More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3323 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  100 
 
 		 247 aa  502  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  99.6 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  99.6 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  99.6 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  99.6 
 
 		 247 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.98 
 
 		 247 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  97.98 
 
 		 247 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  79.76 
 
 		 258 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  73.88 
 
 		 248 aa  370  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.12 
 
 		 248 aa  336  1.9999999999999998e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.49 
 
 		 249 aa  322  5e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.9 
 
 		 248 aa  321  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  61.07 
 
 		 250 aa  312  2.9999999999999996e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  60 
 
 		 248 aa  304  8.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  59.18 
 
 		 248 aa  298  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  58.61 
 
 		 250 aa  298  7e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.51 
 
 		 247 aa  294  8e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 		 248 aa  292  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 		 249 aa  292  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  60.41 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 		 248 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  59.02 
 
 		 243 aa  284  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 		 251 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  59.18 
 
 		 248 aa  277  9e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 		 248 aa  276  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.92 
 
 		 249 aa  276  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.47 
 
 		 248 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 248 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  53.47 
 
 		 248 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 		 248 aa  271  7e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  53.47 
 
 		 248 aa  269  4e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 		 248 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  53.5 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  53.5 
 
 		 248 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  55.1 
 
 		 250 aa  265  5e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  53.09 
 
 		 261 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  52.26 
 
 		 253 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  52.67 
 
 		 248 aa  262  4e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 248 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  51.43 
 
 		 253 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  51.43 
 
 		 253 aa  261  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  52.67 
 
 		 253 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  51.84 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.29 
 
 		 248 aa  259  2e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  51.44 
 
 		 253 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 247 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  51.44 
 
 		 253 aa  258  6e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.09 
 
 		 253 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  53.5 
 
 		 253 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  52.67 
 
 		 253 aa  257  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 		 248 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 		 248 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.06 
 
 		 250 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  52.65 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.96 
 
 		 245 aa  255  6e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 271 aa  241  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 		 247 aa  241  7e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  52.24 
 
 		 252 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 250 aa  241  7.999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.63 
 
 		 242 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.23 
 
 		 246 aa  240  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 		 250 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  53.91 
 
 		 248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  53.91 
 
 		 248 aa  238  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  54.25 
 
 		 247 aa  236  2e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.38 
 
 		 265 aa  233  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 		 268 aa  231  8.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 		 247 aa  227  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 		 244 aa  225  5.0000000000000005e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 		 252 aa  209  4e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.74 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 		 250 aa  195  4.0000000000000005e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 		 242 aa  193  2e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 		 242 aa  178  7e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 		 251 aa  176  3e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 246 aa  162  7e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.98 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  38.96 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.8 
 
 		 246 aa  159  3e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1614  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.98 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0547221  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  40.98 
 
 		 250 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0562  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.74 
 
 		 247 aa  158  6e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 		 247 aa  158  7e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 		 246 aa  158  8e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1043  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 		 247 aa  158  9e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00108019  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.95 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2428  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 		 285 aa  156  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441007 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.75 
 
 		 246 aa  156  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>