More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1670 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  100 
 
 		 287 aa  551  1e-156  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  61.21 
 
 		 289 aa  310  1e-83  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 290 aa  199  3.9999999999999996e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  46.98 
 
 		 285 aa  179  4e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 319 aa  178  9e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  38.85 
 
 		 294 aa  172  5e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 294 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 343 aa  151  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 297 aa  147  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 307 aa  123  3e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  36.16 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 294 aa  119  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 299 aa  119  7.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  27.41 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  26.64 
 
 		 289 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 297 aa  114  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  32.64 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  27.64 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.28 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 324 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5983  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.95489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 293 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.98 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  32.11 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  32.11 
 
 		 324 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6279  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 302 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  30.49 
 
 		 324 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 307 aa  109  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.78 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 290 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.83 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  31.3 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>