More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0160 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  100 
 
 		 308 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  91.48 
 
 		 307 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  90.82 
 
 		 307 aa  564  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 328 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 304 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.5 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 305 aa  89.7  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.5 
 
 		 295 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 320 aa  89  8e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 300 aa  89  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  89  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 317 aa  88.2  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.78 
 
 		 328 aa  88.6  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 297 aa  88.6  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.5 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  35.5 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.54 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.54 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.5 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.5 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.5 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 292 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 293 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.95 
 
 		 299 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.95 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.16 
 
 		 300 aa  85.9  9e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 311 aa  85.5  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 321 aa  85.5  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2391  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0830106  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  37.69 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.8 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.8 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 319 aa  83.2  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  30 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.57 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  29.96 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 326 aa  82.4  0.000000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  29.29 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  23.69 
 
 		 289 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 332 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 306 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.06 
 
 		 292 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.99 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 336 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1907  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 289 aa  81.3  0.00000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.12 
 
 		 325 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  46.23 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  29.96 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  30.3 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.17 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.17 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>