More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0400 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0314  DEAD/DEAH box helicase  88.49 
 
 
476 aa  832    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4192  DEAD/DEAH box helicase domain protein  76.36 
 
 
474 aa  717    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1793  DEAD/DEAH box helicase  75.1 
 
 
491 aa  730    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3703  DEAD/DEAH box helicase-like  78.05 
 
 
481 aa  731    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621227  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3511  DEAD/DEAH box helicase-like  77.27 
 
 
482 aa  741    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.621785  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0400  DEAD/DEAH box helicase-like  100 
 
 
477 aa  957    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7020  ATP-dependent RNA helicase  78.35 
 
 
469 aa  722    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.325131  normal  0.333376 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3204  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  59.06 
 
 
559 aa  537  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6484  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.44 
 
 
499 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.685816  normal  0.838885 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7234  DEAD/DEAH box helicase domain protein  63.98 
 
 
506 aa  473  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.499446  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3809  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  63.61 
 
 
506 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.300559  normal  0.339526 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2794  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.26 
 
 
510 aa  462  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15323  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2503  DEAD/DEAH box helicase domain protein  62.26 
 
 
506 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.817106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2571  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  62.26 
 
 
510 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.948447  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3137  DEAD/DEAH box helicase domain protein  60.81 
 
 
423 aa  439  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.417065  normal  0.231067 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1351  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.72 
 
 
452 aa  441  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00281492  normal  0.0306725 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1947  DEAD/DEAH box helicase-like protein  52.5 
 
 
459 aa  437  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.673176  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2449  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.53 
 
 
485 aa  432  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.727769  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0808  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.8 
 
 
448 aa  432  1e-120  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133727 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2108  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.36 
 
 
418 aa  429  1e-119  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1778  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  50.11 
 
 
479 aa  429  1e-119  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1641  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  57.84 
 
 
439 aa  430  1e-119  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00551625  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0237  DEAD/DEAH box helicase-like  57.56 
 
 
498 aa  426  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0933  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.97 
 
 
479 aa  425  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461598  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2570  ATP-dependent RNA helicase  52.38 
 
 
446 aa  427  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.463423 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0917  DEAD/DEAH box helicase domain protein  58.11 
 
 
418 aa  424  1e-117  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.577539  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1556  DEAD/DEAH box helicase domain protein  55.72 
 
 
418 aa  424  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000449749  hitchhiker  0.000184572 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2639  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.38 
 
 
525 aa  423  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.147285  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3476  DEAD/DEAH box helicase domain protein  50.8 
 
 
437 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0544  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.4 
 
 
418 aa  420  1e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0245  DEAD/DEAH box helicase-like protein  57.22 
 
 
463 aa  421  1e-116  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0283018  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5093  DEAD/DEAH box helicase domain protein  56.37 
 
 
383 aa  419  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  unclonable  0.00000000000182992  normal  0.30004 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0987  DEAD/DEAH box helicase-like  56.76 
 
 
418 aa  415  9.999999999999999e-116  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.748999  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4724  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  58.65 
 
 
453 aa  416  9.999999999999999e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3851  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.89 
 
 
513 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282331 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0838  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.19 
 
 
549 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0810  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.12 
 
 
578 aa  413  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1251  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.95 
 
 
418 aa  414  1e-114  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5812  DEAD/DEAH box helicase domain protein  48.85 
 
 
492 aa  414  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.441599  hitchhiker  0.00900105 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3783  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  54.72 
 
 
535 aa  409  1e-113  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0896  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.82 
 
 
515 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3466  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  46.82 
 
 
526 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3129  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.31 
 
 
549 aa  409  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0905  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.03 
 
 
525 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  55.04 
 
 
415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.34 
 
 
448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.487867  normal  0.156887 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0870  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.03 
 
 
525 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3108  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.89 
 
 
550 aa  404  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0703  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.91 
 
 
494 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0328  DEAD/DEAH box helicase domain protein  52.11 
 
 
497 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.912648 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0604  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.96 
 
 
491 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.631555 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05215  putative ATP-dependent RNA helicase  48.48 
 
 
424 aa  397  1e-109  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.190417  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2648  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.19 
 
 
479 aa  396  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3497  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.47 
 
 
511 aa  398  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03540  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family  54.26 
 
 
557 aa  395  1e-109  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.897279  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0420  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  48.89 
 
 
628 aa  398  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2687  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  48.06 
 
 
533 aa  394  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.915441  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0426  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  54.69 
 
 
522 aa  393  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.234124  normal  0.583297 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1288  ATP-dependent RNA helicase RhlE  54.3 
 
 
462 aa  392  1e-108  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3200  dystroglycan-type cadherin-like  53.23 
 
 
516 aa  394  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0528  putative ATP-dependent RNA helicase  53.19 
 
 
635 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.358611  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0517  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  54.62 
 
 
506 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0847838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5283  DEAD/DEAH box helicase-like  53.93 
 
 
622 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0648  putative ATP-dependent RNA helicase 1  53.89 
 
 
543 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.498001 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5029  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.39 
 
 
626 aa  388  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05560  ATP-dependent RNA helicase  53.19 
 
 
639 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.978664  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4980  DEAD-box ATP dependent DNA helicase  53.39 
 
 
626 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5070  ATP-dependent RNA helicase rhlE, putative  53.12 
 
 
629 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1342  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.41 
 
 
426 aa  388  1e-106  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0420  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.93 
 
 
560 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437867  hitchhiker  0.000179935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0458  helicase, C-terminal:Type III restriction enzyme, res subunit:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  53.12 
 
 
629 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4853  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.39 
 
 
627 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.282261  normal  0.0691248 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2001  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47 
 
 
514 aa  386  1e-106  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0167205  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0485  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.66 
 
 
630 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0915  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.56 
 
 
453 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3311  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.89 
 
 
515 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.23551  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0779  DEAD/DEAH box helicase-like  52.02 
 
 
445 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0883  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.56 
 
 
453 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0947  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.56 
 
 
453 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.283527  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3259  ATP-dependent RNA helicase, DEAD box family protein  51.62 
 
 
429 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000130647  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0968  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.76 
 
 
453 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2169  DEAD/DEAH box helicase-like  53.83 
 
 
574 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0456  DEAD/DEAH box helicase-like protein  54.03 
 
 
540 aa  388  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0855  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.56 
 
 
453 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0434  DEAD/DEAH box helicase domain protein  54.93 
 
 
565 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.326828  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00764  RNA helicase  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.697529  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2845  DEAD/DEAH box helicase domain protein  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00781  hypothetical protein  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.74748  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0862  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0539  ATP-dependent RNA helicase protein  53.85 
 
 
540 aa  383  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00876522  normal  0.882809 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0627  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  52.42 
 
 
480 aa  384  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1433  ATP-dependent RNA helicase RhlE  51.87 
 
 
418 aa  383  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.858886  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0851  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0820  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1733  DEAD/DEAH box helicase  54.45 
 
 
477 aa  385  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.210981  normal  0.24417 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3825  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.34 
 
 
443 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0945  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.48 
 
 
455 aa  382  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2846  ATP-dependent RNA helicase RhlE  53.48 
 
 
454 aa  382  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0376153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0817  DEAD/DEAH box helicase-like protein  48.51 
 
 
452 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.187281  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1150  DEAD/DEAH box helicase domain protein  51.87 
 
 
418 aa  383  1e-105  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>