More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0050 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0050  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
307 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0053  transcriptional regulator, LysR family  96.09 
 
 
307 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0160  transcription regulator protein  91.39 
 
 
308 aa  560  1.0000000000000001e-159  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.705877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 
311 aa  95.5  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
333 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.03 
 
 
299 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
299 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  35.03 
 
 
299 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.36 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
313 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  46.79 
 
 
328 aa  92  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.36 
 
 
299 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.36 
 
 
299 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 
292 aa  91.3  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.36 
 
 
299 aa  90.5  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.5 
 
 
300 aa  90.5  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
328 aa  90.5  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.34 
 
 
299 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 
304 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 
320 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
304 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40 
 
 
325 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  29.48 
 
 
323 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 
300 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 
323 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 
297 aa  87  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
297 aa  87  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 
336 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
298 aa  87  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 
291 aa  87  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.8 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.8 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.8 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 
297 aa  86.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 
297 aa  86.3  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
311 aa  86.3  6e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 
300 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  23.99 
 
 
300 aa  86.3  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0995  transcriptional regulator  29.47 
 
 
301 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.138768  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 
300 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.84 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 
292 aa  85.1  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
293 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.42 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.42 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.42 
 
 
298 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.63 
 
 
300 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 
303 aa  84.3  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.66 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.72 
 
 
300 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 
297 aa  84.3  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.66 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.02 
 
 
296 aa  84  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
293 aa  84.3  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 
316 aa  83.6  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
305 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.02 
 
 
296 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.47 
 
 
296 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
332 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 
319 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.26 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
297 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 
314 aa  83.2  0.000000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
317 aa  83.2  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
297 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.2 
 
 
325 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1183  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
303 aa  82.8  0.000000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
312 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
311 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 
300 aa  82  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 
309 aa  81.6  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 
294 aa  82  0.00000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
293 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2423  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.537567  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 
290 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
311 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
311 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.17 
 
 
292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00909  transcriptional regulator LysR family  31.64 
 
 
296 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0474149  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.36 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0974  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.561685  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.76 
 
 
295 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>