102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_1652 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_1652  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 76 aa  148  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000422118  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0041  XRE family transcriptional regulator  89.47 
 
 		 76 aa  135  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0512908  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5723  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118479  normal  0.785242 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  42.42 
 
 		 77 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4356  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 114 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.623586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4570  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 99 aa  45.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.27714 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 198 aa  45.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  35.82 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  35.82 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  35.82 
 
 		 217 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0368  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 76 aa  44.7  0.0005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 106 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.33 
 
 		 517 aa  44.7  0.0005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3535  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 103 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 74 aa  43.9  0.0007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0719  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.196932  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 165 aa  43.9  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0743  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1707  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2441  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1559  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.5  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810667  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1246  DNA-binding protein  64.71 
 
 		 80 aa  43.5  0.0009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.578172  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1599  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1831  DNA-binding protein  46.38 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  40.51 
 
 		 105 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.71 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.36 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0841  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000196105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  42  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 78 aa  42  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1806  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.579392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 77 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6264  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 188 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.0000184029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 181 aa  42.7  0.002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2564  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 153 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 93 aa  42.4  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 73 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 97 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  45.9 
 
 		 69 aa  42  0.003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 75 aa  41.6  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 219 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 219 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 219 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 81 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4454  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 203 aa  41.6  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  normal  0.472987 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  39.44 
 
 		 218 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  40.32 
 
 		 70 aa  41.6  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3298  DNA-binding protein  43.1 
 
 		 156 aa  41.6  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.441123  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 143 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 101 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  39.68 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0039  mobile mystery protein A  43.64 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  37.5 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 222 aa  40.8  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0415  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.187389  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4469  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4983  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0953387  normal  0.300371 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 161 aa  40.8  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4933  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.131947  normal  0.360863 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9535  hypothetical transcription regulator protein  36.92 
 
 		 88 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111117  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 198 aa  40.8  0.006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  33.33 
 
 		 75 aa  40.8  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 120 aa  40.4  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 179 aa  40.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2484  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 187 aa  40.8  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0499056 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 98 aa  40.4  0.007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 176 aa  40.8  0.007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0001  helix-turn-helix domain containing protein  43.64 
 
 		 152 aa  40.8  0.007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.998773  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2458  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.282719  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 200 aa  40.4  0.009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5363  mobile mystery protein A  38.89 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.084336 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4938  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 206 aa  40  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.839761  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>