More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3547 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 		 248 aa  497  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.39 
 
 		 248 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  93.55 
 
 		 248 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.73 
 
 		 248 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.84 
 
 		 248 aa  413  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  76.61 
 
 		 248 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.42 
 
 		 248 aa  382  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  58.06 
 
 		 248 aa  293  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 		 248 aa  292  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 		 248 aa  291  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  57.26 
 
 		 248 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  56.85 
 
 		 248 aa  290  1e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  288  8e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  56.97 
 
 		 250 aa  286  2e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.06 
 
 		 248 aa  285  5e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.05 
 
 		 248 aa  280  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 247 aa  278  5e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  55.33 
 
 		 250 aa  278  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  53.88 
 
 		 247 aa  278  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.47 
 
 		 248 aa  278  8e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 		 249 aa  276  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  53.88 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  53.88 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  53.88 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  53.88 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 		 247 aa  276  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  53.47 
 
 		 258 aa  274  8e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.66 
 
 		 248 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 		 249 aa  273  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  57.26 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  53.47 
 
 		 247 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  53.04 
 
 		 248 aa  270  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.06 
 
 		 249 aa  270  2e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.88 
 
 		 253 aa  268  7e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 		 248 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 245 aa  265  5e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.47 
 
 		 253 aa  263  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 		 250 aa  263  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 		 248 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  53.88 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.03 
 
 		 247 aa  263  3e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 		 248 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  55.2 
 
 		 250 aa  259  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  53.23 
 
 		 243 aa  258  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.47 
 
 		 246 aa  256  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  54.03 
 
 		 248 aa  256  3e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.84 
 
 		 244 aa  256  3e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  52.87 
 
 		 253 aa  255  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 		 248 aa  255  4e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  51.82 
 
 		 243 aa  253  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  56.97 
 
 		 261 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 		 250 aa  251  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 		 247 aa  246  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  53.04 
 
 		 253 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  53.04 
 
 		 253 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  53.44 
 
 		 253 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  53.04 
 
 		 253 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  53.69 
 
 		 253 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  54.51 
 
 		 253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  53.28 
 
 		 253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  50 
 
 		 248 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.4 
 
 		 265 aa  237  1e-61  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.84 
 
 		 250 aa  237  1e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  49.6 
 
 		 248 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  52.02 
 
 		 248 aa  234  7e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 271 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 		 247 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  56.28 
 
 		 252 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  51.61 
 
 		 248 aa  233  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  53.69 
 
 		 247 aa  231  6e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.99 
 
 		 268 aa  229  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 242 aa  229  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  49.19 
 
 		 248 aa  227  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 		 250 aa  226  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 		 242 aa  210  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.97 
 
 		 252 aa  202  6e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 		 245 aa  188  5.999999999999999e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 		 245 aa  188  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 		 251 aa  179  2.9999999999999997e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.21 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 		 252 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.8 
 
 		 247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 253 aa  156  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.39 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00973208  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.1 
 
 		 247 aa  152  5.9999999999999996e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 		 246 aa  152  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 237 aa  150  2e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  36.33 
 
 		 261 aa  149  3e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 283 aa  149  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 242 aa  149  6e-35  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 		 292 aa  148  8e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.907948  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.18 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 		 248 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>