188 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1711 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_1711  ComEC/Rec2-related protein  100 
 
 
413 aa  809    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1842  ComEC/Rec2-related protein  88.3 
 
 
778 aa  583  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.818822  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2840  ComEC/Rec2-related protein  72.13 
 
 
764 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.431764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4498  putative ComEC/Rec2 family protein  72.39 
 
 
762 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2453  ComEC/Rec2-related protein  71.71 
 
 
774 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.869804  normal  0.603908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3250  ComEC/Rec2-related protein  71.07 
 
 
755 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2810  ComEC/Rec2-related protein  70.39 
 
 
764 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.553334  normal  0.400148 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4370  ComEC/Rec2-related protein  46.11 
 
 
757 aa  248  1e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.754467  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0648  ComEC/Rec2-related protein  44.88 
 
 
738 aa  230  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1411  ComEC/Rec2-related protein  40.56 
 
 
792 aa  226  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.688241 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3179  ComEC/Rec2-related protein  38.93 
 
 
718 aa  220  3.9999999999999997e-56  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0397465  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4682  ComEC/Rec2-related protein  43.06 
 
 
752 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.115227  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5147  ComEC/Rec2-related protein  43.17 
 
 
752 aa  211  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0358979 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1679  ComEC/Rec2-related protein  38.27 
 
 
779 aa  211  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38602 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1134  ComEC/Rec2-related protein  38.46 
 
 
672 aa  205  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1843  ComEC/Rec2-related protein  37.47 
 
 
706 aa  204  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.151379  normal  0.0423883 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0601  competence protein  34.76 
 
 
757 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.427336  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1145  ComEC/Rec2 family protein, putative  34.96 
 
 
843 aa  200  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5224  ComEC/Rec2-related protein  42.97 
 
 
753 aa  195  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1597  ComEC/Rec2-related protein  36.16 
 
 
810 aa  188  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1602  ComEC/Rec2-related protein  40.73 
 
 
739 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2044  ComEC/Rec2-related protein  34.75 
 
 
858 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1644  ComEC/Rec2-related protein  36.41 
 
 
788 aa  186  9e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2021  ComEC/Rec2-related protein  43.24 
 
 
760 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1522  ComEC/Rec2-related protein  43.49 
 
 
736 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302052  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1996  putative competence protein  34.44 
 
 
684 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1145  ComEC/Rec2-related protein  36.22 
 
 
799 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0706  ComEC/Rec2-related protein  34.44 
 
 
684 aa  176  7e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.471107 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1804  putative competence protein  35.73 
 
 
694 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.254027  normal  0.193881 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0435  ComEC/Rec2-related protein  30.88 
 
 
674 aa  171  2e-41  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1790  ComEC/Rec2-related protein  35.66 
 
 
754 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0814214  hitchhiker  0.00430403 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3093  ComEC/Rec2-related protein  35.91 
 
 
671 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.662312  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3718  ComEC/Rec2-related protein  37.74 
 
 
717 aa  166  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0627222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2562  hypothetical protein  31.52 
 
 
1007 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.418924  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1160  ComEC/Rec2 family protein  28.19 
 
 
720 aa  148  2.0000000000000003e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0586  ComEC/Rec2-related protein  29.09 
 
 
672 aa  142  9.999999999999999e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.330536  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0831  ComEC/Rec2-related protein  36.97 
 
 
719 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00619984 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2785  ComEC/Rec2-related protein  33.83 
 
 
726 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.457375  hitchhiker  0.00294021 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0317  ComEC/Rec2 family protein  27.53 
 
 
736 aa  134  3e-30  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0071  ComEC/Rec2-related protein  31.02 
 
 
697 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1397  ComEC/Rec2-related protein  36.53 
 
 
702 aa  117  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027925 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2030  ComEC/Rec2-related protein  33.06 
 
 
760 aa  107  6e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3214  ComEC/Rec2-related protein  35.01 
 
 
714 aa  103  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1885  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31 
 
 
797 aa  101  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.372915  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1639  ComEC/Rec2-related protein  33.5 
 
 
695 aa  96.7  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.830432  normal  0.388219 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1657  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.71 
 
 
771 aa  95.1  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3098  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.49 
 
 
811 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1164  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.04 
 
 
777 aa  93.2  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00428726 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1915  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.42 
 
 
798 aa  93.2  8e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143186 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2672  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.3 
 
 
784 aa  91.3  3e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1379  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  32.63 
 
 
808 aa  86.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.011467  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1368  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.32 
 
 
770 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0600  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  31.05 
 
 
815 aa  84  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.404851 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1465  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.18 
 
 
801 aa  83.6  0.000000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1070  ComEC/Rec2-related protein  28.57 
 
 
593 aa  80.1  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.928875  normal  0.121556 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0957  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  24.35 
 
 
841 aa  79.3  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1202  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.59 
 
 
776 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.177641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3158  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.11 
 
 
860 aa  76.6  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0990853  normal  0.446106 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2093  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.77 
 
 
802 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.35183  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0767  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.04 
 
 
840 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2070  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.97 
 
 
818 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2506  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.46 
 
 
766 aa  75.5  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1437  ComEC/Rec2-related protein  30.29 
 
 
750 aa  75.5  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.715322 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0386  DNA uptake protein  30 
 
 
825 aa  73.6  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2510  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.14 
 
 
794 aa  73.2  0.000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3404  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.4 
 
 
747 aa  72  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1205  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.19 
 
 
845 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1990  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.48 
 
 
835 aa  68.2  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0933  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.51 
 
 
861 aa  67.8  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.337545  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0403  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.39 
 
 
878 aa  66.6  0.0000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3817  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.47 
 
 
738 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.925349  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1897  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  30.9 
 
 
737 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1395  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.87 
 
 
799 aa  65.1  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.751306  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.27 
 
 
851 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.605949 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0606  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.74 
 
 
778 aa  65.1  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1759  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.81 
 
 
814 aa  65.5  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0611654  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1632  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.61 
 
 
738 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.599163 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2476  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  26.55 
 
 
766 aa  64.7  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1429  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.01 
 
 
840 aa  63.5  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1769  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.94 
 
 
812 aa  63.5  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.479237  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1107  ComEC/Rec2-related protein  23.71 
 
 
755 aa  63.5  0.000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1079  ComEC/Rec2-related protein:DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.92 
 
 
800 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.723493  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4178  DNA internalization-like competence protein ComEC/Rec2  27.27 
 
 
747 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.145225  normal  0.646667 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1902  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  34.09 
 
 
880 aa  63.2  0.000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2554  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  28.44 
 
 
846 aa  63.2  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1120  putative transporter DNA uptake transmembrane protein  25.73 
 
 
847 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0978754  normal  0.511509 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1043  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.87 
 
 
785 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1473  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.65 
 
 
738 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0350  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.57 
 
 
822 aa  62  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0140  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.67 
 
 
868 aa  61.2  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0038467 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4176  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  21.91 
 
 
773 aa  60.8  0.00000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2124  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  25.62 
 
 
860 aa  59.7  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118158  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04815  competence protein  19.61 
 
 
679 aa  58.9  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1508  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.36 
 
 
737 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1779  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  23.71 
 
 
762 aa  58.2  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14730  DNA internalization-related competence protein ComA  27.54 
 
 
711 aa  58.2  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0603479  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1352  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  29.49 
 
 
948 aa  57.4  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0141053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1059  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  27.12 
 
 
839 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2973  competence protein  27.16 
 
 
626 aa  57  0.0000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.530414  normal  0.293948 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1443  DNA internalization-related competence protein ComEC/Rec2  28.2 
 
 
843 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>