More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_3536 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_3536  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 318 aa  608  1e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.246229  normal  0.724782 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1578  transcriptional regulator, LysR family  53.04 
 
 		 298 aa  283  3.0000000000000004e-75  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.492151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1156  transcriptional regulator, LysR family  55.75 
 
 		 308 aa  279  4e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3361  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 		 298 aa  271  8.000000000000001e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0107379  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2825  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 297 aa  248  1e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0726357  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 316 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1832  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 298 aa  209  4e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0310  transcriptional regulator, LysR family  45.12 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.76271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01219  putative LysR-family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 302 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0639  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.87643  normal  0.130782 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0949  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.634879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1350  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3502  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3271  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045725 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3381  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1471  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0676455 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6757  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.782335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0270  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1155  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0046037  normal  0.529732 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 310 aa  80.1  0.00000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4514  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.973008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  28.23 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 307 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3945  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.656157  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 292 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5360  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 297 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.889507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4668  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.35051  normal  0.639352 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3700  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  29.92 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6651  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.450186 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0244  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 317 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 314 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 318 aa  75.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2435  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.512011  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 310 aa  75.9  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 321 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.3 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2217  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 324 aa  74.7  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.335771  normal  0.670692 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0265  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  31.34 
 
 		 300 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  29.39 
 
 		 292 aa  73.9  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 328 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  25.65 
 
 		 316 aa  74.3  0.000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00857  putative regulatory protein LysR Family  28.63 
 
 		 282 aa  73.9  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6567  hydrogen peroxide-inducible genes activator protein  36.75 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.222143  hitchhiker  0.00672743 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 317 aa  73.6  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3491  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 325 aa  73.2  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.155572  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0758  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 301 aa  73.2  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.733983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0919  transcriptional regulator, LysR family protein  24.91 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1748  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.056741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 349 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.77 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 320 aa  72.4  0.000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 315 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>