More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1222 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 247 aa  480  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.23 
 
 		 248 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.38 
 
 		 248 aa  292  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 		 249 aa  288  6e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 		 250 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  61.79 
 
 		 250 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.1 
 
 		 248 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.47 
 
 		 248 aa  260  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.28 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.35 
 
 		 247 aa  259  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 		 248 aa  258  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.4 
 
 		 268 aa  257  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.41 
 
 		 250 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  55.69 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 		 248 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  57.2 
 
 		 248 aa  250  1e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  54.47 
 
 		 248 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.38 
 
 		 250 aa  250  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 		 248 aa  249  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  51.85 
 
 		 248 aa  245  4e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.85 
 
 		 265 aa  244  8e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 		 248 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 		 249 aa  241  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 		 247 aa  241  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  49.8 
 
 		 247 aa  241  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  55.06 
 
 		 248 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  49.39 
 
 		 247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  49.39 
 
 		 247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  49.39 
 
 		 247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  49.39 
 
 		 247 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 		 247 aa  239  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 		 248 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  55.74 
 
 		 248 aa  237  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 		 248 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 		 248 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  48.99 
 
 		 247 aa  235  4e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 		 251 aa  235  4e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  49.79 
 
 		 258 aa  234  9e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  55.51 
 
 		 248 aa  234  9e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  49.59 
 
 		 250 aa  233  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  49.17 
 
 		 250 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 		 245 aa  232  3e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 		 248 aa  232  5e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 		 246 aa  230  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.33 
 
 		 248 aa  230  1e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 		 249 aa  228  6e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  53.25 
 
 		 248 aa  227  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  52.85 
 
 		 248 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.41 
 
 		 253 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.18 
 
 		 253 aa  219  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  54.1 
 
 		 253 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  53.69 
 
 		 253 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  53.25 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  53.25 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  54.69 
 
 		 253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  54.51 
 
 		 261 aa  215  4e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  50.82 
 
 		 253 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  49.18 
 
 		 253 aa  215  5.9999999999999996e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  54.1 
 
 		 253 aa  215  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 250 aa  214  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  52.87 
 
 		 253 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 		 247 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  52.03 
 
 		 248 aa  208  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  52.03 
 
 		 248 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  49.39 
 
 		 247 aa  205  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  45.49 
 
 		 243 aa  204  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  44.94 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 		 242 aa  201  7e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  53.66 
 
 		 252 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  53.66 
 
 		 252 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  53.75 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  53.75 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  53.75 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  53.75 
 
 		 252 aa  199  3e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  53.36 
 
 		 271 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.98 
 
 		 244 aa  196  3e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 		 242 aa  193  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 		 252 aa  189  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 		 245 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.74 
 
 		 251 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 		 245 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.18 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00973208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 		 252 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 		 255 aa  141  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0228145  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1756  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 		 253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.033772  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 249 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 		 252 aa  138  7e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 		 249 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19840  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  40.32 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 		 247 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 		 285 aa  135  8e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 		 260 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>