TP901 family  25.68 
 
 		 1032 aa  63.5  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1215  TP901 family phage tail tape measure protein  25.19 
 
 		 1030 aa  63.2  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0181  putative phage-related tail transmembrane protein  24.54 
 
 		 919 aa  63.5  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4860  putative phage-related tail transmembrane protein  23.01 
 
 		 920 aa  62  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582054  normal  0.698632 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4487  TP901 family phage tail tape measure protein  20.49 
 
 		 666 aa  58.5  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.108183  normal  0.0686634 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2337  Phage tail tape measure protein  26.59 
 
 		 599 aa  54.7  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3196  phage tail tape measure protein, TP901 family  26.96 
 
 		 959 aa  53.5  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112717  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2253  tail protein  24.76 
 
 		 642 aa  52.4  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725805  normal  0.182579 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1557  Phage tail tape measure protein TP901, core region  22.99 
 
 		 722 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1528  phage tail tape measure protein, TP901 family  25.73 
 
 		 625 aa  50.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3355  putative tape measure protein  28.95 
 
 		 775 aa  49.7  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3738  hypothetical protein  31.5 
 
 		 540 aa  48.9  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3313  TP901 family phage tail tape measure protein  25.75 
 
 		 863 aa  48.9  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.219365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4475  tail protein  25.64 
 
 		 641 aa  48.5  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323148 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2256  tail protein  25.64 
 
 		 642 aa  48.5  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000173389 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1281  hypothetical protein  22.47 
 
 		 824 aa  45.8  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3865  phage tail protein, putative  26.5 
 
 		 651 aa  46.2  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0190  hypothetical protein  23.64 
 
 		 735 aa  45.4  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2753  TP901 family phage tail tape measure protein  27.17 
 
 		 1025 aa  44.7  0.008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000729903 
 
 
-
 
NC_002978  WD0570  prophage P2W3, tail tape measure protein  21.97 
 
 		 680 aa  44.3  0.009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>