More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3193 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 268 aa  525  1e-148  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 		 248 aa  319  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64 
 
 		 248 aa  313  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  68.67 
 
 		 250 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.8 
 
 		 249 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 		 250 aa  299  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  59.11 
 
 		 248 aa  292  4e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.8 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 		 248 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 		 248 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 		 250 aa  284  8e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.8 
 
 		 247 aa  279  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 		 248 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  57.2 
 
 		 248 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 		 250 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  58.06 
 
 		 248 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  56.8 
 
 		 248 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.54 
 
 		 251 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  54.84 
 
 		 253 aa  270  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.64 
 
 		 248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 		 247 aa  269  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 		 247 aa  268  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  58.47 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  52.8 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.8 
 
 		 248 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.02 
 
 		 265 aa  259  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  53.23 
 
 		 248 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  59.2 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 		 248 aa  255  5e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 		 247 aa  254  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  51.82 
 
 		 247 aa  254  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.38 
 
 		 248 aa  254  9e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.99 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  56.22 
 
 		 248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  57.26 
 
 		 253 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  56.85 
 
 		 253 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 		 248 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 		 247 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  51.42 
 
 		 247 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  51.42 
 
 		 247 aa  251  7e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  51.42 
 
 		 247 aa  251  7e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  51.42 
 
 		 247 aa  251  7e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  56 
 
 		 253 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 		 249 aa  250  2e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  56 
 
 		 253 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.22 
 
 		 246 aa  249  3e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  56.45 
 
 		 253 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  54.8 
 
 		 248 aa  248  5e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  56.45 
 
 		 253 aa  248  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  57.66 
 
 		 253 aa  248  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  51.01 
 
 		 247 aa  248  9e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  49.43 
 
 		 258 aa  247  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  58.06 
 
 		 261 aa  246  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 		 245 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 		 248 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  49.8 
 
 		 250 aa  244  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 		 249 aa  243  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  50 
 
 		 250 aa  243  3e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 		 253 aa  242  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.2 
 
 		 253 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 271 aa  234  9e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  50.2 
 
 		 253 aa  231  6e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  55.24 
 
 		 248 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  54.84 
 
 		 248 aa  230  2e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.63 
 
 		 242 aa  224  9e-58  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  46.83 
 
 		 243 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 		 244 aa  221  9.999999999999999e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  55.24 
 
 		 247 aa  218  8.999999999999998e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  45.2 
 
 		 243 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 		 242 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 242 aa  210  2e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 		 250 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.41 
 
 		 252 aa  205  6e-52  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 		 245 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.38 
 
 		 245 aa  166  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 		 251 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.6 
 
 		 260 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.69 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00973208  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.76 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 		 248 aa  150  3e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 249 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 		 253 aa  143  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.87 
 
 		 249 aa  143  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2935  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 254 aa  142  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  36.5 
 
 		 268 aa  142  4e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.86 
 
 		 250 aa  140  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3100  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.012371 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1043  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.07 
 
 		 247 aa  140  3e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00108019  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 		 246 aa  140  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>