More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_0254 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  488  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  99.19 
 
 
248 aa  484  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.3 
 
 
249 aa  360  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.97 
 
 
248 aa  354  5.999999999999999e-97  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.76 
 
 
248 aa  338  4e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.13 
 
 
248 aa  323  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  62.9 
 
 
248 aa  317  1e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  62.5 
 
 
248 aa  316  3e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.89 
 
 
248 aa  305  6e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  60.08 
 
 
248 aa  300  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.31 
 
 
247 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  59.27 
 
 
248 aa  299  3e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 
248 aa  297  9e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  64.92 
 
 
248 aa  297  9e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  60.48 
 
 
248 aa  296  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
250 aa  295  6e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  60.48 
 
 
248 aa  293  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 
248 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 
248 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.68 
 
 
248 aa  292  3e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  57.89 
 
 
248 aa  291  5e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  61.79 
 
 
253 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  61.79 
 
 
253 aa  291  7e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.79 
 
 
248 aa  291  8e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.47 
 
 
248 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.73 
 
 
248 aa  290  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  61.79 
 
 
253 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  60 
 
 
250 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  57.26 
 
 
248 aa  288  6e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
248 aa  287  1e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  61.38 
 
 
253 aa  287  1e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  62.2 
 
 
253 aa  287  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
248 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
253 aa  286  2e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  62.6 
 
 
253 aa  285  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  56.73 
 
 
250 aa  285  5.999999999999999e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 
247 aa  283  1.0000000000000001e-75  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.31 
 
 
246 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.57 
 
 
250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
248 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.38 
 
 
250 aa  280  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 
251 aa  280  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  55.92 
 
 
250 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  60.16 
 
 
261 aa  277  1e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.8 
 
 
268 aa  277  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
247 aa  276  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  55.51 
 
 
247 aa  276  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 
248 aa  274  8e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  54.69 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  57.26 
 
 
248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  54.69 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  54.69 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  54.69 
 
 
247 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.25 
 
 
249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.04 
 
 
245 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  60.89 
 
 
248 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  60.89 
 
 
248 aa  271  7e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  55.1 
 
 
258 aa  270  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.69 
 
 
247 aa  270  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  54.29 
 
 
247 aa  268  4e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  60.25 
 
 
247 aa  267  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
271 aa  265  7e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  264  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 
252 aa  263  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  53.23 
 
 
243 aa  262  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.43 
 
 
247 aa  257  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.17 
 
 
265 aa  256  2e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  51.82 
 
 
243 aa  256  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  52.23 
 
 
253 aa  255  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.24 
 
 
249 aa  254  9e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 
244 aa  248  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
253 aa  248  7e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  51.02 
 
 
253 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  50.61 
 
 
253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
242 aa  238  5.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.98 
 
 
250 aa  213  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.21 
 
 
245 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
242 aa  199  3.9999999999999996e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
252 aa  194  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
242 aa  185  5e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
245 aa  174  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
251 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
249 aa  168  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.508042  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
249 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.46 
 
 
247 aa  161  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
246 aa  160  2e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
246 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
260 aa  158  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
254 aa  158  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
251 aa  158  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
246 aa  158  9e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
262 aa  158  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  37.8 
 
 
261 aa  157  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
251 aa  157  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>