More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1407 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1407  type I secretion outer membrane protein, TolC family  100 
 
 		 451 aa  910    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1726  secretion protein  54.46 
 
 		 451 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.379002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20050  putative outer membrane protein  54.22 
 
 		 451 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.7908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48090  alkaline protease secretion outer membrane protein AprF precursor  50.24 
 
 		 481 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0152412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4144  alkaline protease secretion protein AprF  49.41 
 
 		 477 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0485622  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2109  type I secretion outer membrane protein, TolC family  48.94 
 
 		 466 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2682  Type I secretion outer membrane protein, TolC  48.94 
 
 		 451 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.829421  hitchhiker  0.000293137 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1598  TolC family type I secretion outer membrane protein  48.31 
 
 		 459 aa  400  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.538573  normal  0.487426 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2905  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.43 
 
 		 455 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1557  type I secretion outer membrane protein, TolC family  49.43 
 
 		 455 aa  398  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3328  ABC transporter, permease protein  47.25 
 
 		 456 aa  381  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.262756  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3159  Type I secretion outer membrane protein, TolC  47.48 
 
 		 449 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.334096  normal  0.115011 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1282  Type I secretion outer membrane protein, TolC  37.24 
 
 		 465 aa  300  3e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3356  TolC family type I secretion outer membrane protein  34.1 
 
 		 442 aa  219  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431157  normal  0.886803 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1746  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.73 
 
 		 446 aa  213  5.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2558  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.41 
 
 		 452 aa  212  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.431388  normal  0.101058 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3157  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.64 
 
 		 442 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.262509 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0381  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.21 
 
 		 445 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0230254  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2697  type I secretion outer membrane protein, TolC  35.48 
 
 		 437 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  34.98 
 
 		 427 aa  196  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0695  porin (omp) ABC transporter protein  32.35 
 
 		 484 aa  192  9e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0288188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0585  TolC family type I secretion outer membrane protein  35.11 
 
 		 456 aa  192  9e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.449084  normal  0.127961 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2534  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.53 
 
 		 468 aa  189  8e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0604  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.94 
 
 		 478 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.836386 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1345  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.2 
 
 		 455 aa  187  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  33.5 
 
 		 434 aa  186  6e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0645  type I secretion outer membrane protein, TolC family  32.58 
 
 		 488 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.173394 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0749  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.86 
 
 		 497 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1642  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.5 
 
 		 446 aa  182  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.779397 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1126  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.08 
 
 		 450 aa  177  3e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1664  Type I secretion outer membrane protein, TolC  31.88 
 
 		 453 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2711  Type I secretion outer membrane protein TolC  29.57 
 
 		 493 aa  176  8e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03690  outer membrane channel precursor protein  32.59 
 
 		 462 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000344286  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2818  TolC family type I secretion outer membrane protein  33.25 
 
 		 469 aa  173  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.282777  normal  0.979363 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0744  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.96 
 
 		 449 aa  171  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.291612  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3723  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.63 
 
 		 512 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1304  Type I secretion outer membrane protein, TolC  28.93 
 
 		 446 aa  171  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000151154  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1022  Type I secretion outer membrane protein, TolC  32.1 
 
 		 489 aa  171  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.15714  normal  0.470087 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3904  outer membrane channel protein  31.35 
 
 		 435 aa  169  1e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2203  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.37 
 
 		 441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.917815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3236  outer membrane channel protein  31.02 
 
 		 435 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000456355  hitchhiker  0.0000511139 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0753  outer membrane channel protein  30.96 
 
 		 435 aa  167  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000555232  normal  0.0190145 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0725  outer membrane channel protein  31.02 
 
 		 435 aa  167  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000245313  hitchhiker  0.000963429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3563  outer membrane channel protein  30.28 
 
 		 434 aa  167  5e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000135514  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1990  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.5 
 
 		 498 aa  166  6.9999999999999995e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0781  outer membrane channel protein  29.4 
 
 		 435 aa  166  9e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000184345  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3926  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.75 
 
 		 441 aa  166  9e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3578  outer membrane channel protein  29.4 
 
 		 435 aa  166  9e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000408694  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0813  outer membrane channel protein  29.4 
 
 		 435 aa  166  9e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000621601  normal  0.257824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0806  outer membrane channel protein  29.4 
 
 		 435 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000113836  hitchhiker  0.0000000000882186 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0430  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.51 
 
 		 436 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000114483  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0754  hypothetical protein  30.14 
 
 		 455 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2283  Type I secretion outer membrane protein, TolC  29.4 
 
 		 480 aa  163  6e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3225  outer membrane channel protein  31.52 
 
 		 432 aa  163  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000929322  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0736  hypothetical protein  29.91 
 
 		 455 aa  163  7e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0768  outer membrane channel protein  30.68 
 
 		 435 aa  163  7e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000309945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4195  outer membrane channel protein  29.74 
 
 		 443 aa  160  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000611538  hitchhiker  0.000431125 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3958  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.82 
 
 		 491 aa  159  8e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.753849  normal  0.338977 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0366  putative secretion protein  28.28 
 
 		 454 aa  159  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.676066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3777  outer membrane channel protein  31.25 
 
 		 470 aa  158  2e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0544  outer membrane channel protein  31.53 
 
 		 448 aa  157  3e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000576987  normal  0.601769 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1338  type I secretion outer membrane protein, TolC family  26.8 
 
 		 456 aa  156  7e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0728783  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0611  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.68 
 
 		 464 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2352  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.82 
 
 		 446 aa  154  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2604  Type I secretion outer membrane protein, TolC  30.56 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3332  outer membrane channel protein  31.14 
 
 		 431 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0563453  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0774  outer membrane channel protein  29.9 
 
 		 441 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000983275  unclonable  0.000000000104798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3048  outer membrane channel protein  31.98 
 
 		 432 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000973822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2026  TolC family type I secretion outer membrane protein  32.14 
 
 		 405 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.341805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0802  TolC family type I secretion outer membrane protein  28.8 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1041  type I secretion outer membrane efflux protein  32.98 
 
 		 451 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2457  type I secretion outer membrane protein, TolC family  29.09 
 
 		 449 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0483  type I secretion outer membrane protein, TolC  30.16 
 
 		 440 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4268  outer membrane channel protein  29.37 
 
 		 497 aa  144  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3619  outer membrane channel protein  30.23 
 
 		 469 aa  144  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2639  TolC family type I secretion outer membrane protein  27.4 
 
 		 461 aa  144  5e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1835  type I secretion outer membrane protein, TolC family  31.85 
 
 		 447 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2013  outer membrane channel protein  27.48 
 
 		 438 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000158125  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3372  outer membrane channel protein  28.79 
 
 		 489 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.258775 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3367  outer membrane channel protein  28.79 
 
 		 489 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3444  outer membrane channel protein  28.79 
 
 		 489 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3437  outer membrane channel protein  28.79 
 
 		 489 aa  141  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0313  outer membrane channel protein  28.34 
 
 		 463 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3539  outer membrane channel protein  29.33 
 
 		 489 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.735558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2439  TolC family type I secretion outer membrane protein  31.79 
 
 		 443 aa  139  7e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.690734 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0543  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.65 
 
 		 479 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.991736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3585  TolC family type I secretion outer membrane protein  29.73 
 
 		 484 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4977  outer membrane efflux protein TolC, putative  26.68 
 
 		 479 aa  138  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0323  outer membrane channel protein  28.34 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000673159  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004522  type I secretion TolC precursor  28.24 
 
 		 442 aa  137  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000301167  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65750  putative outer membrane efflux protein precursor  27.71 
 
 		 482 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2630  Type I secretion outer membrane protein, TolC  27.68 
 
 		 489 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00869  outer membrane channel protein  27.46 
 
 		 445 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0943  TolC family type I secretion outer membrane protein  26.77 
 
 		 481 aa  135  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.359214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3448  outer membrane channel protein  29.2 
 
 		 494 aa  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.203909 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3360  type I secretion outer membrane protein, TolC family protein  27.57 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.21716  normal  0.12144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5705  outer membrane efflux protein  27.55 
 
 		 481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1145  anibiotic ABC transporter efflux pump  26.83 
 
 		 442 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0950506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0682  Outer membrane protein-like  26.35 
 
 		 443 aa  133  7.999999999999999e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.111346  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3468  outer membrane channel protein  29.66 
 
 		 495 aa  133  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0175451  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>