More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0774 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1220  ribonuclease H  72.75 
 
 		 484 aa  711    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2864  DNA polymerase I  71.67 
 
 		 480 aa  698    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0825  5'-3' exonuclease  93.46 
 
 		 474 aa  895    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0949  ribonuclease H  70.54 
 
 		 482 aa  660    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0774  ribonuclease H  100 
 
 		 474 aa  962    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.245945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2835  DNA polymerase I  57.66 
 
 		 893 aa  317  3e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333743  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  52.6 
 
 		 891 aa  296  6e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  50.51 
 
 		 892 aa  286  4e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  52.92 
 
 		 892 aa  286  5e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  49.65 
 
 		 891 aa  281  1e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  52.52 
 
 		 888 aa  280  3e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  49.66 
 
 		 892 aa  280  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0365  DNA polymerase I  49.31 
 
 		 892 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3514  DNA polymerase A  46.55 
 
 		 924 aa  243  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04860  DNA polymerase I  44.68 
 
 		 870 aa  242  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029838  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0123  DNA polymerase I  41.67 
 
 		 979 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.389931  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  42.01 
 
 		 976 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0119  DNA polymerase I  41.32 
 
 		 978 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2573  DNA polymerase I  42.09 
 
 		 892 aa  233  6e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000431166  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0848  DNA polymerase I  43.21 
 
 		 1032 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0956  DNA polymerase I  43.21 
 
 		 1033 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2673  DNA polymerase I  40.07 
 
 		 878 aa  229  7e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000968641  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4857  DNA polymerase I  42.86 
 
 		 1021 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.450809 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2345  DNA polymerase I  44.33 
 
 		 895 aa  229  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0787  DNA polymerase I  41.84 
 
 		 876 aa  228  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  42.01 
 
 		 992 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0002  DNA polymerase I  40.62 
 
 		 968 aa  228  2e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0016  DNA polymerase I  43.53 
 
 		 928 aa  226  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5204  DNA polymerase I  42.86 
 
 		 1025 aa  226  6e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  39.78 
 
 		 872 aa  225  2e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0453  DNA polymerase I  41.43 
 
 		 1014 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0200  DNA polymerase I  41.5 
 
 		 937 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.932691 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3272  DNA polymerase I  38.65 
 
 		 877 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0345464  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0450  DNA polymerase I  43.06 
 
 		 941 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3261  DNA polymerase I  41.16 
 
 		 911 aa  221  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7357  DNA polymerase I  41.49 
 
 		 1020 aa  220  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.409782  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4718  DNA polymerase I  37.94 
 
 		 877 aa  219  6e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4482  DNA polymerase I  37.46 
 
 		 891 aa  219  7e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4317  DNA polymerase I  37.46 
 
 		 891 aa  219  7e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1349  DNA polymerase I  42.55 
 
 		 924 aa  219  7e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.38206  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4328  DNA polymerase I  37.46 
 
 		 891 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2867  DNA polymerase I  43.8 
 
 		 884 aa  218  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.991449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4831  DNA polymerase I  37.59 
 
 		 877 aa  219  1e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.318585  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4702  DNA polymerase I  37.59 
 
 		 877 aa  219  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.7101300000000004e-28 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0357  DNA polymerase I  40.71 
 
 		 1010 aa  218  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.577843 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0541  DNA polymerase I  37.59 
 
 		 877 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.375796  hitchhiker  0.00000000000567935 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0105  DNA polymerase I  43.06 
 
 		 979 aa  217  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.1277 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4697  DNA polymerase I  37.94 
 
 		 877 aa  217  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0439377  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1612  DNA polymerase I  41.82 
 
 		 902 aa  217  4e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4712  DNA polymerase I  37.59 
 
 		 877 aa  217  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.14352  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1310  DNA polymerase I  39.53 
 
 		 897 aa  216  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0646718  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4246  DNA polymerase I  40.79 
 
 		 928 aa  216  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000118244  normal  0.166094 
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_17228  predicted protein  41.55 
 
 		 389 aa  216  5.9999999999999996e-55  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4517  DNA polymerase I  41.88 
 
 		 929 aa  216  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.21603  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4417  DNA polymerase I  37.94 
 
 		 877 aa  216  7e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0554  DNA polymerase A  42.35 
 
 		 903 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.266566  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0023  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 932 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000103572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3381  DNA polymerase I  40.14 
 
 		 1004 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2646  DNA polymerase I  40.2 
 
 		 897 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3094  DNA polymerase I  45.16 
 
 		 899 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2692  DNA polymerase I  45.16 
 
 		 899 aa  214  2.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.700333  hitchhiker  0.00010677 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4195  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 932 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00580719  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0021  DNA polymerase I  41.52 
 
 		 932 aa  214  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00121039  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2689  DNA polymerase I  40.48 
 
 		 937 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.283059  normal  0.26219 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03749  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000312835  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4123  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000018502  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4152  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000213441  hitchhiker  0.000146367 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1028  DNA polymerase I  40.48 
 
 		 937 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.447207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4382  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000170331  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03698  hypothetical protein  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000500829  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4337  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000947993  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5306  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000330989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4227  DNA polymerase I  41.73 
 
 		 929 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0477521  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1962  DNA polymerase I  42.69 
 
 		 866 aa  213  5.999999999999999e-54  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4088  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 928 aa  213  5.999999999999999e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000478192  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 866 aa  213  7.999999999999999e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2025  DNA polymerase I  43.19 
 
 		 843 aa  212  9e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4887  DNA polymerase I  40.65 
 
 		 934 aa  212  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000312634  hitchhiker  0.0000015928 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2250  DNA polymerase I  42.69 
 
 		 866 aa  212  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.177355  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2550  DNA polymerase I  39.86 
 
 		 897 aa  211  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  43.32 
 
 		 893 aa  211  2e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1621  DNA polymerase I  41.7 
 
 		 945 aa  211  3e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.924074 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0060  DNA polymerase I  41.16 
 
 		 945 aa  211  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0959551  hitchhiker  0.000000934143 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2846  DNA polymerase I  41.45 
 
 		 943 aa  210  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.411951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3945  DNA polymerase I  38.54 
 
 		 978 aa  210  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0102  DNA polymerase I  40.07 
 
 		 918 aa  209  7e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.758898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0625  DNA polymerase I  41.87 
 
 		 937 aa  209  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.480617 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2860  DNA polymerase I  43.17 
 
 		 912 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.129264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2573  DNA polymerase I  41.58 
 
 		 906 aa  208  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2043  DNA polymerase I  40.07 
 
 		 911 aa  207  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.307294 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4102  DNA polymerase I  40.07 
 
 		 930 aa  208  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000162392  normal  0.404063 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3620  DNA polymerase I  40.43 
 
 		 921 aa  208  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00307404  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2764  DNA polymerase I  41.07 
 
 		 935 aa  208  2e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0015  DNA polymerase I  41.09 
 
 		 928 aa  207  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.853211  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0096  DNA-directed DNA polymerase  40.07 
 
 		 933 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00741762  hitchhiker  0.000000822051 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4210  DNA polymerase I  40.07 
 
 		 928 aa  206  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0026674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2377  DNA polymerase I  39.03 
 
 		 1000 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0421438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0227  DNA polymerase I  39.93 
 
 		 934 aa  206  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.774927  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1747  DNA polymerase I  37.72 
 
 		 876 aa  206  6e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.724051  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0021  DNA polymerase I  41.03 
 
 		 902 aa  206  6e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>