More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1407 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1407  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 257 aa  536  1e-151  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2873  transcriptional regulator, IclR family  94.94 
 
 		 257 aa  508  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0130818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4346  regulatory protein, IclR  52.71 
 
 		 263 aa  281  7.000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  51.55 
 
 		 260 aa  272  4.0000000000000004e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  51.16 
 
 		 260 aa  269  2.9999999999999997e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  50.78 
 
 		 260 aa  266  2e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  51.55 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 260 aa  263  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  50.78 
 
 		 260 aa  258  5.0000000000000005e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  49.61 
 
 		 260 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2259  IclR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 260 aa  243  3e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.10057  hitchhiker  0.0000000211035 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 259 aa  242  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3546  regulatory protein, IclR  47.64 
 
 		 265 aa  239  4e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000366663  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  44.79 
 
 		 261 aa  224  9e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0370  IclR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 265 aa  223  3e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.470614  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3109  IclR family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 257 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2294  transcriptional regulator, IclR family  36.99 
 
 		 265 aa  155  7e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 256 aa  148  9e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1624  transcriptional regulator, IclR family  34.15 
 
 		 275 aa  148  9e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  34.55 
 
 		 255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  35.43 
 
 		 254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  34.82 
 
 		 259 aa  144  9e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2373  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  31.6 
 
 		 256 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1180  IclR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000286827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1156  transcriptional regulator, IclR family  34.14 
 
 		 256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0417534  hitchhiker  0.00000481305 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1780  IclR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 272 aa  139  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16320  Transcriptional regulator IclR  32.11 
 
 		 255 aa  139  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  7.446e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4386  transcriptional regulator, IclR family  32.14 
 
 		 257 aa  139  6e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.7103e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4762  transcriptional regulator, IclR family  33.75 
 
 		 248 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  32.8 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3853  IclR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 263 aa  135  5e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.532852  hitchhiker  0.00959131 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1178  IclR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 262 aa  133  1.9999999999999998e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00493645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2164  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 277 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.851841  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  36.26 
 
 		 280 aa  133  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5403  transcriptional regulator, IclR family  34.25 
 
 		 290 aa  132  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.681342  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2354  IclR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  36.7 
 
 		 247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  31.45 
 
 		 254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2309  transcriptional regulator, IclR family  33.46 
 
 		 253 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1985  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.364862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1473  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115946  normal  0.370857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1289  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000107384  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2043  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.374419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1981  transcriptional regulator KdgR  32.93 
 
 		 263 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.364283  normal  0.0913734 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0417  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 268 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.116242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01798  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.440803  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2095  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000995956  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1805  IclR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.954449  normal  0.233357 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1360  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000169219  normal  0.0136372 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1918  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000201259  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2559  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000361362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01786  hypothetical protein  32.11 
 
 		 263 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2056  transcriptional regulator KdgR  32.11 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000211216  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2397  regulatory protein, IclR  32.11 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.162621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2055  transcriptional regulator, IclR family  32.93 
 
 		 263 aa  126  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0903474  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2850  IclR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 260 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000441287  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  31.78 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1885  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0160572  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1949  transcriptional regulator, IclR family  31.71 
 
 		 263 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00482853  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2617  IclR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 276 aa  122  7e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4604  regulatory proteins, IclR  30.12 
 
 		 251 aa  121  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5128  transcriptional regulator, IclR family  31.33 
 
 		 251 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2527  transcriptional regulator, IclR family  31.17 
 
 		 265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00648168  normal  0.235147 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2032  transcriptional regulator, IclR family  32.11 
 
 		 268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2571  regulatory protein, IclR  30.33 
 
 		 258 aa  120  3e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.853506  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 261 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2177  transcriptional regulator, IclR family  31.3 
 
 		 263 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00508287  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3712  IclR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 269 aa  119  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382183  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0443  transcriptional regulator, TrmB  32.19 
 
 		 254 aa  118  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.915404  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2510  transcriptional regulator, IclR family  31.66 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00153166  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0769  IclR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0526753  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0453  transcriptional repressor IclR  29.84 
 
 		 277 aa  116  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0122119  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0116  IclR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 550 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2122  IclR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 263 aa  115  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000124752  decreased coverage  0.000111832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2412  IclR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 258 aa  115  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30950  transcriptional regulator, IclR family  32.66 
 
 		 277 aa  115  6.9999999999999995e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.648334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 267 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3702  transcriptional regulator, IclR family  29.96 
 
 		 252 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.8457  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2912  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.138911  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2890  transcriptional regulator, IclR family  33.07 
 
 		 266 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0668  transcriptional regulator, IclR family  30.04 
 
 		 257 aa  113  3e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000062061  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000924  transcriptional regulator KdgR KDG operon repressor  30.49 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  26.72 
 
 		 260 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3456  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 269 aa  112  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3440  IclR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 273 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.866579  normal  0.57268 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2653  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.618751  normal  0.01576 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0859  transcriptional regulator IclR-like protein  25.61 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0222  Transcriptional regulator IclR  33.87 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.300165  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1885  IclR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.216873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1793  IclR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0465  IclR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0093222  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1683  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  29.2 
 
 		 267 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0882  IclR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0368  transcriptional repressor IclR  29.03 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3776  transcriptional repressor IclR  26.59 
 
 		 276 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1186  transcriptional regulator, IclR family  27.13 
 
 		 264 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000134584  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>