25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1857 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1857  pyocin R2_PP, tail length determination protein, putative  100 
 
 		 814 aa  1605    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3062  pyocin R2_PP, tail length determination protein, putative  49.92 
 
 		 1089 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0911019 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3393  tail tape measure protein  48.78 
 
 		 916 aa  535  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1215  TP901 family phage tail tape measure protein  50.08 
 
 		 1314 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08120  putative tail length determinator protein  28.04 
 
 		 745 aa  223  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000076963  hitchhiker  0.000608309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0769  putative tail length determinator protein  27.97 
 
 		 754 aa  207  7e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.961122  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2914  prophage MuMc02, TP901 family tail tape measure protein  30.62 
 
 		 993 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  28.01 
 
 		 781 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4487  TP901 family phage tail tape measure protein  29.86 
 
 		 666 aa  129  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.108183  normal  0.0686634 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  27.78 
 
 		 743 aa  118  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_009829  Spro_4911  TP901 family phage tail tape measure protein  27.12 
 
 		 814 aa  110  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.716595 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1528  phage tail tape measure protein, TP901 family  26.79 
 
 		 625 aa  101  7e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0884  phage tail tape measure protein, TP901 family  26.32 
 
 		 823 aa  95.5  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0603938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0750  Phage tail tape measure protein TP901, core region  22.75 
 
 		 950 aa  88.6  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.173353 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0190  hypothetical protein  24.01 
 
 		 735 aa  82.4  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0743  hypothetical protein  29.35 
 
 		 646 aa  82  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3691  hypothetical protein  28.28 
 
 		 902 aa  81.6  0.00000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1569  phage tail tape measure protein, TP901 family  22.03 
 
 		 825 aa  77.4  0.0000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258062  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2337  Phage tail tape measure protein  23.97 
 
 		 599 aa  77.4  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2893  phage tail tape measure protein, TP901 family  22.09 
 
 		 817 aa  76.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.772057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1557  Phage tail tape measure protein TP901, core region  28.49 
 
 		 722 aa  75.5  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138329 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4550  putative phage tail protein  25 
 
 		 784 aa  70.1  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.423372  normal  0.711096 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4549  putative phage tail protein  23.6 
 
 		 784 aa  67.8  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.374859 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4465  putative phage tail protein  23.6 
 
 		 784 aa  66.2  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1495  hypothetical protein  45.16 
 
 		 115 aa  49.3  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>