More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A2689 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_A2689  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 255 aa  513  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1133  catechol 2,3-dioxygenase  68.71 
 
 		 327 aa  225  6e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4677  catechol 2,3-dioxygenase  68.24 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6234  catechol 2,3-dioxygenase  70.95 
 
 		 318 aa  213  1.9999999999999998e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.716815  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  83.49 
 
 		 298 aa  178  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2373  LysR family transcriptional regulator  76.15 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.974047 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1156  LysR family transcriptional regulator  70.64 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.203658  normal  0.697323 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4688  LysR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 288 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1113  putative dioxygenase  43.02 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0615  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  45.45 
 
 		 309 aa  118  9e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  45.99 
 
 		 308 aa  106  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 294 aa  96.3  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 294 aa  95.9  6e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  43.8 
 
 		 294 aa  95.5  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  44.2 
 
 		 305 aa  95.5  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1277  LysR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 299 aa  95.5  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.927239  normal  0.188653 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  40.59 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3571  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 317 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.368621  normal  0.292883 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 316 aa  92  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  40.85 
 
 		 295 aa  92  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  39.41 
 
 		 301 aa  91.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 296 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  90.5  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  42.96 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 301 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 301 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 300 aa  90.1  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 299 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 299 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 299 aa  89.4  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 304 aa  89  7e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  42.65 
 
 		 293 aa  88.6  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 296 aa  88.6  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.26 
 
 		 302 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.46 
 
 		 300 aa  88.2  1e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 335 aa  87.8  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 309 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 303 aa  87.4  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 307 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 298 aa  86.3  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5584  putative metapyrocatechase (MPC) (CatO2ase) (catechol 2,3- dioxygenase)  40.94 
 
 		 297 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.932647  normal  0.332055 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  38.85 
 
 		 302 aa  86.7  4e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 399 aa  86.3  5e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5282  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  33.71 
 
 		 356 aa  85.5  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.91 
 
 		 318 aa  85.1  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0226  Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  38.69 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  41.91 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  41.91 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3572  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.439946  hitchhiker  0.00313021 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3000  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.53 
 
 		 400 aa  84.3  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5416  LysR family transcriptional regulator  42.34 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.454667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3527  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.55 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.610793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3669  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3852  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.463671  normal  0.50732 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4694  LysR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2204  transcriptional regulator, LysR family  38.69 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0659043  normal  0.113765 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2363  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4177  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0160681  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  44.34 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 296 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1921  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.166389  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  37.78 
 
 		 304 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5806  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  35.37 
 
 		 356 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000115423  hitchhiker  0.00371923 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1765  transcriptional regulator, LysR family  40.29 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.389128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.24 
 
 		 298 aa  82  0.000000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0406  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3324  LysR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0124664  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  43.93 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 303 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3532  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  34.69 
 
 		 356 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4306  glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase  39.37 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2440  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.407075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>