More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4841 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4841  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 
143 aa  288  1e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4051  putative PAS/PAC sensor protein  81.43 
 
 
142 aa  231  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.949542  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1206  PAS sensor protein  70.9 
 
 
149 aa  207  4e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.490223  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1366  putative PAS/PAC sensor protein  70.9 
 
 
149 aa  206  6e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1145  putative PAS/PAC sensor protein  69.4 
 
 
149 aa  204  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2802  putative PAS/PAC sensor protein  67.39 
 
 
152 aa  203  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.540476  normal  0.477024 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4662  PAS  65.47 
 
 
145 aa  202  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5581  putative PAS/PAC sensor protein  73.28 
 
 
157 aa  201  2e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.595222 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2761  putative PAS/PAC sensor protein  64.29 
 
 
143 aa  200  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3616  putative PAS/PAC sensor protein  64.75 
 
 
143 aa  198  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.62766  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6742  putative PAS/PAC sensor protein  65 
 
 
143 aa  197  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.63921  normal  0.585827 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4485  putative PAS/PAC sensor protein  64.29 
 
 
145 aa  196  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0488  putative PAS/PAC sensor protein  64.03 
 
 
148 aa  194  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0639  putative PAS/PAC sensor protein  60.87 
 
 
142 aa  189  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2500  putative PAS/PAC sensor protein  59.56 
 
 
143 aa  176  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0993  putative PAS/PAC sensor protein  52.9 
 
 
146 aa  160  5.0000000000000005e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3857  putative PAS/PAC sensor protein  55.73 
 
 
145 aa  157  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.759378  normal  0.914632 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0466  putative PAS/PAC sensor protein  51.52 
 
 
147 aa  151  2.9999999999999998e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.98341  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1781  putative PAS/PAC sensor protein  52.48 
 
 
144 aa  151  4e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.345246  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1710  putative PAS/PAC sensor protein  52.48 
 
 
144 aa  151  4e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.010044  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2168  putative PAS/PAC sensor protein  53.19 
 
 
144 aa  150  5e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.242596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0483  putative PAS/PAC sensor protein  50.76 
 
 
147 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000401014 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2133  putative PAS/PAC sensor protein  61.4 
 
 
141 aa  146  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.625741  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0298  putative PAS/PAC sensor protein  51.16 
 
 
149 aa  140  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.169835  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5550  putative PAS/PAC sensor protein  52.67 
 
 
141 aa  140  6e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3152  sensory box protein  50.76 
 
 
151 aa  140  7e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2658  putative PAS/PAC sensor protein  49.23 
 
 
145 aa  140  8e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3172  putative PAS/PAC sensor protein  50 
 
 
151 aa  138  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.920236  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1034  putative PAS/PAC sensor protein  45.86 
 
 
158 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0362  putative PAS/PAC sensor protein  53.6 
 
 
141 aa  137  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3701  putative PAS/PAC sensor protein  48.44 
 
 
145 aa  134  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0214  putative PAS/PAC sensor protein  46.56 
 
 
144 aa  131  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0282  transcriptional regulator  50.4 
 
 
141 aa  127  4.0000000000000003e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.283126  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1202  putative PAS/PAC sensor protein  44.62 
 
 
144 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1568  transcriptional regulator  42.15 
 
 
139 aa  103  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.683844  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1093  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
1721 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2007  putative PAS/PAC sensor protein  39.52 
 
 
692 aa  79  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.259838  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  31.06 
 
 
1589 aa  79  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3803  PAS  36.07 
 
 
143 aa  78.2  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051055 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3124  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.61 
 
 
1374 aa  77.4  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.957955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
458 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0825  signal transduction histidine kinase  43.4 
 
 
455 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.111815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 
1313 aa  75.1  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 
695 aa  72.8  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.554525  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0631  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
501 aa  72  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.22133  normal  0.283314 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0207  protein phosphatase 2C-like, stage II sporulation E  33.87 
 
 
684 aa  71.6  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.543577  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1533  sensory box protein  31.01 
 
 
965 aa  71.2  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.76081  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0150  putative PAS/PAC sensor protein  34.09 
 
 
1969 aa  70.9  0.000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6110  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 
513 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.09 
 
 
1248 aa  70.1  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2835  putative PAS/PAC sensor protein  29.85 
 
 
452 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0837096  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2370  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 
1433 aa  69.3  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5232  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
698 aa  70.1  0.00000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2666  signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 
446 aa  68.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.653198  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2228  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.81 
 
 
654 aa  68.2  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.728607  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  34.19 
 
 
732 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0678  two-component sensor histidine kinase  34.62 
 
 
460 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2366  two component sensor histidine kinase  31.3 
 
 
1154 aa  68.2  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0469089  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
398 aa  68.6  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0285  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
713 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1109  putative PAS/PAC sensor protein  34.88 
 
 
557 aa  67  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
368 aa  66.2  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4331  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 
921 aa  66.2  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.153837  normal  0.0586924 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0677  sensory box/GGDEF family protein  31.45 
 
 
947 aa  66.2  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000825914  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1729  signal transduction histidine kinase  34.15 
 
 
964 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0370864  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  37.93 
 
 
509 aa  66.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6199  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.04 
 
 
740 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2450  PAS sensor signal transduction histidine kinase  33.08 
 
 
499 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3548  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
1007 aa  66.2  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.508984  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2121  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
1171 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.48946  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0316  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
713 aa  66.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810499  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3031  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.23 
 
 
807 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.672924  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1577  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.5 
 
 
515 aa  65.1  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.441834  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3712  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
851 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.327076  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1907  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
494 aa  64.7  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3250  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.69 
 
 
1348 aa  64.7  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534329  normal  0.0270765 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2332  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  33.06 
 
 
960 aa  64.7  0.0000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.39 
 
 
654 aa  64.7  0.0000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4932  signal transduction histidine kinase  35.88 
 
 
907 aa  64.3  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.752686 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
1158 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2459  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 
514 aa  64.3  0.0000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.536831 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
608 aa  63.9  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.33 
 
 
2213 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2969  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
634 aa  63.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1538  putative PAS/PAC sensor protein  30.53 
 
 
495 aa  63.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
1329 aa  63.9  0.0000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4427  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
462 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1193  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  31.15 
 
 
857 aa  62.8  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146062  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1745  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
501 aa  63.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.216394  normal  0.830414 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4560  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
462 aa  62.8  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.140942  normal  0.159095 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0094  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
621 aa  63.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1688  PAS sensor protein  30 
 
 
823 aa  63.2  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
490 aa  63.5  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
739 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.500892  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3161  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
437 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.838045  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.28 
 
 
898 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.57 
 
 
648 aa  62.4  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.46 
 
 
1193 aa  62  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1029  Signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
511 aa  62  0.000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1715  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
573 aa  62  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000284252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>