More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4932 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 248 aa  487  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.42 
 
 		 248 aa  382  1e-105  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.49 
 
 		 249 aa  339  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  69.6 
 
 		 250 aa  329  2e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.76 
 
 		 248 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.55 
 
 		 248 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.95 
 
 		 248 aa  323  1e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  65.32 
 
 		 248 aa  322  2e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  64.78 
 
 		 248 aa  320  9.999999999999999e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.9 
 
 		 250 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.34 
 
 		 247 aa  316  3e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  64.11 
 
 		 248 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.4 
 
 		 251 aa  311  6.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.59 
 
 		 248 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.85 
 
 		 248 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 		 250 aa  300  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 		 248 aa  298  4e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.37 
 
 		 248 aa  298  4e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 		 250 aa  298  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  60.08 
 
 		 248 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 		 268 aa  298  8e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  58.87 
 
 		 248 aa  296  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 		 247 aa  293  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  59.18 
 
 		 247 aa  293  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  63.71 
 
 		 248 aa  293  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  59.68 
 
 		 248 aa  293  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.56 
 
 		 246 aa  292  4e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.59 
 
 		 248 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 		 248 aa  291  5e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  58.78 
 
 		 247 aa  291  8e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  58.78 
 
 		 247 aa  291  8e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  58.78 
 
 		 247 aa  291  8e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  58.78 
 
 		 247 aa  291  8e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.13 
 
 		 247 aa  290  1e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.23 
 
 		 247 aa  288  6e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  58.37 
 
 		 247 aa  286  2e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  58.06 
 
 		 248 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  284  8e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  61.38 
 
 		 253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  55.92 
 
 		 250 aa  282  3.0000000000000004e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 		 249 aa  282  4.0000000000000003e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  58.87 
 
 		 248 aa  281  5.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  57.14 
 
 		 258 aa  281  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 		 253 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  60.98 
 
 		 253 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  56.45 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 253 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  59.68 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 253 aa  279  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 261 aa  278  7e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 253 aa  278  7e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.85 
 
 		 248 aa  278  8e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 253 aa  278  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.65 
 
 		 248 aa  277  9e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  54.69 
 
 		 250 aa  271  8.000000000000001e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 		 265 aa  270  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  56.28 
 
 		 253 aa  269  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 		 253 aa  267  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.22 
 
 		 245 aa  266  2e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 249 aa  263  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  52.82 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 271 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  60.57 
 
 		 252 aa  262  4e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.88 
 
 		 253 aa  258  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  52.23 
 
 		 243 aa  256  2e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  53.88 
 
 		 253 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  56.85 
 
 		 248 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  56.85 
 
 		 248 aa  253  3e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 		 247 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  58.61 
 
 		 247 aa  248  5e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 		 242 aa  238  5.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 		 250 aa  228  8e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.82 
 
 		 244 aa  221  6e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.39 
 
 		 242 aa  215  5e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 		 242 aa  203  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 		 245 aa  202  5e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 245 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 		 251 aa  169  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 		 260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.673066  normal  0.302564 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 		 249 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 		 252 aa  159  4e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.39 
 
 		 237 aa  158  7e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00973208  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.606354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 		 285 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217132 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1720  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.033772  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 		 262 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 254 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.188133 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 		 253 aa  152  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1428  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 		 247 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.36 
 
 		 295 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 		 246 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>