More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3141 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 248 aa  496  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  63.71 
 
 		 248 aa  329  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.41 
 
 		 247 aa  326  2.0000000000000001e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  63.31 
 
 		 248 aa  324  8.000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.71 
 
 		 248 aa  313  1.9999999999999998e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 		 248 aa  311  9e-84  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  60.08 
 
 		 248 aa  310  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 		 248 aa  310  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.92 
 
 		 248 aa  305  4.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.52 
 
 		 248 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  299  3e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 		 247 aa  299  4e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  59.18 
 
 		 247 aa  299  4e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  297  1e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  59.59 
 
 		 247 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  57.66 
 
 		 248 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  59.59 
 
 		 247 aa  296  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  59.59 
 
 		 247 aa  296  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  59.59 
 
 		 247 aa  296  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 		 251 aa  296  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 		 249 aa  295  3e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 		 248 aa  295  4e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 		 248 aa  295  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.26 
 
 		 248 aa  294  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 		 247 aa  295  7e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  58.78 
 
 		 258 aa  293  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 		 249 aa  292  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  59.18 
 
 		 247 aa  292  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  55.92 
 
 		 250 aa  291  9e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  55.92 
 
 		 250 aa  289  3e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.57 
 
 		 248 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  57.72 
 
 		 248 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.44 
 
 		 248 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 		 250 aa  280  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.24 
 
 		 248 aa  281  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 		 246 aa  276  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.72 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 		 244 aa  275  4e-73  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 249 aa  275  5e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 		 248 aa  274  9e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 		 245 aa  271  7e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 		 248 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  55.1 
 
 		 253 aa  268  4e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 253 aa  268  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  54.44 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  56.8 
 
 		 250 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  52.02 
 
 		 248 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  55.1 
 
 		 253 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  53.04 
 
 		 243 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 		 250 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  51.61 
 
 		 248 aa  261  6e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  54.66 
 
 		 253 aa  259  3e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  53.23 
 
 		 248 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 		 268 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 		 265 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  55.69 
 
 		 261 aa  256  3e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  54.66 
 
 		 253 aa  255  4e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 250 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  54.84 
 
 		 248 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  54.84 
 
 		 248 aa  252  3e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 		 247 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  245  6e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  245  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  55.47 
 
 		 252 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.03 
 
 		 247 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  55.06 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  50.81 
 
 		 248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  56.15 
 
 		 247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.78 
 
 		 242 aa  227  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 		 250 aa  226  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 		 245 aa  223  3e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 		 252 aa  208  8e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 		 242 aa  204  8e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.56 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 		 251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 		 237 aa  172  5e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00973208  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 		 260 aa  171  6.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 251 aa  171  9e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 254 aa  168  9e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 249 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 		 250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 		 246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.91 
 
 		 247 aa  161  9e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 249 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  41.39 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 		 261 aa  157  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>