235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2956 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  100 
 
 
312 aa  614  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  96.79 
 
 
312 aa  591  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  87.18 
 
 
312 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  74.76 
 
 
312 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  69.23 
 
 
312 aa  421  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  64.04 
 
 
317 aa  396  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.17 
 
 
315 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.23 
 
 
312 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.23 
 
 
312 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  64.84 
 
 
312 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.9 
 
 
312 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  61.22 
 
 
313 aa  366  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.59 
 
 
327 aa  353  2e-96  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  58.79 
 
 
325 aa  324  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  57.23 
 
 
318 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  56.6 
 
 
318 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  56.6 
 
 
318 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  54.63 
 
 
312 aa  312  3.9999999999999997e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  36.99 
 
 
327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.27 
 
 
328 aa  162  6e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  32.09 
 
 
334 aa  158  1e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  36.08 
 
 
323 aa  157  2e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.63 
 
 
325 aa  155  1e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  31.17 
 
 
332 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.75 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.6 
 
 
334 aa  147  3e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.22 
 
 
334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.53 
 
 
334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  24.46 
 
 
340 aa  88.6  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  24.77 
 
 
340 aa  86.7  4e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  26.81 
 
 
329 aa  85.5  9e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.46 
 
 
340 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.15 
 
 
340 aa  83.6  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  24.15 
 
 
340 aa  82.4  0.000000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.15 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  25.7 
 
 
337 aa  77.8  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.22 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.63 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  23.27 
 
 
356 aa  72.8  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  25.7 
 
 
345 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  25.7 
 
 
345 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.05 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5642  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.93 
 
 
337 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.493922 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  24.85 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  23.53 
 
 
348 aa  68.6  0.0000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  25 
 
 
336 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.49 
 
 
319 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5128  zinc-binding dehydrogenase  25.96 
 
 
337 aa  67.8  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  26.09 
 
 
318 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0343  alcohol dehydrogenase  34.15 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472318 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3317  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.74 
 
 
338 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621516  hitchhiker  0.0000240679 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.86 
 
 
318 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0537  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.74 
 
 
325 aa  63.5  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00294504  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1540  alcohol dehydrogenase  24.58 
 
 
336 aa  62.8  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.931266 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  25.23 
 
 
345 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0614  alcohol dehydrogenase  22.62 
 
 
318 aa  62.8  0.000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0116847  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1421  alcohol dehydrogenase  24.04 
 
 
343 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0633  alcohol dehydrogenase  22.95 
 
 
317 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2432  alcohol dehydrogenase  28.96 
 
 
376 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.193672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  28.18 
 
 
346 aa  59.7  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6341  alcohol dehydrogenase  23.15 
 
 
336 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00479428  normal  0.719872 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  24.41 
 
 
338 aa  58.5  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  24.33 
 
 
338 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1260  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  24.28 
 
 
339 aa  58.2  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.785941  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0108  alcohol dehydrogenase  26.42 
 
 
338 aa  58.2  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.476377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2180  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  22.66 
 
 
327 aa  57.4  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3810  alcohol dehydrogenase  25.08 
 
 
348 aa  57  0.0000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0863215  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1736  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  25.23 
 
 
349 aa  57  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  24.12 
 
 
341 aa  57  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1581  alcohol dehydrogenase  29.81 
 
 
345 aa  56.6  0.0000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0619  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.05 
 
 
339 aa  56.2  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4598  putative dehydrogenase  24.57 
 
 
343 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5131  putative dehydrogenase  24.57 
 
 
343 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.869856  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1249  alcohol dehydrogenase  22.47 
 
 
335 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257646  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  21.38 
 
 
337 aa  55.5  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2713  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.44 
 
 
333 aa  55.5  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2173  alcohol dehydrogenase  27.95 
 
 
315 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0299508  decreased coverage  0.00992206 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  26.61 
 
 
343 aa  54.3  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  25.8 
 
 
348 aa  54.7  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0521  putative Zn-containing dehydrogenase  29.76 
 
 
332 aa  54.3  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1727  zinc-binding dehydrogenase  23.28 
 
 
352 aa  53.9  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0598  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.71 
 
 
314 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.122264  normal  0.243738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1044  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  24.29 
 
 
335 aa  53.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3328  hypothetical protein  26.37 
 
 
338 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.463233 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1223  alcohol dehydrogenase  22.15 
 
 
335 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135954  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0639  alcohol dehydrogenase  27.47 
 
 
322 aa  53.5  0.000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000239851  hitchhiker  0.000149204 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2739  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.53 
 
 
337 aa  53.5  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.112956  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0148  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.05 
 
 
338 aa  53.1  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0329198 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5476  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.67 
 
 
335 aa  53.1  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0429  alcohol dehydrogenase  28.21 
 
 
336 aa  53.1  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0511556  normal  0.882763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10900  putative alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)  29.25 
 
 
352 aa  52.8  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.867442  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0577  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.5 
 
 
342 aa  52.8  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.105265  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3236  alcohol dehydrogenase  27.88 
 
 
311 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43636  predicted protein  30 
 
 
433 aa  51.6  0.00002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1545  alcohol dehydrogenase  25.19 
 
 
322 aa  51.2  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0146504 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>