More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_1104 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010577  XfasM23_2182  type I restriction-modification system, M subunit  75.96 
 
 		 527 aa  829    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0505  type I restriction-modification system, M subunit  76.97 
 
 		 524 aa  823    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1545  type I restriction-modification system, M subunit  71.6 
 
 		 522 aa  788    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.648114  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2274  type I restriction-modification system DNA methylase  75.77 
 
 		 527 aa  831    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1499  type I restriction-modification system, M subunit  78.06 
 
 		 521 aa  816    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.1762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0079  type I restriction-modification system, M subunit  74.03 
 
 		 520 aa  814    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2421  type I restriction-modification system, M subunit  79.19 
 
 		 526 aa  856    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.636498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1104  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 519 aa  1068    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2253  type I restriction-modification system, M subunit  55.9 
 
 		 523 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.475184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1850  type I restriction-modification system, M subunit  57.43 
 
 		 489 aa  580  1e-164  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3470  type I restriction-modification system, M subunit  54.6 
 
 		 523 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0821  type I restriction-modification system, M subunit  54.05 
 
 		 515 aa  568  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1953  type I restriction-modification system, M subunit  55.15 
 
 		 523 aa  571  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.710513  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3056  type I restriction-modification system, M subunit  55 
 
 		 515 aa  565  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.994596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1412  type I restriction-modification system, M subunit  53.37 
 
 		 517 aa  567  1e-160  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.446719  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4393  type I restriction-modification system, M subunit  52.88 
 
 		 515 aa  546  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  42.33 
 
 		 518 aa  404  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  42.33 
 
 		 518 aa  404  1e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1860  type I restriction-modification system, M subunit  41.94 
 
 		 518 aa  399  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.876278  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  41.94 
 
 		 518 aa  399  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2472  type I restriction-modification system, M subunit  42.17 
 
 		 518 aa  397  1e-109  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0275864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  40.04 
 
 		 528 aa  392  1e-108  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  36.43 
 
 		 554 aa  370  1e-101  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1220  type I restriction-modification system, M subunit  37.03 
 
 		 540 aa  329  9e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.107175  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0925  type I restriction-modification system, M subunit  37.26 
 
 		 535 aa  326  6e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000528021  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2725  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 525 aa  324  2e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3954  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 525 aa  325  2e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0129  type I restriction-modification system, M subunit  37.98 
 
 		 537 aa  321  1.9999999999999998e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0450  type I restriction-modification system, M subunit  36.99 
 
 		 537 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00003054 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0439  Type I restriction-modification system M subunit  37.9 
 
 		 534 aa  318  1e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00153392  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0750  type I restriction-modification system, M subunit  36.26 
 
 		 544 aa  317  2e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2372  type I restriction-modification system, M subunit  36.4 
 
 		 537 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.728855  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2003  type I restriction-modification system, M subunit  36.4 
 
 		 537 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1085  type I restriction-modification system, M subunit  36.62 
 
 		 547 aa  314  2.9999999999999996e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.103049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3546  type I restriction-modification system, M subunit  36.92 
 
 		 535 aa  313  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0753  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  37.72 
 
 		 534 aa  305  2.0000000000000002e-81  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  35.66 
 
 		 863 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  36.62 
 
 		 910 aa  294  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  35.59 
 
 		 862 aa  292  8e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3536  type I restriction-modification system, M subunit  36.09 
 
 		 863 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  34.54 
 
 		 495 aa  291  3e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4082  type I restriction-modification system, M subunit  35.06 
 
 		 863 aa  289  8e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3715  type I restriction-modification system, M subunit  36.17 
 
 		 547 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 494 aa  286  7e-76  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  34.34 
 
 		 501 aa  285  2.0000000000000002e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2619  type I restriction-modification system, M subunit  33.39 
 
 		 584 aa  282  9e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  34.03 
 
 		 874 aa  280  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  41.48 
 
 		 462 aa  278  1e-73  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.46 
 
 		 855 aa  266  5e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03120  type I restriction system adenine methylase HsdM  33.93 
 
 		 856 aa  262  8.999999999999999e-69  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0118515  hitchhiker  7.147270000000001e-18 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1915  type I restriction-modification system, M subunit  34.46 
 
 		 853 aa  262  1e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.93858  hitchhiker  0.00587021 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  31.43 
 
 		 527 aa  253  6e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  33.4 
 
 		 505 aa  250  5e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  33.33 
 
 		 499 aa  239  6.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  32.33 
 
 		 506 aa  236  8e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  32.28 
 
 		 814 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  31.26 
 
 		 847 aa  234  3e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  32.4 
 
 		 810 aa  232  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  31.9 
 
 		 809 aa  231  3e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  31.99 
 
 		 799 aa  229  1e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  30.98 
 
 		 526 aa  227  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  30.65 
 
 		 505 aa  226  6e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  32.12 
 
 		 799 aa  226  7e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  31.01 
 
 		 574 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  31.57 
 
 		 574 aa  224  3e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  30.35 
 
 		 587 aa  222  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  31.05 
 
 		 810 aa  222  1.9999999999999999e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  31.05 
 
 		 527 aa  220  3.9999999999999997e-56  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  30.36 
 
 		 574 aa  219  7.999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  30.06 
 
 		 526 aa  219  8.999999999999998e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  30.58 
 
 		 814 aa  217  2.9999999999999998e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  31.21 
 
 		 871 aa  217  4e-55  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  32.99 
 
 		 498 aa  217  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  31.01 
 
 		 633 aa  217  4e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  31.93 
 
 		 827 aa  217  5e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  30.1 
 
 		 504 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  31.03 
 
 		 808 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  29.37 
 
 		 496 aa  212  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  31.9 
 
 		 498 aa  211  3e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  32.37 
 
 		 500 aa  210  5e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  29.78 
 
 		 495 aa  210  6e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  30.71 
 
 		 814 aa  209  1e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  31.15 
 
 		 505 aa  209  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  31.3 
 
 		 816 aa  207  3e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  31 
 
 		 891 aa  207  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  27.9 
 
 		 523 aa  206  6e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  30.25 
 
 		 508 aa  206  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  27.72 
 
 		 508 aa  205  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.05 
 
 		 860 aa  205  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  30.56 
 
 		 585 aa  203  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  31.34 
 
 		 496 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  30.84 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  31.1 
 
 		 808 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  28.71 
 
 		 822 aa  201  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  29.98 
 
 		 508 aa  201  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  30.94 
 
 		 492 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  30.31 
 
 		 499 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  27.03 
 
 		 568 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  28.87 
 
 		 815 aa  196  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  30.34 
 
 		 499 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>