More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3605 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_3605  ribulose-phosphate 3-epimerase  100 
 
 
218 aa  442  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.406729  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1776  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.34 
 
 
220 aa  202  4e-51  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1653  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.54 
 
 
217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.123054 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0022  ribulose-phosphate 3-epimerase  50.7 
 
 
223 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1959  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.27 
 
 
218 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2195  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.5 
 
 
216 aa  197  7e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1069  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.8 
 
 
221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0914  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  51.69 
 
 
223 aa  193  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000393455  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1716  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.41 
 
 
218 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3908  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456124  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3902  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000909006  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3711  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000326882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3601  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000335974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3619  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000498078  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3998  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000394109  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3874  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.9214700000000005e-28 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1769  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.39 
 
 
219 aa  192  3e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2512  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.1 
 
 
214 aa  192  4e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000411423  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0833  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.51 
 
 
216 aa  191  6e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3959  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.61 
 
 
214 aa  189  2e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130124  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2364  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.83 
 
 
229 aa  189  2e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2879  Ribulose-phosphate 3-epimerase  46.38 
 
 
229 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3683  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.61 
 
 
214 aa  189  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00141472  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1957  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.65 
 
 
225 aa  188  4e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.163102 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0536  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.98 
 
 
221 aa  189  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1309  ribulose-phosphate 3-epimerase  51.98 
 
 
215 aa  188  4e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.763619  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002331  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.15 
 
 
223 aa  188  5e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.556001  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0827  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.75 
 
 
225 aa  188  5.999999999999999e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1284  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.61 
 
 
214 aa  187  8e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000283492  hitchhiker  0.00041943 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0454  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  49.49 
 
 
243 aa  187  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0801863 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1996  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.37 
 
 
238 aa  187  9e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0626  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.29 
 
 
225 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.132839 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4448  ribulose-phosphate 3-epimerase  50 
 
 
230 aa  187  1e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0491  Ribulose-phosphate 3-epimerase  43.33 
 
 
221 aa  187  1e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3229  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.38 
 
 
235 aa  186  2e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.247025  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0104  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.3 
 
 
219 aa  186  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2620  ribulose-phosphate 3-epimerase  48.26 
 
 
233 aa  186  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.498011  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2484  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.45 
 
 
220 aa  186  3e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0604  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.33 
 
 
247 aa  184  7e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000939667  normal  0.65152 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4780  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.49 
 
 
221 aa  184  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.19 
 
 
228 aa  184  8e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3247  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.34 
 
 
220 aa  184  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2848  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.34 
 
 
220 aa  184  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.19951  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0850  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.78 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0566  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.48 
 
 
224 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0229  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0846712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4611  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.48 
 
 
224 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4675  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.29 
 
 
235 aa  183  1.0000000000000001e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3723  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00616256  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0842  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.78 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.804917  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1509  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.66 
 
 
218 aa  183  1.0000000000000001e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00871161  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3962  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.44 
 
 
225 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0524071  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2202  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.89 
 
 
236 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.780277  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1941  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  46.08 
 
 
220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0292  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3997  Ribulose-phosphate 3-epimerase  44.23 
 
 
224 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2302  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.96 
 
 
231 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.492163  hitchhiker  0.000182482 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0743  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000598804 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00024  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.67 
 
 
223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4107  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.23 
 
 
224 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.887514  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0267  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.19 
 
 
222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.137082  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4077  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
224 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4195  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.23 
 
 
224 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0253  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
225 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3888  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
225 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3700  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.08 
 
 
236 aa  182  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3842  Ribulose-phosphate 3-epimerase  45.63 
 
 
224 aa  182  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0107323  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3971  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  45.37 
 
 
224 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0517248  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1951  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.32 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0264  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.04 
 
 
225 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.241717  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0447  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.12 
 
 
230 aa  181  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423262  normal  0.174808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2540  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.41 
 
 
223 aa  181  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0480192 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1646  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.89 
 
 
234 aa  181  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0576  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.07 
 
 
220 aa  181  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.885825  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1619  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.89 
 
 
234 aa  181  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0714  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.06 
 
 
222 aa  181  7e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.23803  normal  0.485653 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3128  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.52 
 
 
223 aa  181  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2606  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.19 
 
 
236 aa  180  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.203389 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3649  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  44.06 
 
 
224 aa  181  1e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0788  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.06 
 
 
214 aa  180  2e-44  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2376  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.29 
 
 
225 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3692  ribulose-5-phosphate 3-epimerase  43.6 
 
 
225 aa  179  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0381  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.23 
 
 
223 aa  179  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2572  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.47 
 
 
244 aa  179  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.712481  normal  0.356706 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3362  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.55 
 
 
230 aa  180  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3593  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3557  ribulose-phosphate 3-epimerase  49.04 
 
 
228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3527  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.19 
 
 
221 aa  179  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0954  Ribulose-phosphate 3-epimerase  48.24 
 
 
227 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.516916  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3879  ribulose-phosphate 3-epimerase  45.19 
 
 
225 aa  179  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.753012  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0449  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.48 
 
 
224 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.402606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0446  ribulose-phosphate 3-epimerase  43.48 
 
 
224 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.338349 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2696  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
227 aa  178  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1747  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.08 
 
 
216 aa  179  4e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000490404  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1048  ribulose-phosphate 3-epimerase  46.63 
 
 
226 aa  178  4e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000483627  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0346  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.38 
 
 
224 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0175  ribulose-phosphate 3-epimerase  47.17 
 
 
218 aa  178  4.999999999999999e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1306  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
214 aa  178  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0153242  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1281  ribulose-phosphate 3-epimerase  44.76 
 
 
214 aa  178  4.999999999999999e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.176938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4259  ribulose-phosphate 3-epimerase  42.86 
 
 
224 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0110433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>