More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1272 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
434 aa  874    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  64.77 
 
 
445 aa  560  1e-158  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  64.77 
 
 
445 aa  560  1e-158  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  64.77 
 
 
445 aa  560  1e-158  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63 
 
 
449 aa  546  1e-154  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.03 
 
 
442 aa  532  1e-150  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.32 
 
 
421 aa  423  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.66 
 
 
459 aa  423  1e-117  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.87 
 
 
454 aa  421  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.67 
 
 
453 aa  392  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49 
 
 
450 aa  384  1e-105  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.21 
 
 
457 aa  382  1e-105  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
451 aa  370  1e-101  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.91 
 
 
450 aa  345  8e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.42 
 
 
497 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.9 
 
 
475 aa  300  3e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.64 
 
 
409 aa  296  6e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37 
 
 
481 aa  293  3e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
481 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.16 
 
 
487 aa  287  2e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.48 
 
 
468 aa  286  4e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.57 
 
 
456 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.31 
 
 
474 aa  284  2.0000000000000002e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.26 
 
 
466 aa  280  5e-74  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.79 
 
 
474 aa  280  5e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.53 
 
 
470 aa  277  3e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.7 
 
 
438 aa  275  8e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.6 
 
 
431 aa  275  9e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  38.31 
 
 
514 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.09 
 
 
463 aa  273  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.27 
 
 
491 aa  272  7e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  35.9 
 
 
471 aa  272  8.000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.14 
 
 
442 aa  272  8.000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.45 
 
 
475 aa  272  9e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.32 
 
 
471 aa  271  1e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.31 
 
 
434 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.19 
 
 
473 aa  269  7e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  33.41 
 
 
434 aa  268  1e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.26 
 
 
479 aa  268  1e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.61 
 
 
479 aa  267  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.79 
 
 
469 aa  267  2e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.34 
 
 
467 aa  268  2e-70  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.1 
 
 
434 aa  268  2e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.4 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.97 
 
 
476 aa  266  8e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.98 
 
 
473 aa  265  8.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.34 
 
 
479 aa  265  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.71 
 
 
481 aa  264  2e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.77 
 
 
473 aa  263  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.77 
 
 
473 aa  263  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.13 
 
 
473 aa  262  8e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.4 
 
 
476 aa  262  8e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.33 
 
 
476 aa  261  1e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.54 
 
 
476 aa  261  2e-68  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.91 
 
 
476 aa  261  2e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.4 
 
 
469 aa  261  2e-68  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.34 
 
 
476 aa  260  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.19 
 
 
476 aa  260  4e-68  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.75 
 
 
476 aa  259  7e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.7 
 
 
476 aa  259  9e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.08 
 
 
462 aa  258  1e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.08 
 
 
483 aa  257  3e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.07 
 
 
483 aa  256  5e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.79 
 
 
482 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.88 
 
 
472 aa  256  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.88 
 
 
472 aa  256  7e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.71 
 
 
472 aa  255  9e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  35.71 
 
 
473 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.66 
 
 
471 aa  255  1.0000000000000001e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.39 
 
 
471 aa  255  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.29 
 
 
445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.82 
 
 
472 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  39.02 
 
 
472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.94 
 
 
472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.71 
 
 
472 aa  254  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.12 
 
 
476 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.1 
 
 
471 aa  253  6e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  35.84 
 
 
456 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.58 
 
 
483 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.84 
 
 
499 aa  252  7e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.76 
 
 
472 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.4 
 
 
487 aa  252  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  31.53 
 
 
433 aa  251  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.66 
 
 
470 aa  251  2e-65  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.12 
 
 
487 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.21 
 
 
497 aa  251  3e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.99 
 
 
475 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.78 
 
 
435 aa  250  3e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.1 
 
 
476 aa  250  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.13 
 
 
470 aa  249  6e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.4 
 
 
493 aa  249  6e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.86 
 
 
497 aa  249  6e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.98 
 
 
484 aa  249  6e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.73 
 
 
501 aa  249  7e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.79 
 
 
477 aa  249  9e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.1 
 
 
452 aa  248  1e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.13 
 
 
484 aa  248  1e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.52 
 
 
505 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.3 
 
 
433 aa  248  2e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.31 
 
 
477 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>