More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0275 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 248 aa  490  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.464003 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.94 
 
 		 248 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00539118  normal  0.224466 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0397  oxidoreductase  87.1 
 
 		 248 aa  437  9.999999999999999e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.290459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0181  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  89.52 
 
 		 248 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.48 
 
 		 248 aa  411  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 		 248 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0908582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4932  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.59 
 
 		 248 aa  320  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.124334  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.98 
 
 		 248 aa  305  6e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.63 
 
 		 247 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.139142  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.97 
 
 		 251 aa  301  5.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.338351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2004  short chain dehydrogenase  62.04 
 
 		 248 aa  300  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.108608  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0254  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.94 
 
 		 248 aa  298  6e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.818245  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23650  short chain dehydrogenase  62.04 
 
 		 248 aa  295  7e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0188614 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0259  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.13 
 
 		 248 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00759419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  58.54 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  57.72 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 		 250 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.711404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2504  glucose-1-dehydrogenase  58.54 
 
 		 248 aa  287  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0324854 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.23 
 
 		 249 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 		 248 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.69 
 
 		 247 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0807  hypothetical protein  54.69 
 
 		 247 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.540927  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02734  predicted NAD(P)-binding oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  55.1 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3061  hypothetical protein  55.1 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02697  hypothetical protein  55.1 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3229  hypothetical protein  55.1 
 
 		 247 aa  280  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.1 
 
 		 250 aa  280  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2526  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.87 
 
 		 248 aa  279  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.82 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0185509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3323  hypothetical protein  54.69 
 
 		 247 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3909  hypothetical protein  53.66 
 
 		 248 aa  274  8e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2376  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.66 
 
 		 248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.985794 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.04 
 
 		 268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00171075 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3547  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.66 
 
 		 248 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.765075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1663  glucose-1-dehydrogenase  58.13 
 
 		 253 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2275  glucose-1-dehydrogenase  58.13 
 
 		 253 aa  270  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2298  glucose-1-dehydrogenase  57.72 
 
 		 253 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 		 246 aa  270  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.185736  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  57.6 
 
 		 253 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3521  oxidoreductase  53.63 
 
 		 253 aa  269  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3321  hypothetical protein  52.65 
 
 		 258 aa  268  4e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.25 
 
 		 248 aa  269  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.858408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3527  oxidoreductase  56.68 
 
 		 250 aa  269  4e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.221269 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2313  glucose-1-dehydrogenase  56.8 
 
 		 253 aa  268  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3141  short chain dehydrogenase  58.54 
 
 		 248 aa  268  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167044  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0752  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.994157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5602  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 253 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.853929 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1035  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 261 aa  263  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 		 248 aa  262  4e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0371739 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  55.69 
 
 		 248 aa  260  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1409  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 		 249 aa  259  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.59 
 
 		 245 aa  259  3e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2758  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  52.23 
 
 		 248 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0263508  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.82 
 
 		 248 aa  258  7e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00045551 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1482  glucose 1-dehydrogenase  52.65 
 
 		 250 aa  258  8e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.350696  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.6 
 
 		 265 aa  257  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0396102  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.61 
 
 		 247 aa  256  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2487  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.42 
 
 		 248 aa  254  9e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0147298  normal  0.672807 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2772  glucose-1-dehydrogenase  55.28 
 
 		 248 aa  252  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2158  glucose 1-dehydrogenase  50.4 
 
 		 250 aa  252  5.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2368  glucose-1-dehydrogenase  55.28 
 
 		 248 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.445485  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06849  hypothetical protein  50.61 
 
 		 243 aa  247  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000874  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  49.8 
 
 		 243 aa  246  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 		 242 aa  244  6.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 		 253 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1408  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 271 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1270  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.151441  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1263  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.859357  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1859  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0386  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1103  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0763  glucose-1-dehydrogenase  56.91 
 
 		 252 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1253  glucose-1-dehydrogenase  56.15 
 
 		 247 aa  240  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.292515  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2688  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.2 
 
 		 253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00737527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0012  putative short-chain dehydrogenase  50.2 
 
 		 253 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891592 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 		 244 aa  236  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.195415  normal  0.0676561 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.74 
 
 		 247 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.88009  normal  0.487287 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.99 
 
 		 249 aa  235  6e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3776  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 		 245 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0883796 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 250 aa  208  5e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580093  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 		 242 aa  186  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00699657 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 		 245 aa  185  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.344102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 242 aa  182  4.0000000000000006e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0860852  normal  0.421105 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 		 251 aa  182  5.0000000000000004e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0871917  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  43.37 
 
 		 261 aa  170  2e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1661  glucose 1-dehydrogenase  40.24 
 
 		 268 aa  167  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218295  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 		 272 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.178031  hitchhiker  0.00135629 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 295 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0346785  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0368  glucose-1-dehydrogenase  44.18 
 
 		 261 aa  162  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0342914  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 		 249 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 251 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.755812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4828  glucose-1-dehydrogenase  43.09 
 
 		 261 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  42.68 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4466  glucose-1-dehydrogenase  42.28 
 
 		 261 aa  159  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 		 295 aa  159  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.546475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4448  glucose-1-dehydrogenase  42.28 
 
 		 261 aa  159  5e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4547  glucose-1-dehydrogenase  42.68 
 
 		 261 aa  158  6e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4852  glucose-1-dehydrogenase  42.68 
 
 		 261 aa  158  9e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>