47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2660 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_3196  phage tail tape measure protein, TP901 family  45.77 
 
 
959 aa  664    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.112717  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2660  phage tail tape measure protein, TP901 family  100 
 
 
1032 aa  2083    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2350  TP901 family phage tail tape measure protein  35.21 
 
 
971 aa  183  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.5162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2303  TP901 family phage tail tape measure protein  34.62 
 
 
971 aa  177  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.841337  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3484  putative tail protein from prophage; putative tail length tape measure motif protein  42.47 
 
 
409 aa  176  1.9999999999999998e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0174075  hitchhiker  0.00423679 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0946  phage tail tape measure protein  30.56 
 
 
1025 aa  152  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1215  TP901 family phage tail tape measure protein  25.1 
 
 
1030 aa  145  3e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2753  TP901 family phage tail tape measure protein  30.7 
 
 
1025 aa  145  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000729903 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2489  phage tail tape measure protein  29.38 
 
 
1025 aa  137  8e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37360  Phage TMP domain-containing protein  24.42 
 
 
1078 aa  125  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3478  TP901 family phage tail tape measure protein  39.19 
 
 
809 aa  116  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.790573  normal  0.139413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3026  phage tail tape measure protein, TP901 family  36.24 
 
 
815 aa  115  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0149182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4387  gp24  40.87 
 
 
813 aa  115  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0181  putative phage-related tail transmembrane protein  34.38 
 
 
919 aa  112  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1847  hypothetical protein  24.78 
 
 
877 aa  112  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0202456 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0996  hypothetical protein  36.91 
 
 
459 aa  112  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4349  TP901 family phage tail tape measure protein  35.57 
 
 
815 aa  112  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.186092 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4360  Phage-related minor tail protein-like  34.56 
 
 
1206 aa  111  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.348966  normal  0.27157 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3027  phage tail tape measure protein  34.52 
 
 
935 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000444183 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2844  phage tail tape measure protein  34.52 
 
 
935 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.581537  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4860  putative phage-related tail transmembrane protein  39.85 
 
 
920 aa  107  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.582054  normal  0.698632 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2103  hypothetical protein  35.67 
 
 
737 aa  101  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2891  TP901 family phage tail tape measure protein  25.06 
 
 
1216 aa  97.8  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01340  phage-related tail protein  24.94 
 
 
956 aa  84  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.776722  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3994  phage protein  27.42 
 
 
1660 aa  82  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4549  putative phage tail protein  22.57 
 
 
784 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.30814  normal  0.374859 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1375  Phage tail tape measure protein TP901, core region  26.73 
 
 
877 aa  74.7  0.000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4550  putative phage tail protein  22.61 
 
 
784 aa  73.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.423372  normal  0.711096 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4465  putative phage tail protein  22.61 
 
 
784 aa  72.4  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2893  phage tail tape measure protein, TP901 family  25.36 
 
 
817 aa  72  0.00000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.772057  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3322  Phage tail tape measure protein TP901, core region  34.55 
 
 
743 aa  70.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.787637  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1488  TP901 family phage tail tape measure protein  28.67 
 
 
781 aa  69.7  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3581  TMP repeat-containing protein  23.53 
 
 
1206 aa  68.9  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1327  phage-related tail transmembrane protein  41.11 
 
 
986 aa  67  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1569  phage tail tape measure protein, TP901 family  25.68 
 
 
825 aa  63.5  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.258062  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0859  TP901 family phage tail tape measure protein  41.56 
 
 
701 aa  59.7  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0227343  hitchhiker  0.00167683 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0884  phage tail tape measure protein, TP901 family  30.95 
 
 
823 aa  59.3  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0603938  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3315  Phage tail tape measure protein  27.88 
 
 
858 aa  58.5  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0157558  normal  0.305468 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1914  phage-related tail transmembrane protein  29.41 
 
 
887 aa  57.8  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.575173  normal  0.748507 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0671  TMP repeat protein  25.09 
 
 
871 aa  55.1  0.000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1281  hypothetical protein  27.97 
 
 
824 aa  52  0.00006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0993  hypothetical protein  28.63 
 
 
361 aa  50.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.600478  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1155  TP901 family phage tail tape measure protein  29.46 
 
 
739 aa  49.7  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0394  hypothetical protein  28.57 
 
 
739 aa  48.5  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1133  hypothetical protein  28.57 
 
 
739 aa  48.5  0.0006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1357  phage tail-like protein  34.75 
 
 
550 aa  48.1  0.0008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2914  prophage MuMc02, TP901 family tail tape measure protein  21.37 
 
 
993 aa  46.2  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>