More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01198 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01198  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 229 aa  478  1e-134  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  45.37 
 
 		 230 aa  208  5e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4353  CRP/FNR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1092  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.35 
 
 		 234 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0027  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 237 aa  156  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7045  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.98 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.601598  normal  0.0108856 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0747  transcriptional regulator, putative  36.74 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.59923  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2266  transcriptional regulator, putative  34.84 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.578468  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1089  cyclic nucleotide-binding protein  34.84 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.30583  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0938  cyclic nucleotide-binding protein  34.84 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.914927  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0934  cyclic nucleotide-binding  34.84 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.059861  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2143  putative transcriptional regulator  34.84 
 
 		 251 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3511  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 233 aa  145  3e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2565  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 235 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0695171  normal  0.0307054 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4617  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.32 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4483  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.32 
 
 		 243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.183908 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03580  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000980911  hitchhiker  0.0000000000977836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0351  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 228 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1929  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.589711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2541  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000812643  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5872  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 235 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142608  normal  0.264846 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4994  cyclic nucleotide-binding protein  32.85 
 
 		 247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.103725  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1943  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.58 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1779  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.72161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4045  GntR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 260 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.385107  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0199  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 227 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01902  putative transcription regulator protein  34.42 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.980965  normal  0.145891 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3326  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2630  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.63 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00642792  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2665  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 239 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0675619  normal  0.290328 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1951  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 234 aa  124  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.1084 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2959  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 241 aa  121  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3075  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 239 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.193734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1913  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 241 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.205993  normal  0.953786 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4308  cyclic nucleotide-binding protein  28.44 
 
 		 239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0411784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0775  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 237 aa  118  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3287  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 239 aa  118  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.370075  normal  0.683237 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0894  cyclic nucleotide-binding  30.05 
 
 		 226 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4881  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 278 aa  115  7.999999999999999e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.484233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.22 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.77 
 
 		 226 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.32 
 
 		 242 aa  108  8.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0435  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.376669 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3129  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.8 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0256895  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  28.19 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.05 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  27.6 
 
 		 226 aa  102  5e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2085  cyclic nucleotide binding protein  25.93 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0893  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 226 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3095  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.52 
 
 		 220 aa  101  8e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000148221 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.87 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5745  transcriptional regulator  28.24 
 
 		 243 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.810963  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2074  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.63 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 236 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  30.32 
 
 		 225 aa  99.8  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0324  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 226 aa  99  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.105795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3032  Crp family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 224 aa  98.2  9e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0461942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003082  transcriptional regulator Crp/Fnr family  27.68 
 
 		 231 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00863529  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.24 
 
 		 224 aa  97.1  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 225 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.7 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4322  cyclic nucleotide-binding  30.18 
 
 		 225 aa  95.5  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0230513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2102  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 227 aa  95.5  6e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1005  cyclic nucleotide-binding  29.19 
 
 		 226 aa  95.5  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184599  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.15 
 
 		 225 aa  95.1  8e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4762  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 225 aa  94.7  9e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.900483  hitchhiker  0.0000929699 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3062  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.67 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  26.7 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4858  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.748285 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.15 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3781  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.41 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0723  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.362046  normal  0.190371 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0559  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 225 aa  92.4  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338488  normal  0.42035 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.32 
 
 		 224 aa  92.4  5e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3408  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.71 
 
 		 243 aa  91.7  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.258046 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  26.82 
 
 		 224 aa  91.3  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0505  cyclic nucleotide-binding protein  27.6 
 
 		 224 aa  90.9  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.287437  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.51 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  28.3 
 
 		 239 aa  89.4  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5205  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.703662  hitchhiker  0.000819508 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4818  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4904  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385516 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 224 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.85 
 
 		 251 aa  89.4  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.37 
 
 		 225 aa  89  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1803  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 249 aa  89  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0808632  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 224 aa  88.6  7e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4596  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.86 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.73 
 
 		 224 aa  87.8  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  27.15 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.53 
 
 		 224 aa  87  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0718  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.89 
 
 		 224 aa  87.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 224 aa  86.3  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>