More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3084 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  60.28 
 
 		 294 aa  323  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  51.76 
 
 		 293 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 293 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  252  6e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 		 295 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 292 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 300 aa  195  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  37.97 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  37.97 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  37.97 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 305 aa  192  5e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 299 aa  192  6e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  37.63 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  37.63 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  42.53 
 
 		 295 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.13 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  40.15 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.58 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 294 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.76 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 303 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 299 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.28 
 
 		 296 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 299 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 323 aa  165  9e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.87 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.87 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.87 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.87 
 
 		 294 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.5 
 
 		 294 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 295 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  38.28 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  39.4 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 290 aa  156  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  37.19 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  37.19 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 302 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.4 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 291 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 311 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 298 aa  155  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  36.16 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  37.69 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  38.76 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 290 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  34.84 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  34.84 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  34.84 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>