More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3178 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3178  peptidase M20  100 
 
 		 403 aa  823    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0110526  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1085  peptidase M20  94.54 
 
 		 403 aa  758    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000939958 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4337  peptidase M20  70.32 
 
 		 379 aa  539  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0275  acetylornithine deacetylase  59.54 
 
 		 401 aa  413  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141091  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0989  peptidase M20  44.93 
 
 		 371 aa  289  7e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0317  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.25 
 
 		 348 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  29.48 
 
 		 364 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4252  acetylornithine deacetylase  27.65 
 
 		 383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4061  acetylornithine deacetylase  27.65 
 
 		 383 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  26.1 
 
 		 389 aa  108  1e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0201  acetylornithine deacetylase  28.3 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000604653  normal  0.090573 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0171  peptidase M20  27.35 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1040  peptidase dimerisation  27.22 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.108705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00044  acetylornithine deacetylase  27.65 
 
 		 378 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002311  acetylornithine deacetylase  27.65 
 
 		 378 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  28.89 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0255  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  103  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4782  acetylornithine deacetylase  26.92 
 
 		 381 aa  103  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142352 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0190  acetylornithine deacetylase  27.68 
 
 		 383 aa  102  8e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00904916  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0983  acetylornithine deacetylase  28.11 
 
 		 381 aa  102  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1104  acetylornithine deacetylase  27.35 
 
 		 391 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.681147 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0328  acetylornithine deacetylase  28.27 
 
 		 383 aa  101  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  27.94 
 
 		 380 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4277  acetylornithine deacetylase  29.61 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00886468  normal  0.333205 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  27.57 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4029  acetylornithine deacetylase  27.6 
 
 		 383 aa  99.4  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.885326  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.56 
 
 		 389 aa  98.6  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0190  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.13 
 
 		 381 aa  98.6  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  28.44 
 
 		 374 aa  98.2  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0226  acetylornithine deacetylase  27.16 
 
 		 383 aa  96.7  6e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.417629  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0323  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 		 382 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0253  acetylornithine deacetylase  28.49 
 
 		 395 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0353  acetylornithine deacetylase  27.92 
 
 		 388 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4029  acetylornithine deacetylase (ArgE)  26.01 
 
 		 383 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4059  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  96.3  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03842  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5420  acetylornithine deacetylase  28.29 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0300946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4191  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4496  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.815882  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03791  hypothetical protein  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4443  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4404  acetylornithine deacetylase  26.01 
 
 		 383 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.268381 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4361  acetylornithine deacetylase  26.81 
 
 		 383 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4448  acetylornithine deacetylase  26.81 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000227619 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0233  peptidase M20  23.2 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.571831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4525  acetylornithine deacetylase  26.81 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000031235 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4330  acetylornithine deacetylase  26.81 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1544  acetylornithine deacetylase  28.11 
 
 		 374 aa  95.5  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.88458  normal  0.449301 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  27.98 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4451  acetylornithine deacetylase  26.81 
 
 		 383 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.600923  hitchhiker  0.000712813 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4090  acetylornithine deacetylase  28.32 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3899  acetylornithine deacetylase  28.32 
 
 		 387 aa  94.4  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0126  acetylornithine deacetylase  28.32 
 
 		 389 aa  94.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8178  peptidase M20  29.54 
 
 		 373 aa  94  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.49 
 
 		 413 aa  93.6  5e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  26.39 
 
 		 412 aa  91.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  26.52 
 
 		 390 aa  91.3  3e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1296  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.68 
 
 		 375 aa  91.3  3e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00178496 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0076  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.13 
 
 		 404 aa  90.9  4e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  27.67 
 
 		 403 aa  90.5  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.04 
 
 		 433 aa  90.5  5e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.27 
 
 		 395 aa  90.5  5e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.91 
 
 		 387 aa  90.1  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2221  acetylornithine deacetylase  27.35 
 
 		 378 aa  90.1  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0456385  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0194  acetylornithine deacetylase  26.98 
 
 		 382 aa  90.1  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3558  acetylornithine deacetylase  26.69 
 
 		 387 aa  89.7  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.3 
 
 		 405 aa  89.4  1e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  23.88 
 
 		 379 aa  89.4  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  28.01 
 
 		 374 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0867  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  27.53 
 
 		 338 aa  89.4  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4425  acetylornithine deacetylase  28.66 
 
 		 375 aa  89  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.779793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2755  acetylornithine deacetylase  28.03 
 
 		 378 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  26.36 
 
 		 400 aa  88.6  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3269  acetylornithine deacetylase  27.11 
 
 		 382 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0376318 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0027  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  28.8 
 
 		 355 aa  88.6  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2363  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3317  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 389 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0116246  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2083  acetylornithine deacetylase  28.61 
 
 		 388 aa  87.8  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.151989  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  24.54 
 
 		 392 aa  87.8  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1493  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2514  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.378081  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2405  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1262  acetylornithine deacetylase  26.1 
 
 		 389 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0937611  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1394  N-acetyl-ornithine/N-acetyl-lysine deacetylase  26.84 
 
 		 335 aa  87.8  3e-16  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  26.3 
 
 		 416 aa  87.4  4e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0277  acetylornithine deacetylase  26.67 
 
 		 380 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.989637 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1990  acetylornithine deacetylase  26.03 
 
 		 586 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0817562  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.64 
 
 		 434 aa  87  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1326  acetylornithine deacetylase  24.84 
 
 		 406 aa  87  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000659455  hitchhiker  0.00151978 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04910  acetylornithine deacetylase  26.72 
 
 		 385 aa  86.3  8e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5246  acetylornithine deacetylase  26.76 
 
 		 380 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  26.39 
 
 		 386 aa  85.5  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  26.36 
 
 		 400 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68770  acetylornithine deacetylase  26.04 
 
 		 384 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3920  acetylornithine deacetylase  26.39 
 
 		 383 aa  85.5  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3571  acetylornithine deacetylase  25.2 
 
 		 391 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1933  acetylornithine deacetylase  25.48 
 
 		 406 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0058469  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  25.82 
 
 		 368 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  25.48 
 
 		 406 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>